К 1955 году первая послевоенная кораблестроительная программа была в целом выполнена. Создавались современные надводные корабли различных классов с артиллерийским вооружением, а с середины 1950-х годов началось массовое строительство дизель-электрических подводных лодок. В оперативно-стратегическом плане ВМФ СССР оставался оборонительным фактором прибрежного действия.
В то же время была ещё одна, гораздо менее афишируемая причина снятия Н. Г. Кузнецова со своего поста. Причина была в том, что Николай Герасимович всегда твёрдо поддерживал необходимость строительства тяжёлых кораблей, прежде всего авианосцев.
На то время США располагали 33 авианосцами типа «Эссекс», «Мидуэй» и «Сайпан», а ввод в строй даже десяти советских авианосцев, планируемых к спуску на воду к 1960 году, не только не устанавливал равенства на море, но наносил колоссальный удар по относительно скромному советскому бюджету. Нужен был иной ответ — не симметричный.
Такой ответ, благодаря поддержке инженер-контр-адмирала П. Г. Котова и на работе главного конструктора ОКБ-52 В. Н. Челомея, вскоре был найден. Причём найден он был сразу в двух важнейших направлениях: по обеспечению стратегического сдерживания США, когда мир у берегов Европы и Америки «стерегли» советские подводные лодки четырёх типов (644, 655, 651, 659), на которых было развёрнуто более 200 челомеевских крылатых ракет П-5 (от двух до шести ракет на борту), и при создании оружия для борьбы с морскими и наземными целями, когда на вооружение стали поступать высокоточные крылатые ракеты.
Заметим, что все крупные надводные корабли, потопленные после 1967 года, были уничтожены крылатыми ракетами: эсминец «Эйлат» (Израиль, потоплен в 1967 году), эсминец «Шеффилд» (Великобритания, потоплен в 1982 году).
В конце 1956 года под руководством главкома ВМФ состоялось совещание командования флотов и флотских учёных, посвященное проблемам развития флота, на котором С. Г. Горшков выступил с докладом о приоритетном развитии подводных сил. Преимущественное развитие подводных лодок, по его мнению, «позволяло в кратчайшие сроки резко увеличить ударные возможности флота и с меньшей затратой средств умножить морское могущество нашей страны». В результате дискуссии удалось выработать чёткую концепцию развития флота на ближайшие 10–15 лет. Чтобы противостоять угрозе флотов США и НАТО с моря, надо было «сосредоточить усилия на создании мощного подводного флота и морской торпедоносной и ракетоносной авиации». Надводные корабли ограниченного водоизмещения предлагалось строить для развёртывания в океане подводных лодок и обеспечения защиты берега. Кроме того, они должны были составить основу десантно-высадочных средств и сил поддержки десанта, им принадлежала главная роль в борьбе с минной опасностью и в защите своих коммуникаций. Такое направление развития флота было поддержано видными советскими учеными И. В. Курчатовым, А. П. Александровым, руководителями судостроительной промышленности.
Принятый в 1956 году научно обоснованный семилетний план военного кораблестроения стал важнейшим поворотным этапом в создании современного флота в условиях начавшейся научно-технической революции. Руководство страны впервые поставило перед флотом стратегические задачи, сосредоточив внимание на создании морских стратегических ядерных сил на основе подводных лодок с атомными энергетическими установками, вооружённых крылатыми ракетами.
В работах по выработке программ перевооружения флота активное участие принимал инженер-контр-адмирал Павел Григорьевич Котов, впоследствии адмирал, технически одарённый и прогрессивно мыслящий человек, в марте 1957 года назначенный на должность заместителя начальника кораблестроения ВМФ СССР по научно-исследовательской работе. Впоследствии, в 1965 году, он был назначен заместителем главнокомандующего ВМФ СССР по кораблестроению и вооружению — начальником кораблестроения и вооружения ВМФ СССР. В этой должности П. Г. Котов оставался до 1986 года, он покинул свой пост в критические для Советского Союза годы, когда из жизни ушли Л. И. Брежнев, Ю. В. Андропов, Д. С. Устинов, яркие учёные и конструкторы С. В. Ильюшин, В. Н. Челомей, П. С. Кутахов, И. К. Кикоин, Н. А. Пилюгин, Л. В. Люльев, В. П. Макеев… Членом Политбюро ЦК КПСС уже был избран М. С. Горбачёв, всё чаще председательствовавший на его заседаниях.