После Аустерлицкого сражения Россия была втянута в новую войну с Францией. Рекрутские наборы уже не могли в достаточной мере удовлетворить растущие потребности армии в людских ресурсах, и император вынужден был издать манифест о создании ополчения, которое предоставляло отставленным офицерам не только службу, но и возможность личного противодействия той темной и невнятной силе, которая пока еще глухо, но уже явственно угрожала Отечеству. Этот-то манифест и извлек Коновницына из кияровской глуши.
Перед последней войной со Швецией за обладание Финляндией Петр Петрович командовал корпусом пехоты в Кронштадте. Во время приготовлений к войне император лично неоднократно удостоверялся в его «серьезных познаниях во всех областях военного управления» и 20 января 1808 года назначил дежурным генералом армии, которая под командованием генерала Буксгевдена должна была выбить шведов из захваченной ими Финляндии. Звание дежурного генерала, сосредоточивая в себе управление всеми армейскими службами, было тогда весьма ответственным, и Петр Петрович, будучи в полном смысле правой рукой главнокомандующего, вполне оправдал свое назначение. Войска, вступившие в Финляндию в начале февраля, невзирая на лютые холода, его заботами ни в чем не нуждались, «везде находя провиант, теплую одежду, снаряды, а больные отеческое призрение в спокойных госпиталях».
Пользуясь своими правами, он при любой возможности бросался в огонь, примерами личного бесстрашия и героизма воодушевляя солдат. Особенной его любовью при этом пользовалась артиллерия, на позиции которой он являлся не только днем, но и ночью, чтобы самому руководить установкой и огнем батарей. Так было при штурме крепости Свартгольма, и так же было при бомбардировке Свеаборга, этого северного Гибралтара, к сдаче которого приложил свою руку и Петр Петрович, участвовавший в переговорах. Получив доставленные Коновницыным ключи от Свартгольма и Свеаборга, Александр наградил его чином генерал-лейтенанта и табакеркой, алмазами украшенной.
Невзирая на падение Свеаборга, шведы упорствовали в защите Финляндии. Для облегчения участи своих войск, они стали морем подбрасывать подкрепления. 7 июня шведский десант из четырех тысяч человек высадился при Лемо и двинулся к Або. Батальон Либавского полка с одним орудием ненадолго мог задержать шведов, и даже посланный ему на помощь с немногочисленным отрядом генерал Багговут не спасал положения. Коновницын употребил все возможное, чтобы срочно изыскать резервы. Сводный отряд бегом стекался на сборное место. Дав людям десять минут необходимого отдыха, он бросил их на помощь Багговуту, вот уже пять часов отбивавшемуся от превосходящих сил. Приведенная пехота решила дело: Невский батальон усилил стрелков, а Перновский ударил в штыки. Шведы дрогнули и побежали, преследуемые до самого берега.
Позже ему пришлось действовать на «стихии, дотоле ему незнакомой», на море. Когда стало известно о приближении к финскому берегу шведских галер, он оперативно организовал оборону. 22 июня на случай высадки десанта на мысе острова Рунсало поставил в засаде стрелков, а сам возглавил гребную флотилию, на удивление «искусно маневрируя ею, как на сухом пути». Два часа шведы безуспешно атаковали левое крыло русских, но были всегда отбиваемы хладнокровною пальбою с близкого расстояния. Тогда они двинули на Коновницына мощный кулак из двенадцати канонерских лодок. Одновременно, под прикрытием канонады, галера и несколько вражеских транспортных судов подошли к острову, намереваясь высадить десант, чтобы ударить русским в тыл, но артиллерийский огонь и сидевшие на мысу стрелки не допустили неприятеля. Тогда шведы усилили натиск на фланги и принудили их несколько отступить, в то время как по центру ударили шесть их галер и четыре канонерские лодки, намеревавшиеся прорвать линию русских судов. Коновницын и в этой критической ситуации не растерялся, решив напрячь все усилия на то, чтобы потопить флагманскую галеру и тем расстроить их ряды. Намерение его удалось, атакованная сразу пятью лодками, она была тут же подбита и на буксире выведена из-под огня. Та же участь постигла и другую галеру, были подбиты также несколько иолов и канонерских лодок.