И это при той колоссальной деятельности, какой требовало от него просвещение Казанского края. Особенные затруднения доставляли ему даже не язычники, а маловеры, те, кто легко переходил от одной веры в другую, насевая смуту. Прежний архимандрит действовал согласно наставлениям царя Ивана: «Угождать и ласкать всякого пришедшего, убеждать тихо, с жестокостью не говорить». Но эти наставления не действовали. На ласку и угождение маловерцы отвечали издёвками и поношениями русских церквей. Гермоген первый из иерархов нашёл в себе мужество сказать правду Ивану Грозному:
«В Казани и уездах Казанском и Свияжском живут новокрещенцы вместе с татарами, чувашами и вотяками, едят и пьют с ними, к церквам Божьим не приходят, крестов на себе не носят, в домах крестов и образов не держат, попов не призывают и отцов духовных не имеют.
Аз призывал и поучал их, но они учения не принимают и от татарских обычаев не отстают и совершенно от христианской веры отстали, в православной вере не утвердились, потому что живут с неверными вместе и от церквей далеко. И, видя такое неверие в новокрещёных, иные татары не только не крестятся в православную веру, но и ругаются ей».
Какой помощи ожидал Гермоген от царя? Прежде всего освобождения от безбожных поборов с церквей и монастырей, удушающих возможность живой деятельности по просвещению края. Гермогену часто случалось слышать, как богатые татары смеялись над нищетой монастыря и русских церквей. Кричали: «Ваш Бог нудит вам!»
Ожидая помощи от царя, Гермоген изыскивал доступные ему средства. Зная, сколь велико было влияние на умы тех чудес, что совершались от иконы Казанской Богоматери, он участвовал в ежегодных крестных ходах, которые сопровождали вынесением иконы из церкви Николы Тульского, собирал и обнародовал сведения о творимых ею чудесах.
Уповая на царя, Гермоген, однако, принимал и свои меры. Он добился от воевод запрета, налагаемого на богатых татар и немцев, дабы не брали в услужение русских. Последнее время особенно участились случаи подкупа православных людей с тем, чтобы они приняли мусульманство либо протестантскую веру. И в то время как на православные церкви не хватало денег, в Казани то и дело строились мечети либо кирхи и костёлы, И получалось, что если прежде Иван Грозный одолел иноверцев силой оружия, то теперь они владели душами русских людей с помощью денег и хитрости.
Повинны были в том и сами русские, те, что корысти ради пристраивались к силе завладевающей и служили ей. Сущим бичом в крае стали чиновники и воеводы, берущие взятки, и те опричники, что и прежде были великим злом, а ныне, забытые своим царём, думали уже не о службе, но о личных выгодах. Богатые немцы и татары отлично использовали их в своих целях, расправляясь с людьми, им неугодными.
Гермогену суждено было убедиться в этом, когда на монастырском дворе появились опричники. Устрашающе поблескивали их пики на закатном солнце. Монахов они не трогали. Искали татар-перекрещенцев и вотяков да чувашей, оставивших мусульманство. Их главарь требовал настоятеля — архимандрита Гермогена, монахи отмалчивались, испуганно наблюдая, как опричники сгоняли на середину двора недавних новокрещенов.
Тем временем Гермоген был в саду, мотыжил землю. Непрошеные гости, приняв его за инока, не докучали ему. Но он сам, увидев опричников под стенами монастыря, вышел к ним. Внимательно оглядел каждого. Может быть, высматривал среди них тех, кому некогда отказал в благословении? Память на лица была у него сильной. В свою очередь главарь опричников сурово и с торжествующей злостью смотрел на Маметкула, которого опричники обнаружили спрятавшимся в церковном притворе, и теперь он стоял перед ним, в испуге то подымая глаза, то опуская.
— Никак Маметкул? Я давно тебя по всему краю ищу. Али забыл, как убёг от меня с Ермолаем? Чаю, поможешь нам тако ж и Ермолая сыскать... Добрые дела достойны и доброй памяти...