Работа по проекту «БраМос» позволила загрузить не только НПО машиностроения, но и смежные предприятия. Успех совместного предприятия, бесспорно, стал для фирмы спасательным кругом. Однако удаче, естественно, сопутствовали и сложности.
В 1995 году, например, ВТС и проводимые в его рамках консультации, в частности, попали под пристальное внимание налоговых органов. По заявлению их представителей, уплата налогов должна была происходить за каждую проведённую консультацию. Однако ещё на предварительном этапе было оговорено, что отчётность будет представлена за весь этап, длившийся несколько лет. Выставленные предприятию суммы с учётом пеней были колоссальны: само существование предприятия было поставлено под угрозу. Выход был лишь один: обратиться к главе налоговых служб — Анатолию Борисовичу Чубайсу.
Контакты в правительстве позволили Герберту Александровичу присутствовать на съезде партии «Наш дом — Россия».
— Узнав, где сядет А. Б. Чубайс, я дождался его, познакомился с ним, рассказал ему о нашем предприятии. Его удивило то, что у нас нет долгов по зарплатам. Произвело впечатление и то, что мы договариваемся с Индонезией о выделении нам нескольких десятков тысяч гектаров земли под выращивание масличной пальмы (для работы по одному из гражданских направлений). В общем, удалось его заинтересовать, и я пригласил его приехать к нам на предприятие. В декабре 1995 года он прибыл на предприятие, предварительно прислав к нам своего «разведчика», проверившего, что вся информация, которую я ему сообщил (об отсутствии долгов по зарплате, о работах с Индонезией) была правдой. С собой он привез две группы: одна состояла из самых разных налоговиков, а вторая включала представителей СМИ. Провели мы А. Б. Чубайса с экскурсией по предприятию, где ему всё понравилось, и потом он прямо под запись начал высказывать претензии своим налоговикам. Объяснил им, что их схема незаконна, да и губить такую фирму нельзя. В общем, А. Б. Чубайс нас спас: после этого случая долги списали буквально за месяц.
Поговорили потом, кстати, и с налоговиками, которые за нас взялись изначально, — они были свои же, реутовские граждане, некоторые даже раньше работали на нашем предприятии. Оказалось, что им сверху приказали хвататься за наше предприятие и выбить из нас деньги любыми способами.
После успеха совместной организации (СО) «БраМос» были предприняты попытки наладить сотрудничество и с другими странами. Приняли решение о создании и других совместных предприятий: «Полётомаш» (с Италией) и «Роскетмаш» (с Германией), а также СП в Ливане, так и не получившее названия. Однако эти начинания не были результативны.
Г. А. Ефремов признаётся: разочарованием стало поведение некоторых сотрудников, в тяжёлые переходные годы пытавшихся нечестным путём обогатиться за счёт предприятия. Он вспоминает случаи, когда работники, предварительно сговорившись с охраной, тоннами вывозили с территории предприятия металл — как со складов, так и непосредственно из цехов. Внимательно оценив состояние хозяйства фирмы, Г. А. Ефремов обнаружил, что в цехах и на складах в наличии имелись излишки материалов, некогда затребованных для выполнения работ, но позднее списанных и вычеркнутых из баланса. Тем, кто был готов красть у собственного предприятия, это играло на руку.
В начале 2000-х годов из открытой печати стало известно об успешных испытаниях в России гиперзвуковых аппаратов. В феврале 2004 года начальник Генштаба ВС РФ Юрий Балуевский сообщил: «В ходе тренировки был испытан космический аппарат, который способен лететь с гиперзвуковой скоростью, совершая при этом манёвры».
В сентябре 2005 года президент России В. В. Путин сообщил: «Мы разрабатываем новые стратегические комплексы, каких нет ни у кого в мире. Они будут работать на гиперзвуке, менять направление по курсу и высоте. Они — практически неуязвимы для противоракетной обороны».
С 2013 по 2015 год была произведена серия неудачных испытаний — не удавалось решить проблему устойчивого управления аппаратом и обеспечить его защиту от сверхвысоких температур, из-за чего правительство планировало закрыть проект. Однако разработчики снова уговорили продолжить работы. После ряда экспериментов конструкторам удалось создать надёжную систему управления и жаропрочные материалы. Блок был оборудован системой терморегуляции разработки московского НПО «Наука».
1 марта 2018 года в своём послании Федеральному собранию Путин рассказал о разработке системы «Авангард» и показал анимированные кадры её работы. В этом же году стало известно, что из госпрограммы вооружений до 2027 года (ГПВ-27) исключены комплекс РС-26 «Рубеж» и БЖРК «Баргузин»; вместо них в ГПВ-27 включён ракетный комплекс «Авангард» шахтного базирования с МБР УР-100Н УТТХ и управляемым боевым блоком как имеющий более важное значение для обороноспособности страны. Причиной исключения других комплексов названа невозможность одновременного финансирования вышеназванных программ.