На следующий день, 11 мая, началось прочесывание, которое, как и следовало ожидать, не дало результата. Тогда Генрих III, убедившись, что Гиз ведет двойную игру, ввел в Париж швейцарских наемников, а в пригородах разместил французскую гвардию. Дворцовая охрана получила необходимые инструкции. Король был полон решимости восстановить порядок в столице любой ценой. Видя это, Гиз более уже не колебался, приступив к осуществлению намеченного переворота. Чтобы подхлестнуть возмущение парижан, он распространил по городу список фамилий 120 наиболее видных лигёров, которых король якобы распорядился арестовать и повесить. Каждый парижанин чувствовал нависшую над ним угрозу и потому готов был действовать. Комитет шестнадцати отдавал последние распоряжения. Мятеж возглавил сам мэр Парижа Бриссак.
12 мая 1588 года вошло в историю как День баррикад. Король лично встречал швейцарских наемников и французскую гвардию у ворот Сен-Оноре, обратившись к ним с речью. Швейцарцы заняли позиции к северу от Сены, на Гревской площади, Новом рынке и кладбище Невинноубиенных, а гвардейцы — на острове Сите и мостах. Ответ «Шестнадцати» не заставил себя долго ждать: вооруженные толпы стали собираться на площадях Мобер и Сен-Антуан. Королева-мать отправила в город своего человека, чтобы тот разузнал и доложил ей, как развиваются события. Новости были неутешительны: лавки закрыты, а улицы тут и там перегорожены баррикадами — и повсюду люди герцога Гиза. Королю доложили, что сражения не избежать. Тогда Генрих III принял решение направить вооруженные отряды на площади Мобер и Сен-Антуан, но было уже слишком поздно: баррикады и протянутые поперек улиц цепи преградили путь роялистам. Из окон домов в швейцарцев, не имевших оперативного простора, чтобы развернуться в боевые порядки, летели камни, причинившие бесславную смерть не менее чем трем десяткам из их числа, тогда как другие были разоружены и препровождены в тюрьму. Что касается королевских гвардейцев, то им приказали сложить оружие.
Положение Генриха III стало безнадежным. Всецело оказавшись во власти мятежников, он был заперт в собственном дворце, который в любой момент мог быть взят штурмом, если бы Меченый отдал соответствующее распоряжение. Но тот не считал нужным делать это, и без того ощущая себя хозяином положения и полагая излишним обременять себя преступлением против Его Величества. В своей безмерной самонадеянности он велел королю явиться к нему, однако в особняк Гиза прибыла королева-мать, отважно проследовав через перегороженные баррикадами улицы, имея при себе охранную грамоту, выданную Комитетом шестнадцати. Герцог принял ее с должным почтением. Начав разговор, Гиз посетовал, что король, поддавшись несправедливым подозрениям, решился причинить вред доброму граду Парижу и посягнул на жизнь честных католиков. Екатерина возразила, что весь этот мятеж, вызванный чистым недоразумением, не имеет ни малейшего смысла, поскольку король принял свои меры исключительно с целью изгнания нежелательных иностранцев. Герцог не уступал, ссылаясь на то, что король решился погубить представителей старинной аристократии в угоду своим миньонам, которых осыпал милостями, назначая на важные государственные должности. Дабы доказать свои добрые намерения, Генрих III должен назначить его, Гиза, на должность генерального наместника королевства, с тем чтобы это назначение было утверждено Генеральными штатами. От королевы-матери не ускользнул смысл уловки герцога, вознамерившегося таким способом завладеть троном: получив назначение от Генеральных штатов, он уже не выглядел бы узурпатором. Однако требования Гиза этим не исчерпывались: он настаивал, чтобы Генрих Наваррский как еретик отныне лишался прав на корону, а герцог Эпернон и прочие королевские миньоны были смещены со своих должностей. На это Екатерина Медичи ответила, что предъявленные требования слишком велики, чтобы она могла принять их, предварительно не проконсультировавшись с сыном и его советниками.