Не питая ни малейших иллюзий, умиравшая с присущим ей спокойствием встречала неизбежное, выражая лишь обеспокоенность судьбой детей, которых оставляла во враждебном окружении. Хотя Генрих был уже взрослым человеком и мог бы, а главное должен был бы позаботиться не только о себе, но и о малолетней сестре Екатерине, обладавшей столь же твердым характером, как и мать, однако столь же и болезненной, как она, Жанна, видимо, уже поняла, что ее сын пошел характером в отца, и не была уверена в нем. 7 июня она продиктовала свое завещание парижскому нотариусу Эсташу Гогье, гугеноту, которому суждено было вскоре стать одной из жертв Варфоломеевской ночи. Королева Наваррская в последний раз наставляла своего сына жить в согласии со словом Божьим, не сворачивать с истинного пути и не поддаваться соблазнам мира сего. Вверяя его заботам кузенов Конде и Конти, она делала объектом особого его попечения сестру Екатерину, коей предписывалось завершить свое воспитание в Беарне, не имея дела с иными женщинами, кроме благочестивых протестанток, и выйти замуж за протестантского принца.
Утром 9 июня в возрасте сорока трех лет Жанна тихо скончалась, сказав последнее прости дежурившим у ее изголовья адмиралу Колиньи, своему духовнику Мерлену и мадам Конде, жене мужнина брата, с которой при жизни не всегда ладила. Несмотря на очевидно естественные причины ее смерти, тут же пошли слухи об отравлении — таким людям, как Жанна д’Альбре, прямо-таки неприлично умирать своей смертью. При этом мнения разделились: если одни утверждали, что Жанну отравили на обеде у парижского прево, то другие уверяли, что смерть к ней пришла через надушенные перчатки, присланные по поручению Екатерины Медичи (уж очень отвечала интересам королевы-матери кончина королевы Наваррской) ее парфюмером-итальянцем — печально знаменитым благодаря Дюма-отцу мэтром Рене. Нашлись и такие, которые хотя и поверили в болезнь Жанны д’Альбре, однако возложили ответственность за ее смерть на врачей, неверно поставивших диагноз и, соответственно, неправильно лечивших пациентку. Появление подобного рода слухов вполне объяснимо в свете трагических событий, потрясших Париж и всю Францию спустя полтора месяца: представлялось логичным устранение королевы Наваррской, дабы изолировать ее сына и одним махом обезглавить протестантскую партию.
Слухи слухами, но проведенное вскрытие не оставляло ни малейших сомнений: Жанна д’Альбре была смертельно больна и в любом случае не протянула бы долго. Патологоанатомическое исследование для того времени было большой редкостью, поскольку церковь прямо запрещала вскрывать тела умерших. Жанна и в этом проявила удивительную решительность и смелость. Опасаясь, что ее болезнь носит наследственный характер и угрожает Генриху с Екатериной, она распорядилась провести вскрытие, чтобы выяснить причины заболевания и при необходимости своевременно назначить ее детям лечение. Правое легкое у нее было поражено туберкулезом, а к тому же в нем еще образовалась гнойная опухоль, прорыв которой, по всей видимости, и вызвал летальный исход. Вскрыв череп, врачи обнаружили причину мучивших ее в последнее время головных болей: между мозговой оболочкой и черепной коробкой образовались пузырьки, наполненные жидкостью, вероятно, представлявшие собой еще один очаг туберкулезного заболевания. К сожалению, как и многое из того, что делала Жанна д’Альбре, эта ее последняя жертва, принесенная на алтарь материнской любви, впоследствии не пригодилась: Генрих Наваррский отличался завидным здоровьем («воспитание по-беарнски» не прошло даром), а Екатерина умерла в том же возрасте и, вероятно, от той же болезни, что и ее мать.