4 января 1807 года русская армия двинулась из Польши в Восточную Пруссию. 25 января под Янковом Барклай выдержал сильные атаки французов, которыми командовал сам Наполеон. Отступив к Ландсбергу, он весь следующий день сдерживал главные силы французов и дал возможность русской армии собраться у Прейсиш-Эйлау. Сражение под Ландсбергом и расположенном неподалеку от него Гофом было крайне упорным. В нем в полной мере проявились верность долгу, бесстрашие и хладнокровие Барклая. Оказавшись один на один со всей французской армией, он не дрогнул и до конца выполнил свой долг. После боя он писал в донесении главнокомандующему Беннигсену: «Во всяком другом случае я бы заблаговременно ретировался, дабы при таком неравенстве в силах не терять весь деташемент (отряд. — Ред.) мой без пользы, но через офицеров, которых посылал я в главную квартиру, осведомился я, что большая часть армии еще не была собрана при Ландсберге, находилась в походе, и никакой позиции взято не было. В рассуждение сего я почел долгом лучше со всем отрядом моим пожертвовать собою столь сильному неприятелю, нежели, ретируясь, привлечь неприятеля за собой и через то подвергнуть всю армию опасности». В этом весь Барклай. С его мужеством, честностью, готовностью к самопожертвованию.
26 января Барклай находился в авангарде под началом Багратиона, затем перевел свои полки к основным силам на передовые позиции под Прейсиш-Эйлау и был атакован корпусом маршала Сульта. Атака была отбита, но сам Барклай был тяжело ранен осколками гранаты и потерял сознание. Его вынес из боя унтер-офицер Изюмского гусарского полка Сергей Дудников.
Пока раненого генерала увозили в тыл, Наполеон продолжал неослабевающий натиск на русские позиции. Он лично руководил сражением и наносил удары один за другим, нащупывая слабые места обороны русских.
Утром Наполеон бросил корпус Ожеро на левый фланг русских позиций, но, не добившись успеха, перенес удар на центр. Девяносто эскадронов маршала Мюрата прорвали все три линии обороны, но и это не принесло французам успеха.
Барклая привезли, в Мемель и для излечения поместили на частную квартиру, куда к нему больше года приходили доктора, пытаясь спасти раненую правую руку, в которой застряло множество кусочков металла и обломков костей.
В то время, когда Барклай лечился, находясь под присмотром приехавшей к нему жены и нескольких девушек-воспитанниц, живших в его семье, в Мемель пожаловал Александр I. Он появился в этом городе, чтобы навестить находящегося здесь со своим двором прусского короля Фридриха-Вильгельма III, лишившегося из-за «безбожного корсиканца» почти всех своих владений.
Мемель, находившийся на самой границе союзной королю России, король справедливо почитал наиболее безопасным для себя местом. Александр I, находясь в гостях у своего «несчастного венценосного собрата», посетил и генерала Барклая — героя последней войны. Едва ли кто-нибудь из них предполагал, что это встреча царя со своим будущим военным министром и главнокомандующим. Визит Александра в Мемель сыграл очень важную роль в жизни Барклая: именно тогда между ним и царем состоялась длительная беседа, в которой Барклай высказал Александру ряд идей, по-видимому показавшихся императору небезынтересными.
Можно представить, о чем думал Барклай — сорокашестилетний боевой генерал, зрелый стратег, оказавшись в тишине и покое домашнего мемельского лазарета. Конечно же, он вспоминал и о только что закончившейся кампании и задумывался над кампаниями предстоящими. А в том, что они должны быть, сомнений не было: Наполеон находился на вершине могущества, континентальная Европа была почти полностью им покорена, наступала очередь России — последнего препятствия на пути к мировому господству. Рухнет Россия, и тогда несдобровать и Англии — главному оплоту антибонапартистских сил.
Размышляя над ближайшим будущим, Барклай, по-видимому, задумывался и над планом военных действий, который можно было бы противопоставить захватнической стратегии Наполеона. И вот здесь-то к Барклаю, по всей вероятности, и пришла мысль, что, если Наполеон нападет на Россию, спасти может тактика заманивания неприятеля в глубь страны и уничтожения его армий голодом, холодом, партизанскими налетами и распылением его сил по бескрайним просторам империи.
Через пять лет Барклай сильно изменил и существенно дополнил этот план, но его сердцевинная суть осталась неизменной — отступая, обескровить, измотать, выморить и выморозить армию неприятеля. План этот впоследствии получил и кое-какие отголоски. Так, сподвижник Наполеона, главный интендант великой армии, генерал граф Матье Дюма (его иногда путают с другим наполеоновским генералом — Дюма — отцом и дедом знаменитых писателей) рассказывал в своих воспоминаниях, что накануне открытия военных действий в 1812 году он встретился в Берлине с известным немецким историком античности Бертольдом Георгом Нибуром, давно знакомым ему еще по Голштинии. Когда они заговорили о предстоящей кампании, Нибур сказал, что он узнал о назначении Барклая-де-Толли русским главнокомандующим и не сомневается, что тот будет отступать.