В начале войны Суворов командовал 30-тысячным корпусом, оборонявшим побережье в районе Херсон Кинбурн. 1 октября 1787 г. турки высадили на Кинбуриской косе десант, который был отражен небольшими силами. Артиллерийский огонь заставил отступить турецкий флот, а затем стремительная атака развернутым строем увенчалась полным разгромом десанта. В этом году турки больше активных военных действий не предпринимали. Командующий Потемкин писал Суворову: «Ты подтвердил справедливость тех заключений, которые Россия всегда имела о твоих военных достоинствах». Императрица прислала полководцу ленту ордена св. Андрея Первозванного.
27 июля 1788 г. под Очаковом Суворов отбил вылазку из крепости турецкой пехоты и небольшого конного авангарда. Ожесточенная схватка завершилась отступлением турок. Солдаты Фанагорийского полка ворвались в крепостные предместья, но, не получив поддержки, вынуждены были отступить. Сам Суворов был ранен пулей в шею и в дальнейшей осаде Очакова участия не принимал. Крепость взяли штурмом войска фельдмаршала Потемкина лишь 6 декабря.
1789 г. ознаменовался двумя выдающимися победами Суворова при Фокшанах и Рымнике. В это время он командовал дивизией в Молдавии и руководил военными действиями как русских, так и союзных австрийских войск. 21 июня 1789 г. 5 тысяч солдат Суворова и 12 тысяч австрийцев принца Кобургского соединились и перешли в наступление у селения Фокшаны, где находился лагерь турецкого командующего Османа-паши. Отразив атаки вражеской кавалерии, русско-австрийские войска после короткой подготовки ворвались в турецкий лагерь. Русская артиллерия подавила огонь турецких орудий, и пехотинцы «пошли скорым шагом на атаку их окопов без стрельбы, и в самой близости учиня залпы, одержали оные великою храбростию». Турки бежали в Фокшанский замок, который был взят штурмом. Армия Османа-паши потеряла убитыми до полутора тысяч человек и 12 ору дий.
В сентябре Потемкин стянул к осажденным Бендерам почти все русские силы, оставив в Молдавии лишь войска Суворова. Великий визирь Юсуф-паша решил воспользоваться удалением друг от друга русских и австрийских войск, собираясь разбить их порознь. Собрав 100-тысячное войско, он двинулся к реке Рым-ник. Пройдя ускоренным маршем более 100 километров, войска Суворова соединились с австрийцами. Армия союзников насчитывала 25 тысяч человек. В ночь на 11 сентября Суворов приказал армии немедленно выступить и подвел ее к самому турецкому лагерю. Турки были застигнуты врасплох. Русские войска захватили авангардный турецкий лагерь, но великий визирь бросил на них свою кавалерию, которая была отбита огнем батальонных каре. Повторная атака 25 тысяч всадников также не имела успеха. Вся турецкая кавалерия была рассеяна. В три часа дня союзная армия подошла к главному укрепленному лагерю турок, занятому 15-тысячным отрядом свежих войск противника. Суворов бросил в атаку 6 тысяч кавалеристов. Подоспевшая пехота к четырем часам завершила разгром. Турки потеряли до 15 тысяч убитыми, четыре укрепленных лагеря, 85 орудий и 100 знамен.
За эту победу Суворов получил титул графа Священной Римской империи. Императрица также осыпала полководца наградами. Он получил графский титул Российской империи с почетной приставкой Рымникский, алмазные знаки ордена св. Андрея Первозванного, золотую с бриллиантами шпагу с надписью «Победителю визиря», бриллиантовый эполет, драгоценный перстень и как венец признания полководческого таланта — орден св. Георгия 1-й степени. В рескрипте Екатерины II говорилось: «Во всемилостевейшем уважении на особливое усердно, которым долгое время его служба была сопровождаема, радение и точность в исполнении предположений главного начальства, неутомимость в трудах, предприимчивость, превосходное искусство и отличное мужество во всяком случае, наипаче же при атаке многочисленных турецких сил, верховным визирем предводительствуемых, в 11 день сентября на реке Рымнике оказанное, где он с войсками Российскими и с корпусом союзника России, Его Величества императора Римского под командою принца Саксен-Кобургского находящимися, совершенную над неприятелем одержал победу». Победа при Рымнике была настолько решительной, что ничто больше не препятствовало союзникам перейти Дунай и двинуться на Балканы. Однако Потемкин ограничился занятием Хаджибея, Аккермана и Бендер. Союзные войска заняли Белград.
Весной 1790 г. австрийская армия потерпела от турок поражение под Журжей и правительство Австрии заключило сепаратный мир. Вся тяжесть войны легла на Россию. Ввиду этого действия на Дунае, по плану Потемкина, должны были носить преимущественно оборонительный характер, но на левом берегу Дуная находилась мощная турецкая крепость Измаил с 40-тысячным гарнизоном при 265 орудиях. Вначале из-за разобщенного командования осада крепости велась вяло, а к зиме было принято решение осаду снять. Тогда Потемкин, придававший взятию Измаила особенное значение, дабы склонить этим Турцию к миру, поручил Суворову принять начальство под Измаилом и самому на месте решить, снять ли осаду или продолжать ее. «Турецкая флотилия под Измаилом почти истреблена, — писал Потемкин. — Остается предпринять действия на овладение городом, для чего, ваше сиятельство, извольте поспешить туда для принятия всех частей в вашу команду…»
Суворов прибыл к крепости 2 декабря, и тут же началась энергичная подготовка к штурму. Русский осадный корпус насчитывал 30 тысяч человек при 490 орудиях. И декабря, после того как турки отклонили предложение о сдаче, штурм начался. Атакующие колонны пошли на приступ одновременно на разных участках, и к шести утра егеря уже находились на крепостном валу. Солдаты Кутузова овладели Килийскими воротами. К одиннадцати утра были взяты Бросские, Хотинские и Бендерские ворота, через которые Суворов ввел внутрь крепости резервы. Бой продолжался и на улицах города. Для поддержки атакующих командующий бросил в бой за город все свои резервы, а также 20 легких орудий, чтобы выбить обороняющихся турок с улиц города. К двум часам русские войска, отбив несколько вражеских контратак, пробились к центру города. В четыре часа Измаил пал. Турки потеряли 26 тысяч убитыми, 9 тысяч пленными, 265 пушек и 345 знамен. «Крепость Измаильская, столь укрепленная, сколь обширная, и которая казалась неприятелю непобедимою, взята страшным для него оружием российских штыков».
Взятие Измаила произвело огромное впечатление на всю Европу. Екатерина II в письме к Потемкину, рискуя задеть его самолюбие, писала, что «почитает измаильскую эскаладу города и крепости за дело, едва ли где в истории находящееся…». Однако ожидаемого чина генерал-фельдмаршала Суворов не получил и был лишь удостоен «похвальной грамоты с означением его подвигов» и чина подполковника лейб-гвардии Преображенского полка.
В это время новые победы русского оружия на суше и в морских сражениях вынудили Турцию пойти на мирные переговоры и 29 декабря 1791 г. подписать в Яссах мир, по которому Турция признавала присоединение Крыма к России. За Россией оставались также земли по Днестру и Кубани. Султан отказывался от притязаний на Грузию.
В октябре 1793 г. императрица прислала Суворову рескрипт, в котором говорилось: «Граф Александр Васильевич! День празднования мира напоминает Нам знаменитый заслуги и дела, коими вы отличились. Всемилостивейше жалуем вам похвальную грамоту, за собственноручным Нашим подписанием, с означением всех ревностных и мужественных подвигов, произведенных вами в продолжение славного и долговременного вашего служения».
Еще 11 марта 1793 г. генерал Кречетников объявил в Полонием манифест «О присоединении польских областей к России». В Польше вспыхнуло восстание во главе с Костюшко. В 1794 г. русские войска начали военные действия, но перелом наступил только после прибытия к армии Суворова, которому было поручено занятие Бреста и обеспечение безопасности линии по реке Буг. Действуя как всегда быстро, Суворов 4 сентября с боем взял Кобрин, 5-го — разбил поляков под Крупчицами и отбросил их к Бресту, 7-го — форсировал Буг, а 8 сентября атаковал под Брестом корпус Сераковского и полностью его разбил. 28 сентября у Мацейовиц Суворов уничтожил 10-тысячный корпус Костюшко при 36 орудиях. Поляки потеряли убитыми и ранеными около 6 тысяч человек.