Из всех обителей, в которых ему довелось нести служение Господу, Бугульминская была самой молодой — этот монастырь был основан в апреле 1867 года на землях, пожертвованных местными крестьянами. Обитель возвышалась у подножия лесистых гор, у слияния рек Липовки и Сулы. На ее территории было восемь зданий — четыре каменных корпуса с кельями, трапезная, кухня, просфорня, мастерские, странноприимный дом. Имелись также скотный двор, кирпичная кузница, а в двух верстах, на хуторе деревни Никольской, — пасека и мельница. В монастыре было два храма — деревянный во имя Рождества Пресвятой Богородицы, освященный в августе 1867 года, и каменный во имя Святой Троицы, освященный в сентябре 1893-го. Монахами и местными жителями особо почиталась чудотворная икона Божьей Матери «Достойно есть», привезенная в 1870 году со Святой горы Афон. Эта икона сохранилась и сейчас находится в бугульминском храме Святого Георгия Победоносца.
Годы, наполненные трудом и молитвой, летели незаметно. В Александро-Невской обители отец Антоний встретил свое 65-летие. В сохранившихся ведомостях этого монастыря коротко отмечено: «Иеромонах Антоний (Смирнов), очень хорошего поведения».
1909 год стал переломным для пожилого монаха — отец Антоний был призван на пятилетнее служение на флоте. Надо сказать, что этой чести удостаивались только самые достойные священнослужители. Традиция иметь священника на каждом боевом корабле восходила еще к Морскому уставу 1720 года, где говорилось: «В корабельном флоте на каждом корабле иметь по одному иеромонаху». В течение XVIII—XIX веков на флоте служили именно иеромонахи, но к 1914 году их число сократилось до семи человек (одним из которых был отец Антоний). В марте 1721 года в «Инструкции флотским иеромонахам» были сформулированы обязанности корабельных священников. К началу XX века эти требования не изменились, и все 973 флотских священнослужителя России были обязаны строго их придерживаться.
Так, согласно Морскому уставу, корабельный священник должен был ежедневно совершать молитвы и богослужения в походной церкви (с 1853 года они существовали на каждом боевом корабле, а незадолго до начала Первой мировой войны оснащались по проекту, утвержденному в 1897-м). Если же флотский священник без уважительных причин не совершал службы, то, как следует из пункта 14-го главы 1-й Морского устава, его должны были наказать материально — «за первое отбытие 1 рубль, за другое вдвое, а за третий пропуск отослан быть к начальному священнику во флоте для наказания». Кроме того, священник на корабле был «должен посещать и утешать больных и иметь попечение, дабы без причастия кто не умер», проверять сделанные врачом записи о том, какие лекарства были назначены больным, а о тяжелобольных лично докладывать капитану корабля. По боевому расписанию священник определялся в помощь к врачу и должен был находиться в его каюте, оборудованной под операционную (чтобы священник мог исполнять обязанности медбрата, он проходил на флоте десятидневные курсы). На некоторых кораблях священник при необходимости исполнял и обязанности подносчика снарядов в орудийном расчете.
В быту корабельный иеромонах должен был подавать пример христианской жизни другим. Если же священник вел себя на корабле неподобающим образом, его ждал духовный суд, который определял для него меру наказания — вплоть до лишения сана. Кроме того, в обязанности священника входило обучение матросов грамоте, забота о состоянии корабельной библиотеки, извещение родственников об обстоятельствах смерти умершего или погибшего матроса и организация материальной помощи осиротевшим семьям моряков.
Конечно, на русских боевых кораблях начала XX века служили матросы не только православного вероисповедания. Согласно данным всеобщей переписи населения, в 1897 году в Российской империи проживали 87 123 604 православных, 13 906 072 магометанина, 11 506 809 католиков, 5 215 805 иудеев, 3 762 756 протестантов. Примерно таковы же были пропорции служивших в армии и на флоте. В общении с представителями иных вер корабельный священник был обязан быть деликатным, избегать всяческих религиозных диспутов и следить, чтобы в библиотеке корабля не было книг и брошюр, содержащих резкие выражения в адрес католичества, протестантизма, иудаизма и магометанства.
По образному выражению протопресвитера армии и флота Г.И. Шавельского, военный священник «был учителем, воспитателем в той великой русской школе, какою являлась для огромной части русского мужского населения армия… Ежегодно принимая в свои ряды сотни тысяч молодых людей, в значительном проценте неграмотных и невежественных, армия и флот обучали их грамоте, сообщали им разные знания, дисциплинировали и культивировали их… И в отношении воспитания воинского духа, и в отношении общего обучения и воспитания нижних чинов священник в воинской, как и в морской части мог играть выдающуюся роль».
Таким образом, любой русский военный корабль начала XX века жил в полном смысле слова напряженной духовной жизнью, которой руководил священник. И сказать, что эта жизнь тяготила моряков, мешала им, было бы глубокой ошибкой. В первый же день пребывания на корабле каждому матросу вручалось Евангелие, которое часто становилось для моряка настольной книгой. В 1910 году благочинный Севастопольского гарнизона докладывал протопресвитеру армии и флота о настроениях среди моряков Черноморского флота: «Явно неверующих не встречалось. Молятся Богу почти все, за очень немногими исключениями… В политических движениях против властей участвовал разве что один… Громадное большинство ни о сектантах, ни о политических партиях не имеет никакого представления. Из женатых 70% женам верны. Пьяниц почти не было, выпивают больше половины. Много непьющих и некурящих».
После тихой жизни бугульминского монастыря, да что там — всей жизни, прошедшей в глубине России, перевод на флот был для отца Антония разительной переменой. Чего стоил один только переезд по железной дороге из Самары в Севастополь!.. 5 июня 1909 года впервые за свою долгую жизнь иеромонах увидел Черное море. Служить ему выпало на минном заградителе «Прут» — бывшем коммерческом пароходе «Москва», спущенном на воду в 1879 году. Водоизмещение корабля — 5959 тонн, экипаж состоял из 9 офицеров, 1 военного чиновника и 296 матросов. Кроме того, на борту корабля находились минная школа и штаб начальника дивизиона заградителей контр-адмирала Николая Георгиевича Львова. «Прут» был вооружен восемью 47-миллиметровыми и двумя 37-миллиметровыми орудиями, тремя пулеметами, но его главным оружием были мины (полный минный запас составлял 900 штук). Это был единственный большой минзаг Черноморского флота, и в случае войны основная тяжесть минных постановок на море ложилась на него. С 22 апреля 1913 года кораблем командовал опытный флотский офицер, капитан 2-го ранга Георгий Александрович Быков.
Как и любому корабельному иеромонаху, отцу Антонию на «Пруте» была отведена отдельная каюта и положена особая шлюпка. Причем он имел право причаливать к кораблю с правого борта — привилегия, которой были удостоены, кроме священников, только флагманы, командиры кораблей и георгиевские кавалеры. За стол в кают-компании он садился вместе с офицерами. А вот сходить на берег флотскому иеромонаху разрешалось только раз в неделю — в четверг после утренней молитвы. К ночи с четверга на пятницу он обязан был вернуться на корабль. Конечно, привыкнуть к такому распорядку дня немолодому священнику в первое время было сложно. Вместо привычной монастырской тишины — жесткие флотские правила, постоянные учебные тревоги, выходы в море, постановки мин, стрельбы. Вместо деревенского воздуха — черноморский ветер, ласковый летом и обжигающий зимой. Со временем «Прут» стал для отца Антония настоящим домом. В 1914 году срок его пятилетнего служения на флоте заканчивался, но вскоре в жизнь старого священника властно вторглась охватившая Европу невиданная прежде война…