Все это отразилось в решении командарма 51-й отдельной армии на оборону Крыма. Части и подразделения 276, 106 и 156-й дивизий занимали оборонительные позиции на рубеже Геническ — Сиваш — Перекоп. 48, 42 и 40-я кавалерийские, а также 271-я стрелковая (командир — полковник М. А. Титов) дивизии были выделены для отражения высадки вражеских десантов. Четыре сформированные в Крыму дивизии: 172-я моторизованная (командир — полковник И. Г. Торопцев), 184-я (командир — полковник В. Н. Абрамов), 320-я (командир — полковник М. В. Виноградов), 321-я (командир — полковник И. М. Алиев) — развертывались для охраны и обороны побережья, а также борьбы с вражескими десантами.
В абсолютных цифрах это выглядело так: около 30 тысяч человек личного состава обороняли Крым от вторжения вражеских войск со стороны материка, из них семь тысяч человек — на Перекопе; около 40 тысяч обороняли побережье и до 25 тысяч занимали позиции внутри полуострова. Этот боевой порядок в основном сохранялся в течение всей осенней кампании 1941 г. в Крыму. Именно поэтому в тяжелые дни сентябрьских и октябрьских боев 321-я дивизия в боевых действиях не участвовала, оставаясь в районе Евпатории. Когда же во второй половине октября немецкие войска прорвали оборону советских частей и соединений на Перекопе и Ишуньских позициях, 321-я дивизия в одиночку сражалась с рвавшимися к Евпатории немецкими войсками, нанесла большой урон 132-й пехотной дивизии вермахта, входившей в состав LIV армейского корпуса, но и сама понесла значительные потери. Оставшиеся в живых командиры и красноармейцы дивизии впоследствии ушли к партизанам.
Во время осенних боев на севере Крыма 184-я дивизия продолжала охранять побережье в районе Балаклава — Судак. Бронетанковые силы Крыма состояли из 5-го танкового полка под командованием майора M. П. Баранова, входившего в состав 172-й моторизованной дивизии. В полку было 10 новых танков Т-34 и 56 танкеток Т-37 и Т-38, которые ранее принадлежали 4-му воздушно-десантному корпусу и были вывезены в Крым для ремонта. Военно-воздушные силы Крыма состояли из 100 самолетов ВВС Черноморского флота под командованием генерала А. А. Ермаченкова, которые оперативно подчинялись ВВС 51-й отдельной армии. Здесь же принимала участие в боевых действиях группа бомбардировщиков Краснодарских курсов усовершенствования ВВС (39 самолетов СБ, девять самолетов ДБ-3) под командованием Героя Советского Союза подполковника Г. М. Прокофьева. Военно-воздушные силы собственно 51-й армии состояли из 82-го и 247-го истребительных авиационных полков{12}.
По воспоминаниям наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова, к началу Великой Отечественной войны Черноморский флот «состоял из линкора, 6 крейсеров, 17 лидеров и эскадренных миноносцев, 2 сторожевых кораблей, 47 подводных лодок, 84 торпедных катеров и ряда вспомогательных судов. Авиация насчитывала 625 самолетов»{13}. Главная база Черноморского флота находилась в городе Севастополь. Она занимала центральное положение по отношению ко всему Черноморскому бассейну, что предоставляло уникальную возможность развертывания сил флота в любом операционном направлении.
Уже в первые часы Великой Отечественной войны моряки Черноморского флота показали высокий уровень боевой выучки. «Через час с четвертью после получения приказа наркома военно-морского флота Н. Г. Кузнецова, — вспоминал, командовавший в начале войны бригадой крейсеров ЧФ капитан 1-го ранга С. Г. Горшков, — Черноморский флот был переведен в оперативную готовность № 1, а спустя еще два часа силы ПВО флота отразили внезапный налет вражеских самолетов на Севастополь и не позволили им сделать минные постановки и заблокировать корабли, стоявшие в Северной бухте.