Лига неоднократно выходила в правительство с актуальными для этого сложного времени предложениями по проблемам экономики, научно-технической и промышленной политики, по реформированию и управлению ОПК, в частности по введению вексельного обращения, по разработке Программы вооружений как основы преобразований в ОПК. Как коллективный орган Лига участвовала в разработке и экспертизе федеральных законов, регулирующих вопросы обороны и безопасности, конверсии, оборонного заказа; в разработке программ реформирования и реструктуризации оборонной промышленности.
В качестве важного подхода в работе Лиги была принята ориентация на опережающие действия — внесение в правительство и Федеральное собрание предложений по требующим скорейшего разрешения назревшим вопросам, связанным с деятельностью оборонного комплекса, а также включение в эту работу региональных руководителей.
В ситуации глубокого системного кризиса, сложившегося в оборонно-промышленном комплексе России к середине 1990-х годов, НПО машиностроения вынуждено было вырабатывать собственную стратегию сохранения, реформирования и развития сложившейся кооперации, самостоятельно вести подготовку к созданию вертикально-интегрированной структуры, используя при этом накопленный десятилетиями опыт работы в качестве головного предприятия по разработке комплексов с крылатыми ракетами, стратегических комплексов с баллистическими ракетами и космических систем.
Вопрос сохранения производственной кооперации предприятий — исполнителей государственного оборонного заказа и контрактов по военно-техническому сотрудничеству стал отправной точкой для инициирования предприятием опережающего процесса «мягкой» интеграции на основе добровольного вхождения участников в создаваемые интегрированные структуры (создание корпораций «снизу»).
Примерно в то же время у представителей правительства появились новые вопросы, например: «Почему НПО до сих пор не приватизировано?» Как-то в Реутов даже приехал В. Ф. Шумейко, бывший в то время первым заместителем председателя Совета министров Российской Федерации.
— Почему вы до сих пор не приватизированы? Вы что, противники приватизации? — спрашивал он.
«Мы объяснились. Рассказали об особенном характере предприятия. Даже ходили к А. Р. Коху — заместителю председателя Государственного комитета РФ по управлению государственным имуществом. Кох говорил о том, что 62 процента собственности предприятия надо отдать в частные руки, но в конце концов из этой ситуации удалось выкрутиться, и все сто процентов акций НПО машиностроения остались в государственной собственности», — вспоминает этот эпизод Г. А. Ефремов.
В 1996 году по инициативе НПО машиностроения (с 1998 года получившее статус государственного унитарного предприятия, а с 2001-го — федерального государственного унитарного предприятия) были заключены соглашения о стратегическом партнерстве с ЦНИИ «Гранит» из Санкт-Петербурга и ПО «Стрела» из Оренбурга — основными соисполнителями работ по комплексам с крылатыми ракетами.
«Обзванивать старых партнёров приходилось едва ли не каждый день, приходилось ездить к ним в командировки, приглашать их к себе. Прежде всего, я старался убедить их, что вместе будет лучше. Так и пожар лучше тушить вместе — не поодиночке», — вспоминает об этом периоде Герберт Александрович.
В начале 2000-х годов ФГУП «НПО машиностроения» было одним из немногих крупнейших предприятий оборонно-промышленного комплекса России, имевших право на внешнеторговую деятельность в отношении продукции военного назначения, и являлось самостоятельным субъектом военно-технического сотрудничества с иностранными государствами.
В 2001 году предприятие по инициативе Г. А. Ефремова обратилось к основным партнёрам кооперации по ракетной и космической тематике с предложением о создании на их основе консорциумов. В обращении отмечалось недостаточное на тот момент финансирование оборонно-промышленного комплекса, а в качестве основного пути получения необходимых средств предлагалась реализация проектов в рамках военно-технического сотрудничества с иностранными заказчиками.