Року 1677–го, коли за допомогою Самойловича було позбавлено булави непоступливого Дорошенка і відправлено його у безстрокове вигнання в Москву без права повернення в Україну, Москва ініціювала (одних старшин застрахала, інших підкупила соболями) на козацькій раді вибори нового гетьмана. Висунула, звичайно ж, Івана Самойловича на посаду гетьмана «обох боків Дніпра», і покірна старшина (підкуплена — теж) покірно обрала Поповича гетьманом «обох боків Дніпра», після чого було складено цареві присягу на вірність і — для цього й затівався фарс з новими виборами гетьмана, — на вічне — ВІЧНЕ!!! — підданство. Старий, традиційно-український гетьманський прапор у Самойловича було відібрано (малиновий, він нагадував про волю України), а гетьману було піднесено новий, виготовлений у білокам’яній, «вірнопідданий» прапор, що мав уже підкреслювати залежність України від Московії — білий з білого атласу з малиновою оторочкою і двоголовим орлом посередині.
Ось тоді український (ніби ж український!) гетьман з чужим двоголовим пернатим хижаком на своєму прапорі подумав, що він уже ухопив самого Бога за бороду. А невдовзі виявиться, що таки й справді ухопив, але — шилом патоки. Проте, навіть засліплений вірністю московському цареві, навіть виступаючи тепер під двоголовим царським орлом, що мав його, гетьмана, тримати у своїх пазурах, як тримає орел якогось там ховрашка, Самойлович, як ще раніше інший великий прихильник Московії гетьман Многогрішний, почав прозрівати — та й не був же він викінченим ворогом України, щось українське, попри все, у ньому таки жевріло, гетьман ще пам’ятав, чийого він роду-народу, і бачив, що Москва хоче утнути з його батьківщиною, особливо після того, як у 1686 році вона уклала з Польщею мир — за рахунок України та поділу її на дві частини. Тоді ж цареві нишпорки в Україні доносили в Москву: гетьман Самойлович починає виявляти незадоволення московською політикою щодо України. Це насторожило Москву, а тут і зручний випадок трапився, аби розквитатися з гетьманом, що вже почав — посмів! — зводитись з колін. У 1687 році російсько-козацькі війська під спільним командуванням князя Голіцина та гетьмана Самойловича вирушили в Крим. Літо й без того видалось засушливим, на додачу татари заходилися випалювати степи, все на шляху просування військ куріло, залишаючи попіл і обгорілу землю, обрії днями були затягнені ядучим димом. Татари почали витіснювати Голіцина зі степу. Об’єднане військо губило коней, до всього ж спалахнув голод. Боячись потрапити в полон, Голіцин спішно повернув на Україну, але вину за свій безславний похід звалив на Самойловича — це він, мовляв, намовив татар підпалити степ.
Самойловича схопили й спішно відправили під посиленим конвоєм до Москви — звичайно ж, в ранзі «ізмєнніка і вора». Там його жорстоко допитували на дибі… А тим часом в Україні майно його розікрадуть, щось конфіскують, але більшу частину заберуть собі воєводи — навіть золотий ланцюг московський з двома діамантовими клейнодами. І гетьман з гіркотою збагне, що це вже все, що навіть вірність цареві не порятувала його від розправи самого ж царя, що підступніших за московитів годі й шукати, але було пізно вже що-небудь робити. Молодшого сина гетьмана після жорстоких тортур буде обезголовлено (посмів, бачте, протестувати проти безчинств росіян в Україні), а старшого разом з батьком етапом відправлять на заслання до Сибіру, як збіглих каторжників, де гетьман і помре у місті Тобольську через три роки бідування. Усіма забутий, нікому ні в Україні не потрібний, ні тим більше в Москві, якій він так ревно служив. За ту ревність і поплатився. А прозрівати почав, — як і свого часу гетьман Многогрішний, — занадто пізно і нерішуче.