Узнав об измене гетмана Мазепы, царь приказал Меншикову овладеть резиденцией гетмана — городом Батуриной, в котором хранились запасы для шведской армии. Утром 2 ноября русские войска штурмом овладели городом и разорили его.
В Полтавском сражении 27 июня 1709 г. светлейший князь командовал кавалерией, вынудив к сдаче несколько отступавших шведских батальонов, затем атаковал резервный корпус противника и почти полностью уничтожил его. Во время сражения под Меншиковым было убито три коня Судьба генерального сражения была решена за два с половиной часа. Шведы потеряли свыше 8 тысяч человек убитыми.
30 июня отступавшие шведские войска достигли Днепра у Переволочны, но были настигнуты кавалерией Меншикова. В его распоряжении находилось 9 тысяч человек, которым противостоял Левенгаупт с 16 тысячами. Превосходство противника в численности не смутило князя. Шведы, не располагавшие ни артиллерией, ни порохом, ни запасами продовольствия и фуража, после предъявленного им ультиматума сдались. За Полтавское сражение Петр возвел Меншикова в чин генерал-фельдмаршала. В день торжественного въезда в Москву светлейший князь находился по правую руку царя, чем как бы особенно подчеркивалась исключительность его заслуг.
В начале апреля Меншиков, произведенный незадолго до этого еще и в контр-адмиралы, вновь на театре военных действий в Прибалтике, при осаде и сдаче Риги. До 1713 г. он командовал русскими войсками в Польше, Курляндии, Померании и Голштейне. Россия не претендовала на территориальные приобретения в Померании и если двинула туда свои войска, то для Ю1о, чтобы изгнать шведов из континентальной Евро пы и тем самым заставить Карла XII заключить мир. Кроме того, Россия, участвуя в этой кампании, выполняла союзнические обязательства перед Саксонией и Данией.
В феврале 1712 г. Петр I писал датскому королю Фредерику IV: «Я намерен своего генерала фельдмаршала князя Меншикова для луччего управления в Померанию послать и оному команду над моими гам уже стоящими и еще туда определенными войски вручить». Русские войска вместе с датскими и саксонскими обложили Штеттин и Штральзунд, но из-за отсутствия осадной артиллерии успеха не имели.
В январе 1713 г. шведы сосредоточились в крепости Фридрихштадт, разрушив перед этим шлюзы и затопив окружающую местность. 31 января русские двинулись на крепость по дамбам двумя колоннами: пехотой командовал Петр, кавалерией — Меншиков. Шведы, не ожидавшие атаки русских войск, бежали, бросив всю артиллерию. Оставив Фридрихштадт, неприятель укрылся в Тонингене, по Меншиков, плотно блокировав крепость, вынудил шведского генерала Стенбока сложить оружие. В плен сдалось более 11 тысяч солдат и офицеров. За эту победу генерал-фельдмаршал от датского короля получил его портрет, осыпанный бриллиантами.
Последней военной кампанией Меншикова можно считать взятие Штеттина в Померании. Когда к 24-тысячной русской армии подошла саксонская артиллерия, началась бомбардировка города, в котором возникли многочисленные пожары. 18 сентября гарнизон крепости капитулировал. Штеттин, на который претендовала Дания, был передан Пруссии, а часть других отвоеванных земель — Голштинии.
В дальнейшем князь непосредственно не участвовал ни в сражениях Северной войны, ни в Каспийском походе. Это обстоятельство было связано с состоянием его здоровья. После возвращения в Россию у Меншикова начался такой жестокий приступ болезни легких, что врачи предрекали ему неминуемую смерть и он уже приготовил завещание, но крепкий организм пересилил болезнь. В последующие годы болезнь регулярно приковывала фельдмаршала к постели.
Благодаря близости к царю Александр Данилович ведал едва ли не всеми важными государственными делами, включая сбор государственных доходов. Однако, будучи одним из наиболее усердных исполнителей воли Петра I, осознавая принципы, которыми направлялась деятельность царя, он не был чужд своекорыстных мотивов. Еще в 1711 г. Петр впервые узнал о злоупотреблениях Меншикова, а спустя три года была назначена особая следственная комиссия. С этого момента и до конца царствования Петра I Меншиков постоянно находился под судом. Многочисленные комиссии раскрывали грандиозные злоупотребления, но их разоблачения только поколебали доверие царя к светлейшему князю, не лишив последнего влияния и власти.
В лице Меншикова Петр дорожил одним из наиболее даровитых и преданных ему сподвижников. Как преданность царю, так и личные интересы князя, тесно связанные с реформами, делали его врагом партии приверженцев старины. Лишенный даже элементарного образования, он восполнял этот пробел природной сообразительностью, еще более развившейся в том ответственном положении, которое ему пришлось занимать.
В 1716 г., едва оправившись от болезни, Меншиков, как санкт-петербургский губернатор, занимался благоустройством столицы, руководил чисткой каналов вокруг Адмиралтейства, строительством дорог к Петербургу и Волхову, укреплением и выравниванием берегов Невы, сооружением жилья для мастеровых, устройством фонтанов в Летнем саду и многим другим.
Царь назначил Меншикова и руководителем одного из важнейших учреждений обновленного государственного механизма — президентом Военной коллегии. Это назначение состоялось в 1718 г., т. е. в то время, когда расследование его хищений подходило к концу и их масштабы уже были выяснены. Светлейший князь на любом поприще, куда бы ни бросал его Петр, проявлял незаурядные способности организатора и безупречного исполнителя царских повелений. Такая распорядительность давала Петру основание выделять Меншикова среди своих сподвижников, даже в те времена, когда отношения между ними стали иными, чем в первые годы их дружбы.
После заключения в 1721 г. Ништадтского мира со Швецией Меншиков был пожалован чином вице-адмирала, но эта награда не идет ни в какое сравнение с щедрыми пожалованиями других вельмож и военачальников, тем более что светлейший князь сыграл одну из ведущих ролей во всей Северной войне.
В 1724 г. Меншиков лишился должности президента Военной коллегии, которая была передана князю А. И. Репнину. Власть уходила из рук, и даже обращения к Петру он вынужден был передавать через царских секретарей, чего ранее никогда не было. К концу царствования Петра I Меншиков, вновь уличенный в злоупотреблениях, подвергся серьезной опасности, но вскоре затем последовавшая смерть преобразователя России открыла ему дорогу к еще большей власти. 28 января 1725 г. фельдмаршал, опираясь на гвардию, возвел на престол супругу Петра Екатерину и при этой слабой и неспособной императрице стал фактическим правителем Российской империи. В 1726 г. Екатерина I учредила Верховный тайный совет, первым членом которого стал Александр Данилович. Чтобы упрочить свое положение, он попытался добиться для себя избрания на престол Курляндского герцогства, а когда эта попытка не увенчалась успехом, принял другие меры для обеспечения своего будущего на случай смерти императрицы. Не рассчитывая на возможность устранить от престола сына царевича Алексея в пользу дочерей Петра I от Екатерины, он заблаговременно перешел на сторону этого кандидата, несмотря на то что в 1718 г. был одним из организаторов суда над его отцом. По просьбе светлейшего князя Екатерина I дала свое согласие на брак малолетнего великого князя Петра Алексеевича с дочерью Меншикова Марией.
После кончины Екатерины было оглашено завещание, объявлявшее наследником престола Петра II, и в этот же день Меншиков был произведен в адмиралы, став через пять дней, 12 мая 1727 г., российским генералиссимусом, а 25 мая молодой император обручился с дочерью всесильного вельможи. Власть Меншикова возросла до того, что даже император Священной Римской империи Карл VI пожаловал ему герцогство Козель в Саксонии и в своем письме именовал «высокорожденным, любезным дядей».
Самовластие Меншикова не имело пределов, но неожиданная болезнь на несколько дней вырвала власть из его рук, и этого оказалось достаточно. Враждебные генералиссимусу представители старой аристократии князья Голицыны и Долгоруковы сумели повлиять на Петра II, который и сам тяготился опекой Меншикова. 8 сентября светлейший князь был обвинен в государственной измене и хищении казны, и уже на другой день последовал указ о ссылке его в Ранненбург близ Воронежа. Было конфисковано все имущество Меншикова: 90 тысяч крепостных, 6 городов, имения в России, Польше, Пруссии и Австрии, 5 миллионов рублей золотом, драгоценности, меха, дорогая мебель и многое другое. После того как в Москве нашли подметное письмо в пользу Меншикова, он с женой, сыном и обеими дочерьми, лишенный чинов, орденов и княжеского достоинства, был сослан в Березов. Его супруга Дарья Михайловна Арсеньева, с которой Меншиков обвенчался еще в 1706 г., скончалась в ссылке. Бывшая невеста императора умерла от оспы уже в самом Березове. Не пережил тяжести ссылки и опальный вельможа; он скончался 12 ноября 1729 г. и был похоронен без торжественных церемоний у церкви, которую сам срубил. Сын светлейшего князя и вторая дочь были возвращены из ссылки в 1731 г., уже в царствование Анны Иоанновны.