Развернувшиеся события самым непосредственным образом затронули юного Генриха Наваррского: Екатерина Медичи распорядилась включить его вместе с Жанной д’Альбре в список тех, кого предполагалось арестовать. Верхом вероломства было то, что с этой целью она направила в По Жана де Лoса, того самого католического наставника юного Генриха, которого Антуан Бурбон в свое время назначил вместо Ла Гошри. Ему было поручено интернировать королеву Наваррскую и любым способом (уговоры, обещания, хитрость и даже прямое насилие) доставить Генриха ко двору. Однако де Лос из-за прохватившего его поноса задержался с выполнением полученного задания, и Жанна с сыном воспользовались этой задержкой: покинув По, они направились в Нерак, куда и прибыли 29 августа 1568 года. Туда же стекались и стихийно формировавшиеся для их защиты вооруженные отряды гугенотов. В Нераке Жанна узнала, что Конде и Колиньи отправились в Ла-Рошель, и она приняла важное решение, значение которого выходило за рамки чисто конфессионального вопроса, — присоединиться к Конде и Колиньи, что означало мятеж против короны и участие в гражданской войне.
Ввязавшись в вооруженный конфликт, королева Наваррская встала во главе французской Реформации, дабы защищать протестантизм, а вместе с тем и права принцев крови, прежде всего — своего сына. Главными противниками были объявлены окружавшие королеву-мать чужеземцы — лотарингцы Гизы и итальянцы. Религиозная война приобретала, таким образом, патриотический оттенок. Из королевских эдиктов, направленных на умиротворение страны, признававших определенные права как за католиками, так и протестантами, делался вывод о праве принцев решать, какого вероисповедания будут придерживаться их подданные, по примеру Священной Римской империи германской нации, в которой уже более десяти лет действовал принцип «Cujus regio, ejus religio» — «Чья страна, того и вера».
При этом если Жанна д’Альбре пыталась оправдать свою позицию тем, что она, сохраняя верность королю Франции, которого считала гарантом национального примирения, выступала против плохих советников, препятствующих умиротворению, то Мишель Лопиталь, уволенный с должности королевского канцлера, адресовал упреки непосредственно Екатерине Медичи, иезуитам, Филиппу II и, наконец, герцогу Анжуйскому, возведенному в должность генерального наместника королевства.
Контроль, осуществлявшийся Монлюком над Гиенью, был столь жестким, что Жанне д’Альбре пришлось хитрить и торопиться с отъездом, который приобрел характер бегства. Перед тем как покинуть Нерак, Жанна д’Альбре публично причастилась хлебом и вином, дабы подтвердить свою приверженность протестантизму, а затем вместе с сыном Генрихом, дочерью Екатериной и полусотней сопровождавших их дворян незаметно исчезла, предположительно 6 сентября 1568 года. Следы беглецов обнаружились 8 сентября в Тоннене, куда они прибыли, переправившись через Гаронну буквально под носом у Монлюка. Там с королевой и принцем Наваррскими встретился эмиссар королевы-матери месье де Ла Мотт-Фенелон, пытавшийся убедить их не иметь ничего общего с теми, кто «уже столько раз замышлял гибель сего королевства и дома, для коего вы имеете честь быть самыми близкими людьми».
Ему ответил, по свидетельству Жанны д’Альбре, рассказавшей о беседе с де Ла Мотт-Фенелоном в своих «Мемуарах», принц Наваррский, и этот ответ четырнадцатилетнего отрока был столь афористично ярок (это стиль самой Жанны), что вопрос о его авторстве остается открытым… Генрих будто бы сказал, что направляется в стан мятежников, дабы сэкономить материю для траурных одеяний, поскольку если принцы крови будут погибать один за другим, то им придется носить траур друг по другу, а если же они погибнут все сразу, то и не потребуется траурный убор — вот поэтому-то он и поехал к своему дяде, принцу Конде, чтобы жить и умереть вместе с ним. Когда же Ла Мотт-Фенелон упрекнул его, что они разжигают пламя пожара, который охватит всю Францию, юный принц ответил, что довольно будет одного ведра воды, чтобы потушить это пламя. Поскольку собеседник не понял его, Генрих пояснил: «Пусть кардинал Лотарингский пьет из него, пока не лопнет!» Пересказав эту беседу непримиримых противников, Жанна д’Альбре добавила, что написала об этом не ради восхваления сына и не из стремления быть его историографом. А для чего же тогда еще?