За отличие в бою у Керникоски Барклай получил следующий чин — премьер-майора и был переведен в Санкт-Петербургский гренадерский полк. В 1794 году, командуя батальоном этого полка, он отправился на новый театр военных действий — в Польшу. Здесь ему довелось отличиться при штурме Вильно. В боях против повстанцев Барклай заслужил чин подполковника и орден св. Георгия 4-класса.
Через четыре года Барклай стал полковником и получил под начало свой первый полк — егерский. С этим полком он оставался связанным почти до конца жизни. Сначала он был его командиром (а потом и шефом), затем командиром бригады и дивизии, куда входил и 3-й егерский полк. Этот полк постоянно оставался одним из лучших армейских полков. До Отечественной войны 1812 года полк был единственным во всей армии, кому принадлежали две боевые награды — серебряные трубы за битвы под Янковом, Ландсбергом и Прейсиш-Эйлау и за отличия в войне со Швецией в 1808–1809 годах — гренадерский барабанный бой.
К этому времени вполне сложился характер будущего полководца, сформировались его нравственные и профессиональные принципы. Происходя из бедной семьи, не имея ни крепостных, ни доходных угодий, живя лишь на скромное жалованье, Барклай был сердечно расположен к своим подчиненным и тем самым выгодно отличался от собратьев по классу, видевших в солдатах и унтер-офицерах тех же деревенских холопов, которых оставили они в своих имениях, как отличался от них и образом жизни. Если вино, карты, волокитство и безделье были уделом многих офицеров вне строя, то Михаил Богданович свое свободное время отдавал чтению, умной беседе, систематическим занятиям военной наукой. Именно в это Бремя в нем начинает созревать и развиваться будущий стратег, чье имя впоследствии встанет в один ряд с именами прославленных полководцев России. Именно в эти годы окончательно формируется и его общественный облик — облик просвещенного, демократически настроенного офицера, врага палочной дисциплины, самодурства, произвола и рукоприкладства, сторонника всего передового, что позволяло сделать русскую армию лучшей в мире. Пройдет десять лет, и эти принципы Барклай попытается претворить в жизнь в самых широких масштабах. А пока упорная работа, непрерывное учение — за письменным столом и в поле, постоянное общение с солдатами и офицерами своего егерского полка составляли его удел.
В егерские полки набирались отборные солдаты — стрелки и разведчики, способные к рейдам в тыл противника, многоверстным переходам, стремительным штыковым атакам. Поэтому боевая подготовка занимала у егерей самое важное место. 13 марта 1799 года «за отличную подготовку полка» Барклай был произведен в генерал-майоры, однако новой должности не получил, по-прежнему оставаясь командиром полка еще восемь лет.
С этим полком в 1805 году Барклай выступил в поход против Наполеона, однако до театра военных действий не дошел: в пути было получено известие о поражении русской армии под Аустерлицем, а затем и приказ о возвращении на зимние квартиры. Этот поход был последним мирным маршем Барклая — наступала полоса длительных и тяжелых войн.
Не прошло и полгода после Аустерлица, как Наполеон начал новую войну с Пруссией. В силу принятых на себя обязательств в конфликт оказалась втянутой Россия. 14 ноября Наполеон разгромил пруссаков под Иеной и Ауэрштедтом и спустя две недели занял Берлин. Россия оказалась один на один с Наполеоном. Русские войска стояли в Белоруссии и Польше, выдвинув авангарды на берега Вислы. Одним из них командовал Барклай, именно здесь, на Висле, впервые схватившийся с наполеоновскими маршалами, своими будущими главными противниками.
16 ноября войска Наполеона заняли Варшаву. Форсировав Вислу, они попытались окружить русские войска, сосредоточенные у Пултуска, но их план был сорван, и в большой степени эта заслуга принадлежала генерал-майору Барклаю, который 14 декабря в сражении под Пултуском командовал оконечностью русского правого фланга. Впервые под его началом оказалось пять полков — три егерских, Тенгинский мушкетерский и Польский конный.
Они надежно прикрывали правый фланг армии Беннигсена, отбив ожесточенные атаки дивизии Гюдена из корпуса маршала Даву. Противником Барклая под Пултуском оказался и маршал Ланн — один из лучших полководцев Наполеона. Барклай дважды бросал свои войска в штыки и в конце концов помешал Ланну разгромить главные силы Беннигсена, который оставил поле боя, бросив множество орудий и повозок с ранеными.
За храбрость, проявленную в бою под Пултуском, Барклай был награжден орденом Георгия 3-го класса.