Почва уходит из-под ног Бориса Годунова — он это чувствует, хотя ничего еще не знает о «воскресении» Димитрия (Патриарх не решился известить государя о бегстве Григория).
Страшная новость настигает Годунова в 10-й сцене (также названной «Царские палаты»); ее спешит сообщить хитрый Шуйский, с которым накануне московский боярин Пушкин поделился вестью, полученной от краковского племянника Гаврилы Пушкина. (Попутно в уста пушкинского предка вложены мысли автора трагедии о разорении древних боярских родов — в том числе «Романовых, отечества надежды» — как о политической причине Смуты. Это рассуждение меняет все «смысловые пропорции» трагедии, где на примере Шуйского показана потеря достоинства древним боярством, а на примере Басманова — изворотливая подлость боярства нового.) Потрясенный Борис в недоумении: что же такое «законность» власти, избранной всенародно и утвержденной церковно, если мертвые имеют «право» выходить из гроба, чтобы допрашивать царей? Политические следствия порождены моральными причинами; Лжедимитрий способен внушить толпе опасные идеи и повести ее за собою; тень готова сорвать с царя порфиру: «Так вот зачем тринадцать лет мне сряду / Все снилося убитое дитя!».
Сцена 15-я («Царская дума») служит кульминацией «годуновской» линии сюжета. Войска Лжедимитрия движутся на Москву; отправив Трубецкого и Басманова на войну, Годунов держит совет с приближенными: как остановить Смуту? Патриарх, которого Пушкин (вопреки историческому прототипу — Иову) изображает глуповатым добряком, простаком, не подозревая о подоплеке событий, предлагает моральный выход из создавшихся обстоятельств: перенести чудотворные мощи царевича Димитрия из Углича в Архангельский собор столицы.
Но в том-то и дело, что перенести мощи и оказаться в непосредственной «мистической близости» от своей жертвы Годунов не может. А значит — он обречен в борьбе с Самозванцем, которого породил. Понимая это, изворотливый Шуйский отводит доводы простодушного Патриарха («Не скажут ли, что мы святыню дерзко / В делах мирских орудием творим?») и объявляет, что сам (вместо святых мощей!) явится на площади народной и обнаружит «злой обман бродяги». Ситуация трагикомическая; и Годунов (который во время патриаршей речи от ужаса закрывает лицо платком) на протяжении сцены из фигуры злобно-величественной, трагедийной превращается в фигуру полукомическую. Он «жалок» — ибо в нем «совесть нечиста». Он более не властитель, так как зависит от обстоятельств.
После этого Борису остается одно — умереть. Что он и делает в 20-й сцене («Москва. Царские палаты»), успев пообещать Басманову, что после победы над Самозванцем сожжет «Разрядны книги», уничтожит знать и ум поставит на место рода:
Басманов
Царь
Царство Годунова кровью началось, кровью продолжилось, кровью и завершается: «На троне он сидел и вдруг упал — / Кровь хлынула из уст и из ушей».
Последняя надежда умирающего и готовящегося принять схиму Годунова на то, что хотя бы его смерть устранит моральную дисгармонию и восстановит политическое равновесие. Он лично повинен в смерти Димитрия — и за то ответит перед Богом; но избрание само по себе было законным, следовательно, невинный наследник престола Федор станет править «по праву». Ту же мысль в финале повторит «человек из народа» («Отец был злодей, а детки невинны»); но тщетно: дети одного «лжецаря», Федор и Ксения, будут убиты слугами другого «лжеправителя».
Место в системе персонажей. В трагедии действует пять основных групп персонажей — виновники, соучастники, участники, свидетели, жертвы. Роль невинных жертв играют, естественно, дети царя. Летописец Пимен, Юродивый, люди из народа в сценах «Площадь перед собором в Москве» и «Кремль. Дом Борисов. Стража у крыльца» не участвуют в историческом зле, но свидетельствуют о нем — обличая (как Юродивый), обсуждая (как люди из толпы) или передавая весть о нем потомству (как Пимен). Глуповатый Патриарх, наемные командиры русских войск Маржерет и В. Розен, пленник Лжедимитрия «московский дворянин» Рожнов, сын князя Курбского и другие второстепенные персонажи из разных лагерей непосредственно участвуют в истории, но не отвечают за ее кровавый излом, ибо не имеют личного умысла. Люди из толпы, равнодушно избирающие царя (сцена «Девичье поле. Новодевичий монастырь») и охотно бегущие «топить» невинных «Борисовых щенков» (сцена «Кремль. Дом Борисов»); польская знать в лице Марины Мнишек, ее отца и Вишневецкого, иезуиты в лице pater'a Черниковского; лживые русские бояре ведают, что творят, а значит, соучаствуют в трагедии Руси. Вина их различна; отношение автора к ним неоднозначно (к Григорию Пушкину скорее сочувственное, к Шуйскому предельно неприязненное).