Ситуация была настолько тревожной, что Генрих IV решил лично посетить мятежный город. Он опасался, что герцог Буйон воспользуется инцидентом, чтобы уговорить некоторых германских князей вмешаться. К счастью для короля, граждане Меца доброжелательно встретили его, и Соболь сдал ему цитадель. Генрих IV упрочил свои позиции, разместив в городе королевский гарнизон. Этот не столь уж крупномасштабный инцидент наглядно показывает, что король постоянно опасался иностранного вторжения и делал все для того, чтобы своевременно и решительно пресекать его.
Пасху 1603 года Генрих IV праздновал в Меце. Представители иезуитов воспользовались этим случаем, чтобы просить его разрешить им возвратиться во Францию. Вопрос был непростой, и король отложил его решение до возвращения в Париж. Наконец, в сентябре было принято постановление: иезуитам разрешалось возвратиться во Францию при условии, что все члены Общества Иисуса, действующие в королевстве, будут французами по рождению. Пирамида, в свое время возведенная напротив Лувра в память об их изгнании, была снесена. Отец Коттон, иезуит, стал исповедником короля. Возмущению протестантов не было предела, однако Генрих IV доходчиво объяснил им, что ему пришлось выбирать между иезуитами и кинжалом и он предпочел первое.
4 апреля 1603 года скончалась Елизавета Английская. Отношения Генриха с ней далеко не всегда были простыми, она нередко (и, следует заметить, справедливо) критиковала его, однако он мог быть уверен в одном: она никогда не пошла бы на сговор с испанцами. Для Франции было жизненно важно поддерживать дружеские отношения с Англией. О новом английском короле Якове I Генрих IV знал мало, однако, похоже, тот не был столь непримиримым противником Испании, как его предшественница. Зато он был стойким протестантом, и вполне возможно, что Буйон или кто-либо иной из числа недовольных знатных гугенотов попытается уговорить его объявить себя покровителем французского протестантизма и в этом качестве вмешиваться во внутренние дела Франции. С учетом этого и с целью наладить дружеские отношения с новым английским королем Генрих IV направил летом 1603 года в Англию верного Рони (еще не ставшего тогда Сюлли). В целом его миссия оказалась успешной. Были возобновлены прежние договоры между двумя странами. Правда, при этом было подтверждено и заключенное в свое время Елизаветой с Карлом IX соглашение о торговых отношениях, несоизмеримо более выгодное для английских купцов, нежели французских, и английские торговые суда продолжали совершенно безнаказанно наносить урон французской коммерции. Вместе с тем большим утешением для Генриха IV, стремившегося к достижению паритета с Англией, могло служить то, что миссия Рони опередила испанцев, и тем пришлось довольствоваться условиями соглашения, которые Филипп II счел бы ниже собственного достоинства.
Франция теперь вступила в тесный союз с Англией, Швейцарией и Венецией. При этом она сумела утвердиться в качестве протектора ряда итальянских государств. От побежденной Савойи едва ли приходилось ожидать враждебных действий. Нидерланды были удовлетворены тем, что Генрих IV и Яков I договорились тайно оказывать им поддержку в борьбе с испанцами. Таким образом, урегулированная международная обстановка предоставляла Генриху IV свободу рук для решения внутригосударственных проблем. В течение 1604 года были достигнуты значительные успехи в преодолении финансового кризиса и хозяйственной разрухи.
Гораздо больше беспокойства доставляли Генриху IV его бывшие единоверцы-гугеноты. Их ассамблеи 1603 и 1605 годов показали, что протестанты отнюдь не удовлетворены сложившейся ситуацией. Герцог Буйон являлся бесспорным лидером протестантской знати. Его женитьба на наследнице Седана, территории, находившейся за пределами Французского королевства, давала ему такую свободу действий, которая сама по себе вызывала чувство беспокойства у короля. Целью герцога Буйона было добиться признания его в качестве протектора гугенотов, что позволило бы ему доминировать в провинциях к югу от Луары. Считалось, что он был замешан в заговоре Бирона и что испанцы оказывают ему финансовую поддержку. Его влияние распространилось по всей Гиени. Полагая, что протестантская оппозиция не прекратится, пока во главе ее стоит герцог Буйон, Генрих IV решил действовать.
Из Фонтенбло он двинулся в Лимож, ставший местом сбора недовольных. Большинство протестантов заявили о своей лояльности королю, так что в конечном счете в Лиможе было казнено лишь пятеро заговорщиков и чуть больше в Перигоре. После этого Генрих IV возвратился в Париж. Поскольку не удалось найти прямых улик против Буйона, король воздержался от принятия суровых мер в отношении него. Вероятнее всего, этих улик и не искали, опасаясь возмущения основной массы гугенотов, для которых герцог Буйон был отнюдь не предателем, а героем. И действительно, он не был авантюристом вроде д’Оверня. Он проявил себя отличным бойцом и не питал личной неприязни к Генриху IV. Истина состояла в том, что в новой системе абсолютистского централизма более не было места для вольнолюбивых устремлений знати.