Странствия милетского логографа, его большой интерес к географии привели к тому, что он составил весьма совершенную по тем временам карту ойкумены. Несомненно, именно о ней говорит Геродот, рассказывая о поездке вождя Ионийского восстания Аристагора в Спарту с просьбой о помощи. Он «принес с собой медную доску, где была вырезана карта всей земли, а также „всякое море и реки“» (V. 49). Аристагор убеждал спартанского царя Клеомена I отправиться походом на Персию, говорил о различных областях этой страны, через которые придется идти, и при этом «показывал земли на карте, вырезанной на меди, которую он принес с собой»(V. 49). Карта, судя по всему, была весьма подробной: на ней изображались границы между территориями различных народов, населявших Ахеменидскую державу, и были отмечены даже некоторые города, например персидская столица Сузы.
Возможно, Гекатей дал эту карту своему земляку Анаксагору в пользование на время поездки. А скорее всего, он подарил ее родному городу, и она стала общественной собственностью. Как бы то ни было, нет сомнений в том, что подготовил ее логограф в ходе работы над одним из своих главных трудов, который назывался «Землеописание». Судя по всему, карта выполняла роль наглядного приложения к нему. Трактат состоял из двух книг и включал описание всех трех известных тогда частей света: в первой книге речь шла о Европе, во второй — об Азии и Ливии (так античные греки называли всю Африку, кроме Египта). Сохранившиеся фрагменты показывают, что это было историко-географическое произведение со значительными элементами этнографического материала. Второй труд Гекатея (он тоже сохранился лишь фрагментарно), состоявший из четырех книг, назывался «Генеалогии». Таким образом, и здесь мы видим интерес к генеалогическим сюжетам, передавшийся логографам по наследству от мифографов: история трактуется Гекатеем именно как цепь родословий, идущих от богов к легендарным героям и далее к «обычным» людям. Постоянно обращался он к различным спорным вопросам старинных мифов, старался провести собственные изыскания и прийти к наиболее убедительным выводам. «Генеалогии» начинаются словами: «Так говорит Гекатей Милетский: я пишу это так, как мне представляется истинным, ибо рассказы эллинов многоразличны и смехотворны, как мне кажется» (Гекатей. Фр. 1 Jacoby).
Перед нами — самое первое в европейской историографии теоретическое суждение общего характера, дающее чрезвычайно много для понимания особенностей древнегреческого подхода к истории.
Обращают на себя внимание несколько характерных моментов. Во-первых, ярко выражено авторское, индивидуальное начало: уже в самой первой фразе своего труда историк горделиво ставит собственное имя! Это проявление пресловутого «атонального духа», духа состязательности, вообще чрезвычайно сильно во всех сферах древнегреческой культуры, начиная с эпохи архаики. Даже вазописцы — ремесленники самого низкого статуса — часто ставили свои имена на расписанных ими глиняных сосудах. Во-вторых, автор считает своей задачей не столько изложение событий, сколько поиск истины, причем осознает определенную субъективность своего взгляда: «…так, как мне представляется истинным» — и допускает, таким образом, другие точки зрения.
В-третьих, чувствуется критический настрой по отношению к предшественникам-мифографам. Для историка нет ничего очевидного, само собой разумеющегося. Гекатей хочет сам искать и находить. Он стремится посмотреть на вещи по-новому, намеревается писать по собственному разумению, а не так, как отцы и деды, сознательно отказывается от традиции — более того, высмеивает эту традицию и в дальнейшем по ходу своего сочинения не раз критикует ее, предлагая неортодоксальные версии различных событий прошлого.
Вот несколько примеров. Согласно известным сказаниям о Геракле, этот величайший герой по приказу царя Эврисфея посетил подземное царство — Аид, проникнув в него через пещеру на мысе Тенар (на юге Греции), и вывел оттуда чудовищного пса Кербера (Цербера). Гекатей же оспорил этот миф. Он писал: «На Тенаре выросла ужасная змея, а „псом Аида“ ее прозвали потому, что ужаленного ею ждала немедленная смерть от яда, и вот эту-то змею Геракл и отвел к Эврисфею… Думаю я, что змея эта была не такая большая и не огромная, а просто пострашней других змей, и поэтому Эврисфей приказал привести ее, думая, что к ней не подступиться…» (Гекатей. Фр. 27a-b Jacoby). Другой миф повествовал о том, что герой Египет (в его честь была, по легендам греков, названа страна в долине Нила) прибыл в Аргос с пятьюдесятью сыновьями. Гекатей пишет по этому поводу: «Сам Египет в Аргос не пришел, а только сыновья его, которых, как Гесиод сочинил, было пятьдесят, а как по-моему, то не было и двадцати» (Гекатей. Фр. 19 Jacoby).