"Я многого не умел сделать, в многом жизнь запутал" — к такому нерадостному итогу пришел Герцен незадолго до смерти. Эти слова Герцена прежде всего относятся к делам семейным, он чувствовал себя виноватым перед детьми за то, что они, по существу, не имеют дома, нет у них семьи — распалась. Случилось это не сразу, не вдруг. Но случилось, и все "запутала" Наталья Алексеевна Тучкова-Огарева. Тщетно пытался Александр Иванович как-то сблизить Тучкову хотя бы с Татой — хотя бы во имя Лизы, родившейся уже от брака с Тучковой. Именно потому, что Герцен был не в силах собрать, спаять семью, воспитание детей затруднялось и одновременно становилось для него одной из главных проблем всей последующей жизни. Он так и написал сыну в 1860 году: "Для меня остались в мире две задачи: моя русская деятельность и ваше развитие".
Первым отделился от семьи Александр. Когда умерла мать, ему было тринадцать лет. Он получил дома довольно серьезное образование. Латынь и немецкий изучал у Мюллера-Стргобинга, эмигранта, участника революции 1848 года в Берлине, английский у Гауга, участника революции в Вене в 1848 году, историю и рисование вел польский эмигрант Булевский. Русскую историю, изучение которой Герцен считал делом столь же важным, как и изучение русской литературы, преподавал сыну сам Герцен. Проявляя явные способности к естественным наукам, Александр посещал в Лондоне геологический институт — учился у известного немецкого химика Гофмана. В медицинском институте слушал лекции по сравнительной анатомии у Гранта и анатомии человека у Девиля. В 1861 году Александр Герцен окончил Бернский университет и получил степень доктора медицины. Успехи Александра радовали Герцена, он сам толкал его к естественным наукам, будучи убежден, что они способствуют выработке научного мышления, "добросовестному принятию" результатов исследований "такими, какими они выйдут", "смирению перед истиной". Однако не кабинетным ученым хотел бы он видеть своего сына, а продолжателем дела отца. Еще в 1851 году, когда сыну только должно было исполниться двенадцать лет, Герцен писал ему, что "пора… продолжать начатое мною". "Я сам, — замечает он, — был по тринадцатому году, когда пошел по трудной дороге, и вот двадцать пять лет шел я по ней; ни тюрьма, ни ссылка, ни даже вы все не отклонили меня, я служил на пользу России словом и делом… Теперь я устал, но тебе приготовил и место и имя, которое ты можешь носить с гордостью…"