Начались нестроения и в верховной среде. Одни из бояр были враждебны царю по личным родовым отношениям, другие, как князь Голицын, сами претендовали на престол и оттого готовы были ухватиться за любой предлог, чтобы восстать. Третьи были смутниками из желания перемен, особенно выдвиженцы, каких много появилось в правление Годунова.
Все эти люди не затрудняли себя поисками причин, чтобы быть недовольными царём Василием. Причины сыскались сами, когда Василий разослал в отдалённые пределы бывших приверженцев самозванца. Князь Рубец-Мосальский, дворецкий самозванца, был послан воеводою в Карелу, «великого секретаря» Афанасия Власьева послали воеводою в Уфу. Михайле Салтыкову дали начальство в Ивангороде, Богдану Бельскому — в Казани. И многих, неугодных царю, выслали в дальние города. Не замедлил подняться ропот среди их родных и сторонников. Царь-де нарушил свой обет не мстить никому лично. Но видеть ли в ссылке друзей и близких расстриги Отрепьева, врага отечества, личную месть царя? Не первый ли долг царя обезопасить державу от людей, которые стали бы ей вредить? Годунов упёк бы их в отдалённые монастыри под строгий присмотр приставов, а при Грозном их головы полетели бы с плахи. И никто бы не роптал. Будущее подтвердит, что все сосланные были злодеями своему отечеству.
Что было винить лихих людей да пришельцев на нашу землю, если сами бояре да дворяне были творцами смуты! Спасти ли мир в державе одним лишь оружием при такой раскладке сил?
И царь с патриархом стали искать, как очистить общество духовно, чтобы Бог всем людям подал мир и любовь. И оба порешили, что надобно для начала подвигнуться постом и молитвою к спасению души и прежнему благому соединению в мирный союз. А далее с людей надобно снять преступление крестного целования, ибо целовали крест царю Борису, потом царевичу Фёдору и крестное целование преступили, присягнув самозванцу. Людям надобно дать прощение и разрешить от клятвы.
После торжественного совещания с духовенством и синклитом определили позвать в Москву бывшего патриарха Иова для великого земского дела. В Старицу, где доживал свои дни престарелый Иов, послали Крутицкого митрополита Пафнутия с грамотой от Гермогена. Послание было кратким и написано в свойственной Гермогену энергичном стиле:
«Государю отцу нашему, святейшему Иову-патриарху, сын твой и богомолец Гермоген, Патриарх Московский и всея Руси, Бога молю и челом бью. Благородный и благоверный, благочестивый и христолюбивый великий государь царь и великий князь Василий Иванович, всея Руси самодержец, советовавшись со мной и со всем освящённым собором, с боярами, окольничими, дворянами, с приказными людьми и со всем царским синклитом, с гостями, торговыми людьми и со всеми православными христианами паствы твоей, послал молить твоё святительство, чтоб ты учинил подвиг и ехал в царствующий град Москву для его государева и земского великого дела. Да и мы молим с усердием твоё святительство и колено преклоняем, сподоби нас видеть благолепное лицо твоё и слышать пресладкий голос твой».
Иова привезли в Москву в царской карете. 20 февраля он явился в Успенском соборе на патриаршем месте в одежде простого инока, с выражением смирения и скорби на изрезанном морщинами лице. И только ниспадающая до самой груди борода в седых колечках волос да живой взор, с любовью обращённый к несметному множеству людей, заполнивших собор, напоминали о первом патриархе православной Руси. На него смотрели с надеждой и умилением. Помнили, как ещё недавно слуги самозванца подвергали его мукам и унижению, бесчестили и позорили. А ныне он явился, чтобы снять с них грехи вероотступничества и клятвопреступления.
Гермоген отслужил молебен, после которого народ начал просить прощения. Слова прерывались безутешными рыданиями:
— О, пастырь предобрый! Прости нас, словесных овец бывшего твоего стада!!
— Ты крепко берег нас от похищения лукавым змеем и пагубным волком, но мы, окаянные, отбежали от тебя и заблудились в дебре греховной...
— Восхити нас, благодатный ревнитель! Восхити от нерешимых уз по данной тебе благодати!
После этого Иову подали от народа челобитную, где народ молил именем Божьим отпустить ему грехи перед законом и Небом и клялся не нарушать присяги, быть верным государю. Просил прощения для живых и мёртвых, для присутствующих в соборе и отсутствующих, винил себя во всех бедствиях, ниспосланных Богом на Россию, молил Иова благословить царя и бояр и христолюбивое воинство, дабы одолеть мятежников.