Разом з гетьманом Виговським Дорошенко придушує бунти заколотників, і тоді Москва вирішує обезголовити патріотів. Аби прибрати Виговського, домагається проголошення гетьманом недалекого сина Хмельницького Юрася, а Виговського титулує ворогом і вимагає його з родиною схопити і направити до неї на розправу.
Правобережні козацькі полки, серед яких був і Дорошенко зі своїми людьми, починають — аби врятувати те, що вже неможливо було врятувати, — виступати за підданство королю. Та коли були розбиті вірні Виговському полки і сам Виговський склав булаву, Дорошенко переходить на бік Юрася Хмельницького — таким чином врятувавши себе від розправи московитів.
В жовтні 1659 року він на чолі козацької делегації їде на переговори до князя Трубецького і від імені гетьмана, полковників і війська заявляє, що вони готові йти під руку царя, але тільки на тих умовах, що й за Хмельницького (Переяславська рада). Але угода Хмельницького з царем вже зробила своє, втягла Україну в російське ярмо і більше росіян вона не влаштовує. Трубецькой наполягає на новій, вигідній Москві угоді.
Дорошенко від імені старшин і гетьмана подає 14 нових статей, що були схвалені на козацькій раді в Жердовій Долині. Погоджуючись на прийняття московської протекції, дорошенківці вимагали свободи закордонних зносин для гетьмана, заборони кому б то не було в Україні зноситись з Москвою поза гетьманом, вільного вибору Київського митрополита і зверхності патріарха Царгородського над Українською Церквою, щоб, зрештою, вільно було закладати в Україні школи з рідною мовою навчання, що московський воєвода мав бути лише у Києві… Князь Трубецькой закрутив носом і навіть прийняти ці статті для розгляду відмовився, вимагаючи, аби до нього негайно прибув сам гетьман Юрій Хмельницький, про якого воєвода Шереметьєв зневажливо відгукувався: «Прилично бы такому гетьманишке еще гуси пасть, а не гетьманствовать». Юрій Хмельницький спершу вагався (главі уряду не престижно їхати на прийом до князя чужої держави), але врешті, згнітивши серце з безвиході, прибув до Переяслава, де стояв князь Трубецькой.
Аби показати, хто він такий, князь кілька днів не приймав гетьмана, стягнувши до Переяслава 40 тисяч московського війська буцімто для «оберігання» — від кого? — козацької ради. Зрештою, 17 жовтня, промаринувавши гетьмана більше тижня, Трубецькой погодився на зустріч. Статті нової угоди, привезені Дорошенком, він відкинув, а продиктував їм свої умови, за якими українську автономію було обкраяно по саме далі нікуди, і 18 жовтня в Переяславі (і що за нещасливий град для України!) в соборній церкві відбулася силувана присяга гетьмана та старшин на основі нової угоди, продиктованої козакам Трубецьким.
Дорошенко та його товариші залишили Переяслав з пекучим відчуттям сорому, поразки, ганьби і ненависті до брутального переможця, з відчуттям, що вони продали Україну (так воно, власне, й було) за безцінь. У тих статтях угоди навіть був ганебний пункт про видачу Москві жінки й дітей Виговського, і українська старшина, не згорівши від неслави, підписала їх, і всі попередні зусилля Богдана Хмельницького були похерені.
Та дорошенківці вирішили не здаватися — була слабенька надія на «справедливість» московського царя — а раптом вдасться його умовити дарувати Україні хоч куценьку волю, хоч півволі, хоч крихту волі, га? (Наївна віра у доброго чужого царя, з якою Україна не розлучилася й понині, тяжко хоруючи на неї віками!).
Ю. Хмельницький, будучи безвольною людиною, легко піддавався чужим впливам. Навіть поганим, на шкоду своїй вітчизні. Але, на щастя, й добрим. Дорошенківці умовили його ще поборотися за волю. Позітхавши — «Та воно й так, батькові Москва обіцяла більше волі», — синок його погодився відрядити до Москви своїх людей.