18 марта 1792 г. Кутузов в чине генерал-поручика получил орден св. Георгия 2-й степени «во уважении на усердную службу, храбрые и мужественные подвиги, коими он отличился в сражении при Мачине и разбитый войсками российскими под командою генерала князя II. В. Репнина многочисленной турецкой армии, верховным визирем Юсуф-пашею предводимою, где, начальствуя над войсками левого фланга, при стремительных неприятельских нападениях преодолел все трудные переходы, в движениях своих соблюл отличное искусство и порядок, а в поражении неприятеля мужество и храбрость».
Назначенный после заключения мира казанским и вятским генерал-губернатором, Кутузов тем не менее перешел на дипломатическое поприще. Екатерина II направила его чрезвычайным и полномочным послом в Константинополь, где, проявив себя блестящим дипломатом, Кутузов добился для России целого ряда политических и торговых преимуществ. В сентябре его отозвали в Санкт-Петербург и назначили директором Сухопутного шляхетского кадетского корпуса, где он преподавал кадетам военную историю и тактику.
В 1795–1799 гг. Кутузов был командующим и инспектором войск в Финляндии. В 1798 г. император Павел I произвел его в генералы от инфантерии, а в 1800 г. за успешное выполнение дипломатических поручений в Берлине наградил орденом св. Андрея Первозванного. В последние годы жизни Павла I Михаил Илларионович занимал пост литовского генерал-губернатора, а с воцарением Александра I стал военным губернатором Санкт-Петербурга. Из-за сложных отношений с новым императором и его окружением в августе 1802 г. Кутузов оставил свой пост и ушел в годовой отпуск, а в следующем году вышел в отставку и уехал в свою деревню Горошки Волынской губернии.
В августе 1805 г. Александр I призвал Кутузова на службу и назначил командующим русской армией, действовавшей против французских войск. Личная неприязнь императора к полководцу, его ревнивое отношение к чужой славе роковым образом повлияли на весь ход кампании. Знаменитый марш-маневр от Браунау до Ольмюца, спасший русскую армию от окружения и неминуемой гибели, бои при Кремсе и Амштеттине были перечеркнуты некомпетентным вмешательством союзных монархов России и Австрии в командование армией, что привело к поражению при Аустерлице и неудаче всей кампании. Под Аустерлицем Наполеон нанес большой урон русским колоннам и с захватом Пратценских высот «поймал в мешок» значительную часть русской армии, вышедшей из отчаянного положения лишь благодаря доблести солдат и некоторых командиров, особенно же самопожертвованию кавалерии. Кутузов в эту кампанию держал экзамен на полководца и выдержал его блестяще. Ни одному еще русскому полководцу, разве что Суворову, не приходилось действовать в более тяжелой обстановке. Присутствие императора в армии сковывало действия Кутузова, как всегда стесняет главнокомандующего присутствие монарха, и отсюда неизбежно вытекала двойственность в распоряжениях. Обвинять Кутузова в аустерлицком разгроме не приходится, эта авантюра была ему навязана свыше. После достойного, с минимальными потерями, вывода русских войск из австрийских пределов Кутузов хотя и был награжден, по от командования армией отстранен.
До начала Отечественной войны Кутузова назначали на второстепенные посты: в 1806–1807 гг. — киевского генерал-губернатора, в 1808 1809 гг. — командующего корпусом в Молдавии, в 1809 1811 гг. — литовского генерал-губернатора. В условиях надвигающейся новой войны с Наполеоном и необходимости завершить затянувшуюся войну с Турцией Александр I в 1811 г. вынужден был назначить Кутузова главнокомандующим Дунайской армией. Он не только отказался от штурма крепостей, но даже ушел из занятых русскими войсками Силистрии и Никополя, срыв их, чтобы не оставлять туркам. Растянутую кордоном армию Кутузов сосредоточил на важнейших стратегических направлениях, собрав главные силы у крепости Рущук. У него было всего 15 тысяч против 60-тысячной турецкой армии. Первая атака врага была отражена огнем, вторая оказалась для турок более успешной. Им удалось смять левый фланг русской армии и прорваться ей в тыл. Со стороны Рущука турецкую кавалерию встретила русская пехота, а ударившие с другой стороны кавалерия и егеря обратили турок в бегство. За рущукскую победу, одержанную 22 июля, император наградил полководца своим портретом.
В октябре был завершен стратегический план по окружению турецкой армии под Слободзеей. Великий визирь усилил свою армию до 70 тысяч человек и двинулся через Дунай на позиции русской армии. Около 50 тысяч он переправил на левый берег и расположил против русских укреплений, а на правом берегу оставил 20 тысяч солдат и весь обоз. В эго время русские переправились на правый берег и неожиданной атакой захватили огромный лагерь со всеми запасами оружия и провианта. Остальная часть турецкой армии была прижата к Дунаю и полностью блокирована. В это же время русские войска захватили крепости Туртукай и Силистрия. 29 октября 1811 г. император пожаловал генерала от инфантерии Голенищева-Кутузова графским титулом Российской империи. Турецкое правительство согласилось на мирные переговоры, и в мае 1812 г. так необходимый России мир был подписан в Бухаресте. Михаил Илларионович еще раз проявил свой дипломатический талант. Он пишет императору: «Что я ничего лучшего сделать не мог, тому причиною положение дел в Европе; что я никаких не упустил стараний и способов…» Тем не менее полководец вынужден был сдать армию Чичагову и вернуться в Санкт-Петербург.
С началом вторжения в Россию армии Наполеона Кутузов назначается начальником Петербургского ополчения, а 29 июля Александр I «в изъявление особеннаго благоволения к усердной службе и ревностным трудам графа Михаила Илларионовича, способствовавшего к окончанию войны с Оттоманскою Портою и к заключению полезного мира, пределы империи распространившего», возвел его в достоинство светлейшего князя, а спустя несколько дней назначил членом Государственного совета и главнокомандующим над всеми армиями и ополчениями в войне с Наполеоном.
Император писал Кутузову: «Михаил Илларионович! Известные военные достоинства ваши, любовь к отечеству и неоднократные опыты отличных подвигов приобретают вам истинное право на сию доверенность…»
Кутузов прибыл к войскам, находившимся у Царева Займища, но позиция для сражения не удовлетворила командующего. Положение его было исключительно трудным, ведь армию он принял отступающей и находящейся уже недалеко от Москвы. Место сражения было выбрано вблизи села Бородино, в ста с небольшим километрах от Москвы, немного западнее Можайска.
Сражение началось 26 августа 1812 г. В нем участвовало 135 тысяч солдат армии Наполеона при 587 орудиях и 132 тысячи человек русской армии при 624 орудиях под командованием Кутузова, в которой 1-й армией командовал М. Б. Барклай-де-Толли, 2-й армией — князь П. И. Багратион. Решение Кутузова принять бой было вынужденным, так как силы французов неуклонно уменьшались по мере продвижения их в глубь страны. Уступая требованиям армии, общественности и императорского двора, главнокомандующий расположил войска у Бородина между рекой Москвой и деревней Утица; его позиция не представляла особых практических выгод и требовала укрепления в некоторых местах.
24 августа вспыхнул бой за Шевардинский редут, где 12 тысяч русских солдат в течение всего дня отражали атаки превосходящих сил противника, что дало основным силам возможность укрепить свои позиции — батарею Раевского и Багратионовы флеши.
В Бородинском сражении Наполеон отказался от тактики обходных маневров и решил нанести главный удар в лоб в районе флешей, чтобы, прорвав русские позиции, выйти в тыл противнику. На этом направлении были сосредоточены корпуса маршалов Нея, Даву, Мюрата, Жюно и гвардия. Общая численность французских войск здесь достигала 86 тысяч при 400 орудиях. На рассвете 26 августа после удара артиллерии корпус Евгения Богарне начал атаку на Бородино, но был отбит с большим уроном. Главные события развернулись у флешей и на Курганной высоте. В шесть утра Даву начал атаку флешей, но, несмотря на тройное превосходство в силах, она была отбита. Через час атака повторилась, но вновь безуспешно. Наполеон ввел в бой дополнительные силы, но Кутузов также перебросил с правого фланга войска и подтянул резервы. К восьми утра французы снова ворвались на флеши и опять были отброшены. За три часа были проведены еще четыре безуспешные атаки. Огонь русских батарей с Курганной высоты наносил французам жестокий урон. К полудню против флешей Наполеон сосредоточил две трети своей армии и почти всю артиллерию. Только после этого французы смогли овладеть русскими позициями.