После гибели Владимира Комарова потребовалось провести более сотни конструкторских, технических и технологических доработок космического корабля «Союз» – настолько еще «сырым» был корабль.
Космический корабль «Союз» был возвращен на завод для проведения дополнительных испытаний бортовых систем. После доработок снова начались беспилотные испытания. 30 октября 1967 года была осуществлена первая автоматическая стыковка двух кораблей «Союз», запущенных на орбиту под названиями «Космос-186» и «Космос-188». Правда, стыковка была только механической, осуществить полный контакт двух кораблей не удалось.
Эксперимент с автоматической стыковкой было решено повторить. 15 апреля 1968 года два беспилотных «Союза» («Космос-212» и «Космос-213») осуществили стыковку, но уже с полным механическим и электрическим соединением кораблей. Внешне космические корабли отличались друг от друга только конфигурацией стыковочного узла: «активный» стыковочный узел имел форму штыря, а «пассивный» – конуса. В процессе стыковки «активный» космический корабль приближался к «пассивному». Штырь его стыковочного агрегата входил в ответный конус на «пассивном» корабле и фиксировался. После этого начиналось стягивание состыкованных кораблей, и они образовывали единый комплекс – «экспериментальную орбитальную станцию». Стыковочный агрегат этого типа так и назывался – «штырь-конус».
23 мая 1967 года в экипажи для полетов на «Союзах» были введены новые космонавты на замену выбывшим – погибшему Владимиру Комарову и отстраненному от полетов Юрию Гагарину, которого было решено «поберечь и больше в космос не пускать».
Командование оценило испытательский опыт Георгия Берегового, он из третьего экипажа был переведен в первый. Георгий Тимофеевич впервые стал командиром в основном экипаже космического корабля.
28 августа 1968 года был запущен еще один космический корабль 7К-ОК «Союз» под названием «Космос-238», благополучно вернувшийся на Землю. Все пять беспилотных полетов кораблей серии «Союз», выполненные после гибели В. М. Комарова, прошли успешно. Государственная комиссия приняла решение о подготовке нового пилотируемого полета. В новом полете предполагалось сделать то, что не удалось сделать в апреле 1967 года – осуществить стыковку двух космических кораблей, что позволило бы начать подготовку к запуску долговременных орбитальных станций.
Казалось бы, уже можно было посылать «Союзы» в полет и выполнять стыковку космических кораблей, а затем и переход двух космонавтов из корабля в корабль. Но после гибели Владимира Комарова в апреле 1967 года авантюрный подход сменился трезвым расчетом, который, впрочем, иногда граничил просто с перестраховкой. 10 июня 1968 года состоялось заседание Государственной комиссии по «Союзам», на котором был принят ряд «очень осторожных решений».
Руководители советской космонавтики решили подстраховаться и перед стыковкой двух пилотируемых кораблей с четырьмя космонавтами выполнить предварительно еще один испытательный полет с одним космонавтом на борту. Этот испытательный полет получил название «вариант "0+1"». А сама экспедиция со стыковкой двух кораблей и переходом космонавтов из корабля в корабль стала именоваться «вариант "1+3"».
Теперь планы на предстоящие полеты выглядели следующим образом:
Вариант «0+1». В сентябре 1968 года на орбиту выводится беспилотный космический корабль «Союз-2» с пассивным стыковочным узлом. Через сутки к нему стартует пилотируемый космический корабль «Союз-3» с активным стыковочным узлом и с одним космонавтом на борту. В тот же день космические корабли состыковываются и два-три дня летают вместе. Затем поочередно возвращаются на Землю – сначала беспилотный «Союз-2», а затем пилотируемый «Союз-3».
Вариант «1+3». В ноябре-декабре поочередно стартуют «Союз-4» (космический корабль с активным стыковочным узлом и с одним космонавтом на борту) и «Союз-5» (корабль с пассивным стыковочным узлом и тремя космонавтами) с задачей их стыковки и осуществления перехода двух космонавтов из пассивного в активный корабль.
Генерал Каманин предложил утвердить экипажи космических кораблей в следующем составе: вариант «0+1» (корабли «Союз-2» и «Союз-3»), командир корабля – Георгий Береговой (дублеры – Борис Волынов и Владимир Шаталов); вариант «1+3» (корабли «Союз-4» и «Союз-5»), командир активного корабля – Борис Волынов, командир пассивного корабля – Георгий Шонин, выходящие космонавты – Евгений Хрунов и Алексей Елисеев (дублеры – Владимир Шаталов, Анатолий Филипченко, Виктор Горбатко, Валерий Кубасов).