С. П. Супрун настойчиво просил, чтобы ему разрешили сформировать полк особого назначения из летчиков-испытателей. Они в боевых условиях должны были продолжить испытания новейших самолетов МИГ-3 и ЯК-1. 401-й истребительный полк особого назначения был сформирован и 30 июня перебазировался под Витебск. При отлете С. П. Супрун написал родным:
«Дорогие мои! Сегодня улетаю на фронт защищать свою Родину, свой народ. Подобрал себе замечательных летчиков-орлов. Приложу все свои силы, чтобы доказать фашистской сволочи, на что способны советские летчики. Вас прошу не беспокоиться. Целую всех. Степан».
Боевая жизнь полка началась сразу же по прилете на прифронтовой аэродром. Летел немецкий разведчик. Супрун поднялся на перехват врага. МИГ-3 имел скорость 625 км в час, и Степан мгновенно поднялся выше вражеского самолета, зашел ему в хвост со стороны солнца. Разведчик спокойно шел прежним курсом. Только когда Супрун пошел в атаку, фашистский стрелок открыл огонь, но было уже поздно: очередь советского летчика сразила гитлеровца. Разворот и снова атака. Вражеский самолет вспыхнул, пошел к земле.
Потом полк особого назначения громил скопления фашистских войск на переправах. В один из июльских дней летчики полка сбили семь вражеских самолетов, не потеряв ни одного.
На разборе первых боев Супрун говорил, что фашисты ничего нового еще не придумали. Машины те же. Правда, пока у них самолетов больше. Но наши заводы с каждым днем увеличивают выпуск новых машин, которые превосходят гитлеровские. Так что у нас есть полная возможность побеждать.
За короткое время С. П. Супрун сбил четыре самолета. 4 июля эскадрилья, успешно выполнив боевое задание, возвращалась на свой аэродром. Степан, принимавший участие в полете, отделившись от группы, решил провести на своем МИГ-3 дополнительную разведку для следующего вылета.
Неожиданно навстречу ему вынырнули из облаков два «Юнкерса» и четыре «Мессершмитта». Супрун отважно атаковал фашистов, сбил одного из них, но силы были неравными.
До обидного короткой оказалась ратная жизнь Степана Супруна. Но имя его, как знамя, осеняло полк на протяжении всей войны, звало летчиков на подвиги, вселяло в них мужество, рождало ненависть к врагу и непреклонную волю к победе.
В донесении бывшего командира 23-й авиадивизии В. С. Нестерцова указывалось, что Степан Супрун погиб в районе города Толочин, Витебской области. Позднее стало известно, что Супрун был захоронен в лесу 4 июля 1941 года двумя колхозниками деревни Сурневка. После войны могилу долго искали. Лишь летом 1960 года удалось найти место гибели Супруна и остатки его самолета.
Останки Супруна перевезены в Москву и захоронены на Ново-Девичьем кладбище. Указом Президиума Верховного Совета СССР 22 июля 1941 года С. П. Супрун вторично был удостоен звания Героя Советского Союза посмертно. Он был пятым дважды Героем. Бронзовый бюст С. П. Супруна возвышается в городе Сумы.
Фашисты остервенело рвались к Москве. Их танковые армады делали глубокие опасные прорывы.
Из Каничей авиадивизия перебазировалась в Мглин. Но немцы быстро обнаружили аэродром. «Мессершмитты» атаковали его, сожгли санитарную машину, один техник был убит и несколько человек ранено. Генерал Г. П. Кравченко, полковой комиссар И. И. Соколов и новый начальник штаба дивизии майор Гудков были на аэродроме в момент налета.
Немцы заняли Мглин. Дивизия срочно перебазировалась в район города Погар. Только благодаря умелому руководству Г. П. Кравченко наземные подразделения его дивизии не оказались в плену.
Однажды колонна машин дивизии заехала на станцию Унеча. Девять «Юнкерсов» начали ее бомбить. Во главе колонны ехал Кравченко. Его умелые действия помогли и здесь. Прибыли на новый аэродром. Звонит телефон. Телефонистка со станции Унеча сообщает, что там уже фашисты. Кравченко, выслушав девушку, крикнул в трубку:
— Вас понял. Прячьтесь!
— За нас не беспокойтесь! Бейте гадов, — ответила патриотка.
Самолеты дивизии Кравченко подвергли штурмовке двор и здание почты в Унече, где действительно было много немецких машин и солдат. Все уничтожили реактивными снарядами.
19 августа был образован Брянский фронт. 11-я авиадивизия вошла в его состав.
В ноябре была сформирована ударная авиагруппа. Ядром ее стала 11-я авиадивизия. Авиагруппа входила в оперативное подчинение 3-й армии. Это было временное формирование. Командовал авиагруппой генерал Г. П. Кравченко.
В конце ноября разведчики установили, что по шоссе Скопин — Ряжск к фронту движутся колонны моторизованной дивизии немцев. Авиагруппа Кравченко нанесла удар по этим колоннам. Пять дней летчики штурмовали мотодивизию. В результате она была разгромлена, деморализована и выведена на переформирование.