Хесс, ставший одним из самых доверенных сотрудников Гиммлера, пережил падение Германии. Хотя в мае 1945 года он был арестован, его личность не смогли установить, и его пришлось освободить. Когда его арестовали снова, он назвал себя и 16 марта подписал признание, где говорилось: «Я лично по приказу, полученному от Гиммлера в мае 1941, организовал отравление газом 2 миллионов человек в июне — июле 1941 года и в конце 1943, в то время, когда являлся комендантом Аушвица». Он был очень откровенен и готов к сотрудничеству, давая свои страшные показания в Нюрнберге, со всей беспристрастностью хорошего и скромного управляющего. Позже его передали в руки польских властей и, ожидая суда, он написал автобиографию, являющуюся, возможно, самым невероятным документом, который мог создать нацистский агент. Если Шелленберг с наслаждением описывает свои запутанные шпионские предприятия, которые он выполнял для Гейдриха и Гиммлера, и пишет свою историю так, будто это триллер, Хесс всегда скромен, меланхоличен и нравоучителен. Воспитание в католическом духе привило ему высшую добродетель послушания.
Хесс изображает себя простым, добродетельным человеком, любящим работу и армейскую службу и чувствовавшим себя подавленным подонками-уголовниками, с которыми он был вынужден работать. В Дахау ему не нравились методы, используемые Эйке, и, сознаваясь, что «симпатии его были на стороне заключенных», он признает, что ему «слишком нравилась черная форма», чтобы заявить о своем несоответствии занимаемой должности и оставить работу. «Я хотел выглядеть жестким, чтобы не показаться слабым». Когда он прибыл в Заксенхаузен в качестве адъютанта, его назначили командовать казнью одного офицера СС, который из сострадания позволил заключенному бежать. «Я был так взволнован, — вспоминал Хесс, — что едва смог направить дуло пистолета на его голову для последнего смертельного выстрела». Но казни стали обычным делом, и Хесс научился прятать голову в песок послушания. Примерное поведение способствовало его повышению: он стал комендантом Аушвица. Там он, по его словам, «жил лишь для работы… Я был поглощен, можно сказать одержим… Любая новая трудность лишь усиливала мое рвение». Но этот идеализм обманула «общая ненадежность», окружавшая его. Сотрудники Хесса, по его утверждению, подводили его, и он оказался беспомощным против коррупции и враждебности собственных подчиненных. Он начал понемногу выпивать; его жена пыталась помочь ему, организовывая общественную жизнь в их доме в лагере, но «все человеческие эмоции отошли на второй план».
В ноябре 1940 года Хесс доложил о своих планах для Аушвица Гиммлеру, который отмахнулся от страхов и обид коменданта и проявил интерес, лишь когда обсуждение коснулось создания в Аушвице базы сельскохозяйственных исследований с лабораториями, питомниками и оборудованием для селекции. Что же касалось узников и условий их жизни, то здесь Хесс мог «импровизировать» как только мог. Лишь в марте следующего года Гиммлер посетил лагерь в сопровождении своих чиновников и «нескольких руководителей «I. G. Фарбен Индустри». Глюке, инспектор концентрационных лагерей, прибыл заранее и «постоянно предупреждал», чтобы Хесс «не доложил чего-либо неприятного рейхсфюреру СС». Когда Хесс попытался рассказать ему об ужасной перенаселенности и отсутствии канализации и водопровода, Гиммлер лишь ответил, что численность узников в лагере должна быть увеличена до 100 000, чтобы обеспечить рабочей силой «I. G. Фарбен Индустри». Что касается Хесса, он должен был импровизировать дальше.
Хесс был человеком, которому Гиммлер оказал особое доверие в июне 1941 года, когда, по его словам, «приказал приготовить в Аушвице сооружения, где могло бы происходить массовое уничтожение… По воле рейхсфюрера СС Аушвиц стал величайшим центром истребления людей всех времен».
Согласно подробному отчету Хесса об этой встрече, Гиммлер объяснил ему, что выбрал Аушвиц «из-за его близости к различным коммуникациям и потому, что место легко могло быть изолировано и замаскировано». Он говорил, что в Аушвиц приедет Эйхман, чтобы дать ему секретные инструкции о том, какое оборудование должно быть установлено. Хесс оставил полный и правдивый отчет об экспериментах, за которые отвечали они с Эйхманом и которые привели к сооружению газовых камер следующей зимой. К весне 1942 года организованные убийства стали обычным делом в Аушвице; в период испытаний использовали русских военнопленных. «Убийства… не слишком беспокоили меня в то время, — писал Хесс. — Должен даже признаться, что отравление людей газом успокаивало меня». Хесс не получал удовольствия от жестокой бойни, вызванной другими формами убийства, а Гиммлер предупредил его о том, что вскоре прибудут новые вагоны депортированных евреев.