Армия Колиньи и после этого была достаточно многочисленной, чтобы перейти в решающее наступление, однако полководец гугенотов медлил. Беспрепятственно пройдя, если не считать сражения местного значения при Шарите-сюр-Луар, через две трети Франции и принудив 25 июня к отступлению королевское войско при Ла-Рош-Лабей, он вдруг затеял осаду Пуатье (Генрих Наваррский будто бы настоятельно просил его не делать этого), имевшую для гугенотов катастрофические последствия. Единственной причиной, заставившей Колиньи сделать столь бессмысленный и вредный в стратегическом отношении шаг, была необходимость оплачивать услуги ландскнехтов. Не имея наличных средств, он хотел расплатиться с ними, отдав им на разграбление город. Однако осажденный Пуатье под командованием юного Генриха Гиза успешно оборонялся. Так прошло лето и наступила осень. Бездарно потеряв время и около трех тысяч человек убитыми, 10 сентября 1569 года Колиньи был вынужден снять осаду города. О наступлении уже не могло быть и речи. Для отхода на зимние квартиры избрали тот же маршрут, что и в прошлом году. По пути следования местные крестьяне, обозленные насилием, которое чинили «борцы за веру», беспощадно уничтожали отдельные группы ландскнехтов, отбившиеся от войска в поисках поживы, и оставленных раненых.
Колиньи оказался настолько никудышным стратегом, что во второй раз позволил застать себя врасплох. 3 октября при Монконтуре Генрих Анжуйский нанес ему сокрушительное поражение. На поле битвы остались тысячи убитых гугенотов. Поражение Колиньи было тем более досадным, что, по донесениям, он имел все шансы на победу. На внезапное нападение католиков он ответил яростной контратакой, которая увенчалась бы полным успехом, если бы своевременно был задействован резерв. Четыре тысячи всадников под командованием Людвига Нассауского находились на близлежащей возвышенности и имели своей задачей охрану двух юных принцев — Генриха Наваррского и Генриха Конде. Правда, сообщения на сей счет разнятся: по одним данным, принцев перед боем представили войску и затем увезли в надежное укрытие (что более вероятно, учитывая, как бережно после гибели Луи Конде вожди протестантов, Колиньи и Жанна д’Альбре, относились к юным принцам), а по другим — они находились на упомянутой возвышенности под охраной рейтар Людвига Нассауского, которые официально числились резервом, в действительности же Колиньи будто бы строго-настрого запретил им вступать в бой, как бы ни обернулось дело. В комплиментарных биографиях Генриха Наваррского рассказывается о том, как юный герой, заметив с холма, что в сражении наступил переломный момент (воинство Генриха Анжуйского дрогнуло), потребовал ввести в бой резерв, который обеспечил бы победу, однако Людвиг Нассауский, исполняя наказ Колиньи, отказался, и битва была проиграна. Беарнцу не оставалось ничего иного, кроме как гневно протестовать и с воплями отчаяния наблюдать за разгромом своей армии.
И опять Колиньи, потерпев очередное поражение, обеспечил в образцовом порядке отход того, что осталось от армии гугенотов, — похоже, только это он и умел. Однако, несмотря на то, что католики несомненно одержали верх, адмирал и Генрих Наваррский не считали себя побежденными. В Ниоре, куда прибыла и Жанна д’Альбре, обсудили создавшееся положение, признав его хотя и не блестящим, но и не безнадежным. Не рассчитывая более на достижение успеха на севере, решили двинуться, дабы там вновь собраться с силами, на юг, где Монтгомери действовал гораздо успешнее Колиньи. В Беарне, Бигорре и Гаскони он, располагая сравнительно небольшими средствами, с удивительной легкостью сумел отбить занятые воинством французского короля города. Власть переменилась, и там, где еще недавно католические эмиссары ревностно истребляли ересь, начались гонения на католиков. Колиньи оставалось лишь продолжить начатое Монтгомери. Адмирал, умевший маневрировать куда лучше, чем сражаться, двинулся стремительным маршем, и даже страшный Монлюк не сумел остановить его. Правда, и тому один раз чуть было не улыбнулась удача. В декабре, когда гугеноты с целью форсирования Гаронны построили близ Пор-Сент-Мари мост из судов, он, дабы сорвать их переправу, придумал военную хитрость. На Гаронне, реке с быстрым течением, было множество мельниц, прикованных цепями к берегу. Монлюк приказал ночью тайком отвязать несколько таких мельниц, которые, увлекаемые течением, со страшным грохотом протаранили сооруженный гугенотами мост прямо под окнами принца Наваррского. Но это была лишь временная задержка, и 3 января 1570 года армия Колиньи воссоединилась с войском Монтгомери. Множество добровольцев пополнили армию принцев, которая смогла за девять месяцев совершить марш от Беарна до Шарите-сюр-Луар, пройдя через весь юг Франции и поднявшись по долине Роны.