Томас Модифорд прибыл в Порт-Ройял в начале лета. Во время заседания Совета Ямайки, собравшегося 4 (14) июня, сэр Томас принес присягу в качестве губернатора. Одновременно в совет были избраны генерал-лейтенант сэр Эдвард Морган, генерал-майор Джон Модифорд (сын губернатора), капитан Джон Мэн, майор Уильям Айви и секретарь Питер Пью. 6 (16) июня членами совета стали также подполковник Томас Линч, полковник Сэмюэл Бэрри и подполковник Генри Арчболд, а 9 (19) июня — подполковник Джон Коуп и майор Томас Фаллер. Затем были предприняты первые шаги по сворачиванию приватирства. 11 (21) июня Совет Ямайки принял постановление о том, чтобы «в соответствии с распоряжением короля со всеми подданными его Католического Величества обходились как с друзьями и союзниками, и их суда или товары не должны захватываться в силу какой-либо каперской грамоты, ранее выданной, или под любым иным предлогом».
С отменой приватирства участились акты откровенного пиратства. 28 июня (8 июля) Эдвард Морган жаловался лорду Арлингтону, что его первое письмо к нему с Ямайки «было перехвачено неким пиратом из этого города». Вице-губернатор опасался, что после отмены каперских поручений количество пиратов в окрестных водах могло увеличиться: «В море все еще имеется 14 или 15 парусников… Они насчитывают 2000 или 3000 человек, мы же не имеем ничего сильнее фортификации, способной вместить 100 человек».
Подробные сведения о состоянии дел на Ямайке содержало также письмо сэра Томаса Модифорда госсекретарю. Губернатор сообщал, что был встречен местной администрацией и жителями «с величайшей любезностью» и в течение месяца знакомился с островом, который нашел «весьма целебным и приятным». Помимо губернатора и вице-губернатора суда «Уэстергейт», «Блессинг», «Мармадюк» и «Своллоу» доставили на Ямайку 987 переселенцев. Местом своего поселения Модифорд избрал не Порт-Ройял, а Сантьяго-де-ла-Вегу. Данное решение объяснялось тем, что с «большой земли» до оконечности косы Палисадос, на которой располагался Порт-Ройял, можно было добраться, лишь преодолев шесть миль по воде; это было небезопасно, утомительно и дорого.
Далее упоминалось о прибытии на Ямайку капитана Сварта с «Гриффином» — «без людей и денег, а судно его уже не могло держаться на плаву». Предполагая дать о нем подробный отчет королю, Модифорд сообщал о своем намерении укомплектовать «Гриффин» новой командой и отправить его на Барбадос — за женой и новыми переселенцами. Эту информацию подтвердил и Томас Линч, который писал госсекретарю, что «сэр Томас Модифорд отправил своего сына, генерал-майора Джона Модифорда, на небольшом фрегате, называемом “Гриффин”, с 14 или 16 пушками, чтобы привезти с Барбадоса свою жену и любых плантаторов, которые пожелают сесть на корабль для поездки на Ямайку».
В компании с «Гриффином» ушли суда «Уэстергейт» и «Своллоу». Подчиняясь господствующим ветрам и течениям, они пошли сначала на запад, к кубинскому мысу Сан-Антонио, чтобы затем обогнуть Кубу с севера и взять курс на Малые Антильские острова. 28 августа, во время сильного шторма в Мексиканском заливе, кеч «Своллоу» капитана Энсома отделился от двух других кораблей и самостоятельно вернулся на Ямайку в конце декабря.
Согласно показаниям пленного испанского капитана Франсиско Мартина, взятым спустя четыре года, два английских судна потерпели крушение у берегов Флориды в августе 1664 года. Уцелели лишь пять человек. Они попали в плен к индейцам и жили среди них, пока губернатор Флориды не отправил солдат выкупить пленников. Последних доставили в Сан-Аугустин (современный Сент-Огастин, США) в ноябре 1664 года. Один из пленных англичан сообщил Мартину, что является старшим сыном губернатора Ямайки (у него были «прекрасное массивное тело, очень хорошее лицо и светлые, слегка вьющиеся волосы»). В январе следующего года губернатор Флориды велел капитану Мартину снарядить фрегат, чтобы отвезти пленных в Гавану, а оттуда на галеонах «серебряного флота» — в Испанию. Но, замечает Мартин, в Гаване в то время не было кораблей, готовых уйти в Европу. Дальнейшая судьба Джона Модифорда осталась невыясненной.