В этом заговоре «политиков» и «недовольных» оказались замешанными и такие важные персоны, как маршалы Монморанси и Коссе, которых в качестве наказания посадили в Бастилию, а также знаменитый астролог королевы-матери Козимо Руджиери. Хотя этот колдун и внушал многим страх, ему тоже не удалось избежать ареста. Вскоре в руки Екатерины Медичи попал и граф Монтгомери, невольно послуживший в свое время причиной безвременной смерти Генриха II: в ходе успешной военной операции в Нормандии маршал Матиньон взял его в плен и доставил в Париж, где после суда скорого и неправого его обезглавили, а затем еще и четвертовали его бездыханное тело. Не имея возможности или не желая привлечь к ответственности главных виновников, королева-мать срывала злость на пособниках, тех, кому отводились в заговоре второстепенные роли. Самую дорогую цену заплатили Ла Моль и Коконна. Им публично, на Гревской площади, отрубили головы. Маргарита, «любившая» де Ла Моля, и герцогиня де Невер, предававшаяся любовным утехам с Коконна, совершили безумный поступок, о котором в хрониках того времени повествуется в различных версиях: в более умеренной интерпретации, они похитили тела своих возлюбленных, дабы похоронить их в освященной земле аббатства Сен-Мартен-су-Монмартр, в более пикантном варианте — похитили только головы, которые похоронили в известном лишь им месте, предварительно уложив их в золотые ковчежцы. Самую невероятную историю (которую тем не менее охотно принимают на веру любители «жареного») поведал в своем сборнике исторических анекдотов Тальман де Peo: эти две экстравагантные дамы, облачившись в знак траура по утраченным любовникам в платья, украшенные костями и черепами, распорядились забальзамировать сердца Ла Моля и Коконна, уложили их в золотые футлярчики и потом носили в мешочках под своими фижмами.
После наказания виновников заговора Карлу IX ненадолго полегчало, но потом началась долгая агония, в которой его мучили кошмары. Будучи менее бесчувственным, чем его мать, он проводил бессонные ночи, мучаясь угрызениями совести за преступления, которые сам же позволил совершить. Из-за таинственной болезни все его тело покрывалось кровавым потом. Он в ужасе беспрестанно повторял своей старой кормилице-гугенотке, не отходившей от его изголовья: «Кормилица, кормилица, что за кровь вокруг меня? Не та ли, что пролилась по моей вине? Какой страшный совет мне дали!» Та, естественно, как могла, успокаивала его, говоря, что вся вина лежит на тех, кто заставил (!) его сделать это. Разве первое лицо в государстве может быть в чем-то виновато? Перед смертью Карл IX будто бы поручил заботам Генриха Наваррского свою супругу и дочь; законного сына у него не было, имелся лишь бастард, граф Овернский, родившийся от фаворитки Марии Туше, которая еще сыграет свою роль в судьбе короля Франции Генриха IV.
Карл IX скончался 30 мая 1574 года и был похоронен в аббатстве Сен-Дени 12 июля того же года. В своих мемуарах Маргарита написала, что с его смертью лишилась поддержки и опоры в жизни — забыто было, что венценосный брат велел ей порвать с Гизом и выйти замуж за короля Наваррского, тем самым принеся ее в жертву политическим интересам; при этом он будто бы даже говорил, что отдает ее не Генриху, а в его лице всем гугенотам. Впрочем, вполне вероятно, что он по-своему любил ее; возможно и то, что Карл и Маргарита, как твердили злые языки, любили друг друга не как брат и сестра… Что же до Генриха Наваррского, то он воспользовался ослаблением надзора в связи со смертью короля, чтобы бежать, однако все три предпринятые им попытки жалким образом провалились — и та, что задумала устроить ему в своей карете Маргарита, переодев его в женскую одежду и снабдив маской, когда герцог Алансонский пожелал участвовать в бегстве, что создавало дополнительные трудности и от замысла пришлось отказаться, и та, что Генрих предпринял в самый день похорон Карла IX. Сорвалось и бегство из Лувра в лодке по Сене. Тогда Генрих, дабы усыпить бдительность Екатерины Медичи, предался разгулу придворной жизни, а та и не возражала, усматривая в этом способ удержать зятя при дворе. Выбор был широк, поскольку «летучий эскадрон» фрейлин Екатерины изъявлял готовность на любые услуги, снабжая королеву-мать полученными при этом сведениями конфиденциального характера. Генрих искренне привязался к Шарлотте де Бон-Санблансе, баронессе де Сов, которая, однако, не стеснялась изменять ему с герцогом де Гизом, несколькими другими придворными и даже, вероятно, с самим герцогом Алансонским, ставшим после смерти Карла IX, когда ожидалось восшествие на престол Генриха III, герцогом Анжуйским. Маргарита не уступала ему в любовных похождениях, но между ними по-прежнему сохранялись доверительные отношения.