Согласно показаниям Хуана де Пинеды, пленника из Сан-Фелипе, пиратский гарнизон этой крепости насчитывал лишь 30 или 40 человек и сменялся каждые сутки, поскольку «болезни среди людей Моргана не прекращались». Время работало против флибустьеров. Испанцы постепенно стягивали из провинций в Панаму дополнительные силы и рано или поздно могли атаковать Портобело и выбить оттуда захватчиков. Поэтому оставаться в разоренном городе в ожидании того, что испанская сторона согласится выполнить его условия, Морган не мог. Уже через два дня после переговоров с Арикагой он отправил одного из пленных к Кристобалю Гарсия Ниньо, командовавшему арьергардом войска Бракамонте, с предложением возобновить переговоры.
Гарсия Ниньо повторил аргументы Арикаги. При этом он дал понять английской стороне, что испанцы не смогут собрать более 100 тысяч песо (около 25 тысяч фунтов стерлингов).
Морган вынужден был согласиться на предложенную сумму. Но тут же добавил, что деньги должны быть выплачены в течение десяти дней — не позже.
Гарсия Ниньо предложил флибустьерскому адмиралу следующую процедуру передачи денег. Во-первых, для укрепления взаимного доверия обе стороны должны будут освободить заложников. Во-вторых, обмен заложниками и передача денег должны состояться после того, как англичане покинут Портобело. Затем представители обеих сторон должны будут подойти к устью гавани «на двух одинаковых [по силе] кораблях, один для передачи, а другой для приема денег, один вернется к берегу с испанскими заложниками, а другой выйдет в море с английскими заложниками».
Моргану такой сценарий не понравился. Он соглашался передать испанцам заложников — Гарсия Ниньо сам мог отобрать шесть флибустьерских капитанов. Соглашался, чтобы испанские заложники еще до ухода англичан проверили крепости и убедились, что все пушки в них остались нетронутыми. Однако не соглашался на то, чтобы его флотилия вышла в море до того, как деньги окажутся на борту кораблей.
На этом завершился второй раунд переговоров. Гарсия Ниньо поспешил в Панаму и прибыл туда в воскресенье 19 (29) июля — через день после прихода туда Бракамонте и его войска. Дона Агустина он застал в расстроенных чувствах: убедившись, что никаких французских отрядов на перешейке нет, президент теперь побаивался быть обвиненным в трусости и отказе от попытки изгнать английских корсаров из Портобело. К счастью, информация Гарсия Ниньо о том, что ему удалось договориться с Морганом о выкупе за город, значительно улучшила самочувствие дона Агустино.
На военном совете, созванном для обсуждения условий выкупа, Бракамонте выступил с трогательной речью. В ней он выразил сожаление, что во время его губернаторства «королевство Тьерра-Фирме понесло столь великое и справедливое наказание за свои грехи». Он был убежден, что в сложившихся обстоятельствах испанцам не оставалось ничего иного, как уплатить англичанам требуемый выкуп. Если бы флибустьеры сожгли Портобело и разрушили его крепости, испанская торговля в регионе пришла бы в упадок, а король не скоро нашел бы деньги на восстановление разрушенного.
Остальные члены хунты поддержали мнение дона Агустино, хотя контадор дон Себастьян Гомес Каррильо заметил, что своим согласием отдать деньги пиратам они создают опасный прецедент.
Деньги для выкупа Портобело и его фортификаций собрали за три дня. Как сообщает Питер Эрл, кое-что взяли из королевского казначейства, однако большую часть суммы заняли у частных лиц (почти половину дал один богатый купец, торговавший с Перу и финансировавший неудачную вылазку Бракамонте в окрестности Портобело). Позже, после прибытия в Портобело галеонов «серебряного флота», жители несчастного города вынуждены были вернуть негоциантам Панамы занятую у них сумму.
24 июля (3 августа) двое панамских собственников каравана мулов написали расписку на переданные им сокровища и вместе с погонщиками и вооруженным эскортом двинулись по дороге на Портобело. Когда они прибыли в разоренный город, радости флибустьеров не было предела. Испанцы передали Моргану 27 слитков серебра стоимостью 43 тысячи песо, несколько сундуков серебряных пластин стоимостью 13 тысяч песо, четыре тысячи песо в золотых монетах и 40 тысяч песо в серебряных монетах — всего на сумму 100 тысяч песо.
Согласно легенде, которую приводят в своих сочинениях Эксквемелин и Шарлевуа, президент Панамы долго не мог понять, как это четыре сотни разбойников без артиллерии и осадной техники смогли взять, казалось бы, неприступный город. Он послал к флибустьерскому адмиралу парламентера с просьбой рассказать, каким образом ему удалось захватить столь сильное укрепление. Морган встретил посланца очень приветливо, передал ему «французское ружье длиной в четыре с половиной фута, стреляющее пулями весом шестнадцать штук на фунт, а также патронташ с тридцатью зарядами, также французский, и прочие принадлежности. Вручив подарки, Морган передал через этого гонца президенту, что дарит ему ружье и что через год или два сам придет в Панаму. Президент в ответ послал Моргану подарок: золотое кольцо со смарагдом; он поблагодарил Моргана и передал, что с Панамой ему не удастся проделать то же самое, что с Пуэрто-Бельо, даже если Моргану удастся подойти к городу».