Скориставшись ситуацією, що склалася, гетьманська опозиція зі старшин, підтримана В.Голіциним, поклала всю провину за невдалий рейд на І.Самойловича. Царський уряд, враховуючи ту обставину, що Самойлович негативно ставився до війни з Туреччиною та Кримським ханством, задовольнив вимогу місцевої еліти й позбавив його булави. Самойловича заарештували й заслали до Сибіру.
Протягом 1688 р. та на початку наступного підготовкою до нового виступу українського війська на Південь за вказівкою з Москви займався вже І.Мазепа. На той час політична ситуація для Російської держави змінилася на гірше, бо королівська влада Речі Посполитої стала домовлятися з Туреччиною про мир. Напровесні 1689 p. російсько-українське військо (близько 150 тис. чоловік) виступило на Крим і в травні дійшло до урочища Зелена Долина (на північ від Перекопсько-го перешийка), де в кривавому бою перемогло загони кримського хана. Наблизившись до Перекопа, об'єднана армія через велику спеку, нестачу,води, масовий падіж коней навіть не змогла розпочати штурм фортеці. Трагічні обставини змусили Голіцина облишити марні сподівання підкорити ворога й відступити на Лівобережжя.
Попри очевидні невдачі обох походів, все ж було розпочато наступ на Кримське ханство, активізувалася боротьба за припинення турецько-татарських нападів на українські й російські землі. Водночас описані вище події стали однією з причин падіння Софії Олексіївни та її фаворита В.Голіцина. Петро І, який набирав дедалі більшої сили, в серпні 1689 p. усунув свою старшу сестру від влади й ув'язнив її в Новодівичому монастирі.
В останні роки XVII ст. напади татар на Україну тривали. Для їх припинення на початку осені 1694 p. відбувся великий похід козаків Лубенського, Ніжинського, Переяславського, Чернігівського, Фастівського, а також деяких інших полків під головуванням наказного гетьмана Якова Лизогуба проти Буджацької орди. Українські збройні сили досягли в ньому значних успіхів, зокрема розгромили татарську паланку Ганкушлі.
У тому ж році царський уряд вирішив укотре спробувати здобута вихід до Азовського моря. Планувалося посилити воєнні дії проти Туреччини та Кримського ханства, зосередити основну увагу на здобутті фортеці Азов як важливого стратегічного пункту й створити в цьому районі морський флот. Водночас готувався виступ війська в пониззя Дніпра для "промысла над Крымом", щоб відвернути увагу ворога й роз'єднати його сили.
Навесні 1695 р. завдяки наполегливості й прямому втручанню Петра І воєнна кампанія розпочалася. У підсумку так званих Азово-Дніпровських походів (завершились у 1696 р.) російській армії за участю багатотисячних полків українських козаків (загалом до 20 тис. чо ловік) вдалося здобути Азов і зруйнувати турецько-татарські фортеці в пониззі Дніпра, Це стало важливим етапом у боротьбі за визволення Північного Причорномор'я. Зокрема, лівобережні полки спромоглися штурмом узяти фортецю Кизикермен, а запорожці, які на чайках і успішно здійснювали блокаду ворога з боку Дніпра, примусили капітулювати захисників Гаванської (Мустриткерменської) фортеці. З огляду на це дві інші - Асланкермен і Мубеуреккермен - склали зброю без опору. Низовики під керівництвом кошового Івана Гусака завдали значних втрат гарнізонові фортеці, розташованої на Перевізному причалі (навпроти Очакова), розгромили татарський загін біля р.Кінські Води. На воді проти турецької флотилії успішно діяли січовики на чайках, очолювані отаманом Яковом Морозом, полковником Григорієм Сагайдачним, Петром Сорочинським та деякими іншими.
В радянській історіографії про роль І.Мазепи в цих походах майже не згадувалося. Тим часом він брав у них дуже дійову участь, здійснював загальне керівництво українським військом, чим дуже сподобався Петру І і "завоював велику довіру в нього. Значні "послуги" цареві під час здобуття Азова зробив "муж доброчесний і у воєнних трудах умілий" Я.Лизогуб разом із козаками. Ось як вони описані в "Літописі" Самовидця: "И так юля 19 (1696 р. - авт.) за позволеніем [божіїм] узяли город Азов, а найболше за отвагою Козаков, которіе сами охоту узявши, отважившися, опановали вежу, которая усего города боронила, и из тоей вежі козаки разили турков в городі, же не могли себе боронити, которіе мусіли просити о милосердне и здали город..." Крім названих, "в поході том от орди міли (мали - авт.) перепону, але добрий отпор дали" полковники прилуцький Д.Лазаренко (Горленко), лубенський Л.Свічка, гадяцький М.Борохович з "компанією".
Воднораз слід зазначити, що вихід Московії до моря, з погляду політичного, мав для України суперечливі наслідки. На думку Омеляна Терлецького, відтоді Росія оточила її на Півдні й на Півночі "немов залізним перснем, який стискав чимраз більше і так уже невелику територію Української держави". Проте важливим було й те, що певна частина українців могла, вже цілком вільно, займатися господарською діяльністю на південь від Запорозької Січі. Згідно з Константинопольським мирним договором між Російською державою та Туреччиною від 3(13) липня 1700 р., за першою офіційно закріплювалися Азов із навколишніми землями й заново збудованими фортецями Павловськ, Таганрог, Міус, а другій поверталася частина Подніпров'я з невеликими турецькими фортецями (щоправда, їх мали негайно зруйнувати). Область між Очаковом і Запорожжям передбачалося не заселяти. Отже, договір в основному закріпив результати Азово-Дніпровських походів.