В август подводный минный заградитель Л-5, поставила мины у мыса Олинька. Следом за Л-5 в поход вышла Л-4. Обе подводные лодки, чередуясь, действовали только в минном варианте. Позднее к ним подключилась Л-6. До конца года Л-4 совершила семь походов, Л-5 – пять, Л-6 – два Боевых похода. Было поставлено более 260 мин, на которых подорвались два транспорта противника.
Всего за кампанию 1941 года подводные лодки Черноморского флота совершили 103 Боевых похода, выполнили 24 торпедные атаки, потопили пять транспортов противника.
До середины февраля 1942 года было совершено девять Боевых походов, но, как и раньше, кроме шхун, подводные лодки ничего не встречали.
18 мая 1942 года подводная лодка Щ-205 артиллерийским огнем потопила шхуну противника и повредила транспорт. 23 мая 1942 года Щ-205 потопила сухогрузный транспорт «Safak». В начале лета 1942 года боевая активность подводных лодок Черноморского флота на коммуникациях противника резко снизилась, с 20 июня 1942 года практически прекратилась. Все подводные лодки были перенацелены на оказание помощи осажденному Севастополю и вернулись к действиям на морских путях лишь после того, как Севастополь был оставлен нашими войсками.
10 октября 1942 года Щ-216 торпедировала румынский транспорт «Karpati». 21 октября 1942 года подводная лодка М-35 потопила транспорт «Progres». В кампанию 1942 года подводные лодки Черноморского флота 40 раз выходили в торпедные атаки.
В августе 1942 года командование флота поставило перед подводными лодками цель заминировать подходные фарватеры. Эта задача выполнялась подводными лодками Л-4 и Л-5. Совершив три похода, подводные лодки поставили в районе мысов Фиолент и Сарыч 56 мин. Всего в 1942 году подводными лодками Черноморского флота было поставлено 196 мин.
Всего за кампанию 1942 года подводные лодки Черноморского флота уничтожили 16 транспортов и других судов противника.
Подводные лодки были переразвернуты из западной части Черного моря в район Феодосии. На позиции от мыса Киик-Атлама до мыса Опук вышли четыре подводные лодки. После того как Крым оказался отрезанным нашими войсками, движение транспортных средств противника между Севастополем, Феодосией, Анапой, Керчью и западными портами Черного моря значительно усилилось. Особенно возрос объем перевозок к концу года. В сентябре число транспортов противника, прошедших по этим направлениям, превысило 1300 единиц. В качестве главной перевалочной базы использовался Севастополь. В связи с этими обстоятельствами подводные лодки снова вернулись на коммуникации, начинавшиеся у побережья Крыма.
Здесь условия для боевых действий были благоприятными: открытая часть моря, большие глубины и, следовательно, незначительная минная опасность (до конца войны потерь подводных лодок из-за подрыва на минах не было). Благодаря усилению интенсивности перевозок за три последних месяца 1943 года наши подводные лодки имели около 540 контактов с кораблями и судами противника.
Подводные лодки С-33, М-35, Щ-209 развертывались на позициях ожидания в северо-западной части Черного моря. 23 апреля 1942 года подводная лодка М-35 атаковала конвой, С-33 потопила транспорт. Подводная лодка Щ-201 торпедировала судно.
Минные постановки осуществляли подводные лодки Л-4, Л-6, Л-23. Все они действовали в минно-торпедном варианте – сначала ставили мины, а затем направлялись на коммуникации противника. Было совершено шесть Боевых походов, поставлено 120 мин.
В ходе кампании 1943 года подводные лодки Черноморского флота совершили 102 Боевых похода, большинство пришлось на действия у южного побережья Крыма. Было выполнено 87 торпедных атак. Подводные лодки потопили и повредили 27 транспортов и других легких судов, уничтожили 18 боевых кораблей и вспомогательных судов противника.
За два месяца – январь и февраль – подводные лодки совершили 17 Боевых походов. Из семи выполненных торпедных атак три были успешными. 10 февраля 1944 года подводная лодка Щ-216 потопила транспорт, 27 марта 1944 год атаковала транспорт, шедший в охранении трех сторожевых кораблей. Подводная лодка М-117 потопила транспорт противника.
В марте 1944 года на позициях оставались подводные лодки С-31 и Щ-215.
Развертывание подводных лодок для участия в Крымской операции началось 11 апреля 1944 года. Первыми вышли в поход Л-6, М-35, М-111 и А-5, за ними – М-62. Находившиеся в море С-31 и Щ-215 заняли места в соответствии с общим планом операции. До 9 мая 1944 года было развернуто еще шесть подводных лодок: М-55, Л-4, М-54, Щ-202, Щ-201 и С-33.