Впрочем, осада крепости была недолгой. По Неве на стругах от Нотебурга прибыли тяжелые русские орудия, и уже в полдень 30 апреля все было готово к бомбардировке крепости. Ниеншанц был укреплен гораздо слабее Нотебурга — ведь он для шведов являлся резервной линией обороны. Сведения купцов-ладожан оказались точными: крепость не имела ни бастионов, ни башен. Со своего старого вала шведский комендант мог наблюдать, как русские устанавливают на батареях те самые тяжелые орудия, что сокрушили прошлой осенью неприступный Нотебург. Ниеншанц не шел ни в какое сравнение с Нотебургом. К тому же шведская эскадра не успела доставить в Ниеншанц подкрепления, а генерал Кронгиорт со своим корпусом все еще стоял у Выборга и тоже не успел подать крепости подкрепления и упредить русский штурм. Вот отчего уже через несколько часов с начала русской бомбардировки, на рассвете 1 мая 1703 года, комендант Ниеншанца вступил в переговоры с фельдмаршалом Шереметевым и в тот же день сдал крепость. Гарнизону разрешено было покинуть Ниеншанц почетно: с оружием и знаменами, с барабанным боем, четырьмя пушками и, по тогдашнему обыкновению, с пулями во рту.
Между тем эскадра адмирала Нуммерса в девять вымпелов в тот же день появилась на взморье, и 2 мая два шведских судна вошли в Неву, и, не зная еще о падении крепости, шведы отправили к берегу лодку за лоцманами. Часть матросов была захвачена русскими на берегу, однако лодке удалось спастись и уйти к кораблям.
Тогда на рассвете 6 мая, посадив солдат Преображенского и других полков на 30 стругов, Петр I и Меншиков с этой сборной гребной флотилией атаковали шведские корабли у деревни Калинкиной, где взяли шведов на абордаж. Так была одержана первая морская виктория на Балтике. За нее Петр I и Меншиков получили ордена Андрея Первозванного. Ох, как жалел князь Михайло, что царь не взял его с собой, приказал остаться при полку!
Шведский адмирал Нуммерс после потери двух судов сразу же удалился в море, и Петр I начал выбирать место строительства мощной крепости, которая преградила бы шведам путь по Неве. Внимательно изучив многочисленные острова, разбросанные в устье Невы, царь остановил свой выбор на острове Янни-саари, который русские именовали Заячий.
Но сам Петр I назвал выбранный им для фортеции остров Люст-Эйланд, то есть Веселый остров. Именно здесь мая в 16 день, в неделю пятидесятницы фортецию заложили и нарекли имя оной Санкт-Петербург».
С постройкой крепости спешили: ведь ей угрожали с суши выдвинувшиеся уже на реку Сестру корпус Кронгиорта, а с моря эскадра Нуммерса.
В первую очередь Петр I оттеснил Кронгиорта, совершив против него решительный марш летом 1703 года. Шведский генерал, однако, не принял боя и поспешно отступил к Выборгу. Опять князь Михайло не мог отличиться со своими семеновцами, а ведь его полк шел в авангарде и рвался в бой.
Против шведской угрозы с моря была поначалу сооружена сильная батарея на Васильевском острове. Зимой же 1703/04 года, когда Финский залив покрылся льдом, русские войска прошли на остров Котлин и заложили там, на отмели, военно-морскую крепость Кроншлот.
На постройку Санкт-Петербурга и Кроншлота царем велено было согнать каменщиков и плотников со всего. Новгородского и Псковского края, а затем каменщиков Детали собирать на стройку уже со всей России. Кроме каменщиков на стройках работали солдаты и тысячи пригнанных сюда колодников.
Уже в 1704 году на Веселом острове высилось шесть болверков или земляных бастионов, а в центре красовался деревянный собор Петра и Павла. Он-то и дал название крепости — Петропавловская. На государевом бастионе, выходящем на Неву, на высоком флагштоке по праздникам стали поднимать морской штандарт — желтый флаг с двуглавым орлом, держащим в лапах и клювах карты четырех морей: Балтийского, Белого, Каспийского и Азовского. Глядя на этот штандарт, Петр I ликовал: прямо перед его парадизом, как он сам именовал Санкт-Петербург, шумело море — Россия возвернулась на балтийские берега.
Семеновский полк, впрочем, тяжелые сваи в невские топи не вбивал. Вместе с преображенцами в 1704 году полк выступил к Нарве. Памятуя первый несчастный поход к этой грозной шведской фортеции и тогдашнюю голодуху, князь Михайло еще в Санкт-Петербурге набил полковой обоз гречкой и сушеной рыбой, накупил с привоза кули с мукой, бочки с квашеной капустой, кади с мочеными яблоками.
— Ты, княже, похоже, под Нарву не воевать, а торговать собрался! — презрительно бросил ему Меншиков, посещавший торг яко губернатор Петербурга и Ингермландии.