Нантский эдикт был очень близок по содержанию к эдикту, принятому в Пуатье в 1577 году, но еще более либерален: в нем расширялись свободы, касавшиеся отправления протестантского культа, и делалось гораздо больше фактических уступок протестантам. Теперь они пользовались теми же гражданскими правами, что и католики; они должны были допускаться в университеты, а католическим проповедникам запрещалось подвергать нападкам их веру. Чтобы юридически гарантировать их права, эдиктом предусматривалось учреждение в Парижском парламенте палаты, в которую входили на паритетных началах католики и протестанты. Аналогичные палаты создавались в Руане, Ренне, Бордо, Кастре и Гренобле. Помимо этих правовых гарантий, которые в гражданском отношении уравнивали их с католиками, протестанты получили ряд привилегий: они оставались организованными в партию, сохраняли свои синоды, получали на восемь лет 100 крепостей, в том числе и такие важные, как Монпелье, Ла-Рошель и Монтобан. Таким образом, католическое государство брало на себя бремя расходов по обеспечению гарантий, направленных против него же самого: создавалось государство в государстве, более мощное, чем королевская власть, по крайней мере в военном отношении, ибо протестанты могли собрать армию в 25 тысяч человек, тогда как регулярная королевская армия не превышала десяти тысяч. Поэтому не удивительно, что Нантский эдикт натолкнулся на активное сопротивление католического большинства. Однако в период первоначальной эйфории, которой сопровождалось оглашение этого документа, его удалось подписать без особых затруднений.
Главные трудности начались после того, как отшумели торжества по случаю подписания Нантского эдикта: мало было подписать этот документ, предстояло еще зарегистрировать его парламентами — Парижским и провинциальными. В частности, один весьма примечательный случай осложнил эту процедуру.
Екатерина Бурбон, сестра Генриха IV, никогда не отрекалась от протестантизма и открыто отправляла реформатский культ в Лувре, собирая при этом до 1500 присутствующих и тем самым грубо нарушая пределы, установленные Нантским эдиктом. Но что можно было сказать сестре короля? И все же она была далеко не столь свободна в других отношениях. Как мы помним, царственный брат решительно воспротивился ее браку с графом Суассоном. Он обрек ее на то, чтобы жить в тени Габриели д’Эстре, и, в конце концов, решил выдать ее замуж за Генриха Лотарингского, герцога Бара. Сорокалетняя старая дева Екатерина не стала противиться этому браку, заключавшемуся из соображений государственного интереса. Единственным препятствием было различие в вере. Она решительно отказалась отрекаться от протестантизма, а на смешанный брак требовалось специальное разрешение папы. Вызывало возражение и близкое родство жениха и невесты. Однако Генрих IV пренебрег всеми этими обстоятельствами. Бракосочетание совершил его брат по отцу, незаконнорожденный Карл Бурбон, которого сделали архиепископом Руанским. Правда, тот отказался проводить обряд бракосочетания в церкви, поскольку Екатерина не была католичкой. Тогда Генрих IV предложил своему брату-бастарду совершить таинство брака в кабинете его охотничьего замка Сен-Жермен. Скорее для формы, нежели по существу архиепископ пытался было протестовать, заявив, что это — не освященное место. «Мой кабинет является освященным местом, — возразил король, — и мое присутствие стоит мессы». Не оставалось ничего иного, кроме как подчиниться, и прелат соединил узами брака Екатерину и герцога Бара.
Столь грубое нарушение правил католической церкви спустя всего несколько месяцев после опубликования Нантского эдикта тяжело оскорбило католиков и сделало их оппозицию еще более ожесточенной. Во главе оппозиционного движения был Парижский парламент, который, несмотря на многочисленные письменные королевские распоряжения, раз за разом откладывал регистрацию эдикта, что препятствовало практическому применению его положений. Решив покончить с этим, Генрих IV приказал парламенту 7 февраля 1599 года явиться к нему в Лувр, дабы выслушать его волю, и членам парламента не оставалось ничего иного, как подчиниться: 25 февраля 1599 года Нантский эдикт был зарегистрирован Парижским парламентом.
Оставалось сломить сопротивление провинциальных парламентов. Это потребовало от короля большого терпения: последним зарегистрировал эдикт парламент Ренна лишь 23 августа 1609 года. Несколько раньше, в первые месяцы того же года, после долгих объяснений по поводу своего нежелания регистрировать эдикт, это сделали парламенты Тулузы, Бордо и Экс-ан-Прованса.