Отношения Гиммлера с Гейдрихом в первые годы войны были сложными и запутанными. Когда Гиммлер принял Гейдриха в СС, они оба были молоды, Гиммлеру был 31 год, а Гейдриху — 27. В начале войны Гиммлеру еще не было сорока, а Гейдриху было 35 лет. Те, кто мог близко наблюдать этих двух очень разных людей, к примеру, Гизевиус, Керстен и Готтль, очень похоже оценивают Гейдриха. По словам Готтля, который занимался у Гейдриха, а затем у Шелленберга подделкой паспортов и банкнот, Гиммлер был посредственностью в сравнении с Гейдрихом, который не интересовался навязчивыми идеями своего шефа, расистскими или другими, а быстро научился пользоваться данной ему властью. В конце концов, по свидетельству Готтля, он так подорвал положение Гиммлера, что, останься он в живых, в 1944 году фюрер назначил бы его министром внутренних дел, чтобы разрушить или создать противовес власти, которую сосредоточил у себя Гиммлер. Однако позиция Гейдриха в отношениях с Гиммлером ослабела, когда в сентябре 1941 года Гитлер, не посоветовавшись с Гиммлером, назначил Гейдриха заместителем протектора рейха в Чехословакии. Гейдриху было поручено подчинить несчастную страну, которая считалась мятежной под властью относительно слабого правления протектора рейха Нойрата, бывшего у Гитлера министром иностранных дел до назначения на этот пост Риббентропа. Нойрата заставили полностью передать дела в руки Гейдриха.
Постепенное движение Гейдриха к сравнительно независимому положению продолжалось первые два года войны. Гиммлер, который никогда не действовал моментально, поручал ему все больше чудовищных заданий, которые давал Гитлер, и даже терпел то, что Гейдрих мог являться с докладом прямо к фюреру или Герингу. Следует помнить, что с 1939 года и до конца жизни Гиммлер был болен и находил облегчение физического и психологического напряжения при помощи искусного массажа Керстена.
Было бы большой ошибкой недооценивать Гиммлера, той самой ошибкой, которая, фактически, и позволяет таким в общем-то незначительным людям, как он, получать огромную власть в политике и промышленности. За пенсне, безупречно подстриженными усами, срезанным упрямым подбородком и узкими покатыми плечами стоял человек страстных убеждений, который видел во власти не возможность купаться в роскоши, как Геринг, или реализовать амбиции оратора и политического демагога, как Геббельс, а возможность исполнить принятую на себя роль Мессии для немецкой расы.
Но с его темпераментом и слабым здоровьем он так никогда и не стал человеком действия. Он, несомненно, старался утвердиться на этом пути; он видел себя в форме полицейского или солдата, даже полевого командира, но ему не хватало ни умственных, ни физических сил для этого, и в итоге он выглядел нелепо. Но когда это происходило, Гейдриха уже не было в живых. До 1939 года, пока развивалась служба СС, и в первые два года войны именно Гейдрих снабжал Гиммлера идеями и способами их осуществления, став его вторым «я» до того момента, когда наконец смог вырваться на свободу и претендовать на собственную власть, подчиняясь непосредственно Гитлеру.
По свидетельствам его долготерпеливой жены Лины Гейдрих, которая, как и Марга Гиммлер, была страстной нацисткой и любила посещать модные вечеринки, устраиваемые для нацистских жен, Гейдрих приходил домой, проклиная глупость и пустую трату времени, которой оборачивались навязчивые идеи Гиммлера для руководства СС. Перехватив власть у Гиммлера, он не упустил случая показать свое презрение к этой безумной мифологии. Для Гейдриха имела значение не теория, а практика; на его взгляд, для обоснования очевидной необходимости преследования всех тех, чье присутствие препятствовало «арийскому» господству, не нужны были сложные теории. Но, как бы ни была велика разница между Гейдрихом и Гиммлером, Гейдрих всегда старательно поддерживал официальность их отношений.