Весь день 13 октября Наполеон провел в мучительных размышлениях под Малоярославцем, а 14 октября повернул свою армию на Смоленскую дорогу.
Бой при Малоярославце был одним из самых жестоких в войне 1812 года. Автор очерка «Бой при городе Малоярославце» (М., 1912) Н. И. Миловидов так описывает последствия боя для города: «Город, бывший местом побоища, восемь раз переходил из рук в руки и представлял зрелище полного разрушения. Из двухсот домов, бывших тогда в Малоярославце, осталось всего двадцать. Направление улиц обозначалось только трупами, которыми они были усеяны. Везде валялись истерзанные тела, раздавленные проехавшими орудиями. Под дымящимися развалинами тлели полусожженные кости. Множество раненых, укрывшихся в домах, вместо спасения погибли в пламени. Убитых и раненых с каждой стороны было более чем по шести тысяч… (По данным, принятым современными историками, потери французов были 5 тысяч человек, потери русских — около 3 тысяч — В. К.). Бесприютные малоярославецкие жители после боя собрали и продали по пятисот пудов свинцовых пуль и в эту зиму, по рассказам старожил, ружейными ложами отапливали свои новые жилища».
За все время боя Дмитрий Сергеевич Дохтуров находился в самых «горячих точках». Когда адъютант сказал ему, что надо бы поберечь себя, подумать о жене и детях, Дохтуров ответил: «Моя жена — это честь, а дети — солдаты. Наполеон хочет пробиться, но он не успеет или пройдет по моему трупу». Дохтуров сдержал слово, Наполеон не прошел. В литературе нет единого мнения о том, когда Дохтуров произнес слова «Моя жена — это честь, а дети — солдаты». Например, «Русский биографический словарь» (Спб., 1905) приводит эти слова в несколько иной редакции, как сказанные Дохтуровым во время вывода войск из окружения при Аустерлице. Очевидно, Дохтуров не однажды высказывался таким образом, отсюда и разночтения.
Жене Дохтуров писал об этом славном дне: «Целой день я был в сем деле, устал как собака, но, слава Богу, совершенно здоров и невредим. Наши дрались славно, много у нас ранено и убито, но у нашего злодея несравненно более. (…) Я все сделал, что мог; пока не прислали подкрепления, с одним моим корпусом мне было весьма трудно…»
Кутузов высоко оценивал сражение при Малоярославце: «Сей день есть один из знаменитейших в сию кровопролитную войну, ибо потерянное сражение при Малоярославце повлекло бы за собою пагубнейшее следствие и открыло бы путь неприятелю через хлебороднейшие наши провинции», — писал он императору. Высоко оценили его и французы. По словам французского историка Сегюра, бой при Малоярославце положил конец «завоеванию вселенной».
За действия при Малоярославце Дохтуров был пожалован «кавалером ордена святого Георгия большого креста 2-го класса». Среди других за это сражение получили награды командующий 7-й дивизией генерал-лейтенант П. М. Капцевич и полковник Н. В. Вуич. Награждены были многие ножей, а Софийский пехотный полк 7-й дивизии получил право именоваться гренадерским.
Преследование Наполеона на пути от Малоярославца до Смоленска осуществлял авангард Милорадовича и Платова. Основные же силы русской армии в составе двух колонн, одной из которых командовал Дохтуров, двигались параллельно Смоленской дороге.
Наполеон прибыл в Смоленск 27 октября, но город был уже разграблен его же войсками. Провианта едва хватило накормить гвардию. Пробыв в Смоленске четыре дня, Наполеон начал дальнейшее отступление. При Красном состоялось трехдневное сражение (4–6 ноября), в котором участвовал и 6-й корпус Дохтурова. Французы потерпели полное поражение. В этом бою более 6 тысяч французов было убито и 26 тысяч взято в плен. После Малоярославца у Наполеона было еще более 90 тысяч солдат и офицеров. В арьергардных боях на пути от Малоярославца к Смоленску французы потеряли около 30 тысяч человек. От Красного после трехдневного сражения Наполеон увел менее 30 тысяч. Это было уже не отступление, а бегство. На следующий день после битвы при Красном Дохтуров с удовольствием писал жене: «Мы преследуем неприятеля, который бежит как заяц. (…) Великий Наполеон бежит, как никто еще не бежал. (…) Мы надеемся, что скоро он будет совершенно истреблен». До совершенного истребления и впрямь оставалось немного времени. Уже в конце ноября Кутузов писал Александру I из Вильны: «Война закончилась за полным истреблением неприятеля».