Зюганов ясно понимал всю изначальную ущербность «четвертооктябрьской» политической системы даже в сравнении с западными буржуазными образцами, но он не мог выбирать. Он мог только в рамках этого режима власти бороться за его изменение и коренное улучшение. Собственно, такой выбор был уже сделан в ходе участия в выборах в декабре 1993 г., а теперь только оставалось определиться с политической линией КПРФ в сложившихся условиях. Поскольку было однозначно ясно, что население страны не собирается активно протестовать и подниматься на борьбу со сложившейся авторитарно-либеральной системой, предстояло как-то вписаться в нее и легально вести борьбу с политическими противниками, собирая сторонников и избирателей. Это был сугубо прагматический курс, который, однако, мог оттолкнуть часть коммунистов, не желавших сотрудничать с режимом Ельцина — могильщиком советской власти, расстрелявшим конституционный парламент. Было очень важно для оппозиции не оттолкнуть таких оппозиционеров, особенно учитывая дефицит активных сторонников.
Перед фракцией коммунистов Зюганов поставил задачу формирования в парламенте левоцентристской коалиции, которая могла создать независимую парламентскую Комиссию по расследованию событий начала октября 1993 г. Нужно, по его мнению, сделать все для преодоления последствий роспуска Союза и восстановления связей между славянскими республиками и Казахстаном, для возобновлении деятельности Конституционного Суда, ликвидации последствий разрушительного курса правительства Гайдара и его преемников. Фракция коммунистов получила наказы избирателей, целого ряда общественных объединений, в том числе общества «Российские ученые социалистической ориентации», в которых формулировались определенные напутствия парламентариям. Прежде всего, это было требование решительной борьбы за социалистические идеалы. Все подобные наказы и требования не были формальностями — они ограничивали рамки маневров и компромиссов, обеспечивали принципиальную линию фракции в условиях, когда нельзя был ставить вопрос о ликвидации режима власти, политического курса, однако существовали возможности, объединив голоса коммунистов и сочувствующих патриотов (около 40 %), добиваться коррекции курса в интересах трудящихся.
Сразу после выборов в начале 1994 г. из правительства вышли радикальные либералы Е. Гайдар и Б. Федоров, что было вызвано относительным поражением либералов на выборах и вынужденным изменением стратегии Президента, правда, только формальным. Предстояла борьба за формирование более здравомыслящего правительства, озабоченного не либеральными прожектами, а реальной экономикой.
На первом этапе Зюганов направил свои усилия на достижение договоренности основных фракций — ЛДПР, «Выбора России», АПР, ДПР и самой КПРФ — по формированию руководства Государственной Думы. Зюганов провел подробные консультации с ДПР Николая Травкина и Аграрной партией Михаила Лапшина и подчеркнул, что КПРФ готова сотрудничать «со всеми, кто понимает, что нынешняя ситуация в России может привести к взрыву и диктатуре». По согласию фракций председателем Государственной Думы был избран представитель аграрной группы бывший коммунист Иван Рыбкин. Зюганов серьезно рассчитывал, что бывший товарищ по партии и участник обороны Верховного Совета будет по принципиальным вопросам если не поддерживать коммунистов, то хотя бы не противодействовать. Но жизнь показала, что Иван Рыбкин быстро отказался от своих былых убеждений и товарищей, став обычным функционером режима Ельцина. Он действительно врос в систему власти и стал получателем всех благ и привилегий правящего класса. Председателем Совета Федерации был избран активист режима В. Шумейко, бывший заместитель премьера Черномырдина. К нему Зюганов и подавно не испытывал никаких симпатий, зная его обструкционистскую практику запретительства в отношении коммунистической прессы, откровенное пресмыкательство перед Ельциным, нахрапистость в личном обогащении.
Два члена фракции КП РФ стали председателями важных комитетов Госдумы. Это были Виктор Илюхин, бывший прокурор, государственный советник юстиции 2 класса, и Виктор Зоркальцев, возглавивший комитет по делам общественных объединений и религиозных организаций. Член фракции Геннадий Селезнев — бывший главный редактор газеты «Правды» стал спустя некоторое время заместителем председателя Госдумы.
После создания руководящих органов Госдумы Зюганов все силы бросил на организацию комиссии по расследованию октябрьской трагедии 1993 г., не имеющей прецедентов в мировой истории. Администрация Президента и правительство Черномырдина не были заинтересованы в работе такой комиссии, так как она, несомненно, выявила бы не только непродуманные авантюристические действия вице-президента А. Руцкого и спикера Р. Хасбулатова, отдельных экстремистских групп, но и откровенно провокационные действия сил московской мэрии, президентских спецслужб, неблаговидную роль советников Президента и неумную политику самого Президента. В силу этого было очевидным, что власти будут как минимум саботировать работу комиссии и тем более выполнение ее решений. В ходе дебатов по инициативе фракции КПРФ и лично Зюганова было выработано постановление о возможности амнистии участников событий в обмен на отказ парламента от создания комиссии. Сложное негласное совместное решение о такой амнистии было реализовано, несмотря на интриги и отставку генерального прокурора Казанника. Вскоре из следственного изолятора Лефортово были освобождены А. Руцкой, Р. Хасбулатов и другие участники защиты парламента, а также участники предшествующих кровавых событий 1 мая и 7 ноября, а также августовского путча. Однако несмотря на компромисс для всей общественности было ясно, что оппозиция получила больше плюсов, чем власть. Это была важная тактическая победа оппозиции и первая демонстрация ее силы и влиятельности.
Геннадий Зюганов попытался развить успех оппозиции и заявил, что реализация Меморандума о согласии, предложенного Советом Госдумы, требует восьми условий национального примирения; во-первых, смены внешнеполитического и экономического курса Президента, во-вторых, создания «правительства национального доверия», в-треть-их, прекращения глумления над армией и милицией, в-четвертых, всемерной поддержки традиционных религиозных конфессий, в-пятых, возвращения долгов крестьянству, в-шестых, принятие чрезвычайных мер по борьбе с преступностью, в-седьмых, гарантии сохранения информационной свободы. И наконец, укрепления многонационального российского государства.
Это предложение не было принято правящим режимом, что, в общем, естественно, ибо это означало бы его самоликвидацию. Зюганов выступил в Государственной Думе с речью, в которой обратил внимание на то, что в стране начался широкий демонтаж советских органов власти и наблюдаются попытки принизить значение даже новой Государственной Думы, в которой якобы слишком много оппозиционеров. В этой связи Зюганов предложил ускорить процесс вхождения депутатов в законотворческий процесс с целью минимизации последствий разрушительной политики правящего режима.
Зюганов предложил сосредоточить внимание депутатов на пяти блоках законопроектов. В первый блок должны были войти законы об основных направлениях экономических реформ, во второй — законы, направленные на восстановление гражданского мира. В этой связи особенно важно было восстановить деятельность Конституционного Суда. Третий блок законов должен предусматривать защиту интеллектуального потенциала страны и малообеспеченных граждан. Четвертый посвящен информационной политике, ибо СМИ стали орудием раскола нации, а также парламента. Пятый блок законов должен быть посвящен выборам в местные органы власти.
Однако для правящего режима было очевидно, что Зюганов вкладывает в эти предложения иной социальный смысл, чем тот, который стремится воплотить в жизнь новая власть. Не имея преобладающей опоры в Думе, Президент попытался нейтрализовать думскую оппозицию. И прежде всего фракцию КПРФ во главе с Зюгановым. В марте 1993 г. Ельцин выступил с инициативой подписания пакта о гражданском мире. Зюганов так охарактеризовал содержание этого проекта: «Если оппозиция согласится все забывать, то власть за это обещает ее не ругать и не бить под дых коленом». Первый вариант Договора об общественном согласии вообще напоминал, по словам Зюганова, акт о безоговорочной капитуляции.