Чтобы предотвратить угрозу, нависшую над собственной персоной, Генрих VII незамедлительно начал строить планы разоблачения и уничтожения самозванца. Для этого ему предстояло найти свидетельства того, что настоящий принц был все-таки убит в Тауэре, или доказать, что Перкин – самозванец, собрав сведения о реальной биографии этого человека.
К сожалению, первый план властолюбивого монарха не удался. Поведать о гибели принцев могли только четыре человека, которые непосредственно имели к этому отношение. Это нанятый королем Ричардом сэр Джеймс Тиррел, двое его слуг – палачи Джон Дайтон и Майлз Форрест, а также священник Тауэра, который похоронил убитых. Однако Майлза Форреста и священника к тому времени не оказалось в живых. Джеймса Тиррела и Джона Дайтона, находившихся в полном здравии, Генрих приказал заключить в Тауэр и подвергнуть допросу.
Свидетели рассказали, как король Ричард III направил указ об убийстве принцев коменданту Тауэра Брэкенбери, однако тот отказался совершить это ужасное деяние. Тогда король попросил сэра Джеймса Тиррела исполнить это поручение. В сопровождении слуг Тиррел отправился в Тауэр. Сам он остался у подножия лестницы, а своих слуг послал наверх. Эти негодяи как раз и стали непосредственными исполнителями воли короля, задушив принцев во сне. Тела убиенных зарыли тут же, под лестницей.
Однако когда королю доложили об исполнении его высочайшего повеления, он остался недоволен местом захоронения сыновей короля. Поэтому по его же приказу следующей ночью священник Тауэра выкопал тела и перезахоронил их в другом месте, которое было известно только ему одному. Эту тайну он унес с собой в могилу.
Итак, поскольку многое в показаниях свидетелей осталось не совсем ясным, Генрих решил пойти по другому пути, то есть попытаться собрать сведения о самозванце. В нескольких странах, в том числе и во Фландрии, Генрих создал сеть преданных агентов, которые собирали сведения не только о Перкине Уорбеке, но и обо всех участниках заговора. Некоторым из королевских агентов удалось примкнуть к окружению Перкина. Все сведения, которые удавалось добыть шпионам, незамедлительно поступали к Генриху. В итоге король получил исчерпывающую информацию о каждом из заговорщиков и к тому же завоевал расположение сэра Роберта Клиффорда.
С помощью придворных сплетен Генрих распространил слух о том, что неизвестно откуда взявшийся наследник престола является всего лишь дерзким самозванцем. В то же время король направил послов во Фландрию к великому герцогу Филиппу с целью убедить его отослать Перкина от двора. Однако Филипп ответил, что не может этого сделать, поскольку мнимый Ричард III находится под покровительством герцогини Бургундской, а распоряжаться на ее землях не в его власти. Но Генрих догадывался, что это лишь отговорка и что Филипп оказывает Перкину помощь и содействие.
Зная, что наибольшую поддержку самозванцу оказывали сторонники в Англии, Генрих решил сурово наказать группу главных заговорщиков в королевстве и тем самым подорвать силы сторонников Перкина во Фландрии. Король призвал к себе советников, которых изобличил в поддержке самозванца, и Клиффорда. Последний, дабы спасти свою жизнь, пал перед королем ниц и взмолился о пощаде, и Генрих сразу же милостиво даровал прощение. Взамен Клиффорд рассказал все, что ему было известно о самом Перкине и о деятельности его сторонников, в частности, выдал лорда-камергера королевского двора Уильяма Стенли. Случилось это 22 декабря 1494 года.
В своей «Истории Шотландии» Тайтлер по этому поводу записал: «Это разоблачение стало роковым ударом для йоркистов. Их замысел, по-видимому, состоял в том, чтобы провозгласить Перкина королем в Англии, пока его многочисленные сторонники готовились восстать в Ирландии; в то же время шотландский монарх должен был во главе войска нарушить границы и вынудить Генриха разделить свои силы. Однако предводители приграничных кланов, которым не терпелось начать войну, вторглись в Англию слишком рано; к несчастью для Уорбека, случилось то, что, пока буйная вольница, включавшая Армстронгов, Эльвальдов, Кроссаров, Вигэмов, Никсонов и Генрисонов, спускалась в Нортамберленд в надежде поднять там восстание в пользу самозваного герцога Йорка, предательство Клиффорда раскрыло все детали заговора, а поимка и казнь главарей повергла народ в такой ужас, что дело Перкина в тот момент представлялось безнадежным».