На раді поблизу Козачої Діброви 17 червня 1672 року гетьманом обрали іншого угодника Росії Івана Самойловича. За роки свого гетьманства він, щоправда, намагався об’єднати дві України — Лівобережну і Правобережну, — але не для створення незалежної держави, а щоб об’єднану віддати під владу московського царя. А тому, скільки був при уряді, стільки й вів війну проти гетьмана Правобережної України Петра Дорошенка, який хотів об’єднати Україну з тим, щоб зробити її повністю ні від кого не залежною — ні від царя, ні від короля, ні від султана, не кажучи вже за хана. Підім’явши під себе гетьмана Самойловича (це було зробити відносно легко, адже на похиле дерево і кози скачуть), Москва звідтоді договірні статті складала сама, а українська старшина лише мала покірно їх підтверджувати. Кількість козаків зменшила до 20 тисяч, старшину перестала допускати на дипломатичні заходи царського двору, їй заборонялося без спеціального на те дозволу Кремля обирати навіть гетьмана. Це вже було занадто! Але й цю гірку пігулку мовчки проковтнули Самойлович та іже з ним. Самойлович з усіма умовами, що їх диктувала Москва, покірно погоджувався, ставши на той час не так главою уряду, як старшим на Україні виконавцем волі царя сусідньої держави. Він був типовим борцем за булаву, які в Україні ніколи не переводились. Подібні борці за булаву готові були йти на будь-яке урізання вольностей, виконували будь-які вказівки Кремля, аби лишень мати верховну владу. Бодай і номінальну, бо справжня влада на Україні вже відтоді повністю належала Москві.
Автономія — і без того куца, — за гетьманування Самойловича все більше й більше обмежувалась, урізалася, зводилась нанівець. Але найбільшим злочином Поповича проти рідної вітчизни було те, що він незалежну Українську Православну Церкву — вона лише номінально підлягала Константинополю — віддав московському патріархові. Звідтоді за триста з лишком літ на волю пощастило вирватися — вже в незалежній Україні — лише частині церкви, колись проданої Самойловичем Москві і утворити свій Патріархат — Київський.
Хоча де в чому й Івана Самойловича можна зрозуміти. Не виправдати, а лише зрозуміти. Він, як і всі інші гетьмани, крутився між двома вогнями — польським і московським на Україні, а воно куди не повернись, і там гаряче, і там пече… Добре посприяли його переходу до Москви (навіть самі того не усвідомлюючи) поляки. Гоноровите польське панство своїм нецивілізованим варварством, просто-таки аморальним ставленням до сусідів своїх, українців, підганяло гетьмана перебігти до Москви. Гонор, здається, позбавляв поляків розуму й історичної перспективи. З цього приводу Іван Самойлович, ледве стримуючи образу, що кипіла в його душі, писав кошовому Івану Сірку, як поляки ненавидять запорожців і взагалі українців за православну віру:
«У поляків, що русин, то й песя кість, і недостоїн русин, особливо наш брат козак, не тільки перед поляком сісти, але й стояти трудно».
Самойлович за це поляків не любив (поляки в свою чергу не любили Самойловича), і, коли постала проблема кого вибирати, до кого приставати — до Варшави чи до Москви, — вибрав останню, знаючи, що вона — менше зло у порівнянні з першою, адже поляки яку тільки наругу не чинили над українцями, називаючи їх не інакше, як «хлопами» і «бидлом». Але непомірно роздутий гонор, що доводив їх іноді до абсурду, — це ще півбіди. Біда була в тому, що ніхто, навіть турки чи татари, не чинили таких звірств на Україні, що їх тоді чинили поляки ім’ям Корони і свого круля. Польський гетьман С. Потоцький у листі до короля писав з України: «Де тільки траплялося містечко, слобода чи село, вирубавши мужицтво, ми спалювали весь достаток». Як тут не побіжиш до Москви! І Самойлович побіг. В результаті своїх жорстокостей поляки й програли герць з Москвою. А Москва, як тільки вона одна уміла це робити, хвалила — на словах, звичайно, — свого вірного підніжка, задобрювала його різними брязкальцями — поки він був їй потрібний і обставини вимагали його присутності на чолі уряду. Особливо хвалила за те Поповича, що він вижив з гетьманства Дорошенка, провідника незалежної України. Навіть послано йому було з Москви жалувану грамоту, а з нею — золотий ланцюг (яка зловісна символіка, адже Іван Самойлович все своє гетьманство був припнутий до золотого московського ланцюга), а з ним два діамантові клейноди — за вірність, звісно. І все ж Москва повністю не довіряла навіть такому вірному слузі, яким був Самойлович, зажадавши, аби гетьманові сини в якості живої застави постійно знаходилися в першопрестольній. На той випадок, якщо їхній батечко та раптом відколеться від Московії, бунт проти неї підніме, чи що, сини його тоді будуть в один мент схоплені і скарані на горло — удар довбні по голові, і поскидають їх під лід Москви-ріки, якщо це буде взимку. Чи стрільці своїми бердишами повідрубують їм голови, якщо це трапиться в іншу пору року. Така погроза швидкої розправи з синами міцно тримала гетьмана на московському ланцюгові.