Цілеспрямована "правобережна" політика І.Самойловича, що розходилася із прагненням Москви зберегти мирні відносини з Польщею, стала, безперечно, однією з причин його зміщення з посади гетьмана Лівобережної України. Частина козацької старшини, використовуючи українсько-російські суперечності в справі повернення Правобережної України, зробила все можливе для того, щоб скомпрометувати Самойловича перед московською владою. Інкримінуючи йому зраду в чолобитній до царя (липень 1687 р.), старшина відзначала, що І.Самойлович "про землі тієї сторони Дніпра говорив жорстоко: не так буде, як Москва з Поляками в мирних своїх договорах постановила. Учиним ми так як нам потрібно". Слід зауважити, що більшість вітчизняних істориків переконана: гетьман Самойлович дотримувався думки про необхідність об'єднання територій обабіч Дніпра до останніх днів свого правління.
Новообраний гетьман Лівобережної України І.Мазепа на початку свого володарювання провадив більш помірковану політику щодо Правобережжя. За Коломацькими статтями, укладеними між ним та московським урядом, Мазепа був змушений визнати, що "по тим же договорам ("Вічним миром" - авт.) уступлено в сторону королівської величності Польської і в ті місця не вступати й до порушення договорів ніяких причин не давати". Отже, за спостереженням історика М.Андрусяка, І.Мазепа, на відміну від свого попередника, у питанні про повернення правобережних земель спочатку йшов у річищі московської політики. Водночас він міг впливати на позицію московського двору в російсько-польсько-турецьких відносинах і, таким чином, коригувати свої зовнішньополітичні заходи.
Підтримуючи стосунки з правобережним полковником С.Палієм, гетьман Мазепа намагався втілити в життя свої наміри щодо прилучення Правобережжя. До всього, міжнародна ситуація дозволяла підтримувати відносини з ним не лише за допомогою листування. Європейська програма дій, вироблена країнами, що входили до "Священної ліги", передбачала воєнні походи українського козацтва проти Кримського ханства та інших васалів Османської імперії. Протягом 90-х pp. правобережні полки разом із лівобережними українськими військами часто здійснювали походи в татарські степи. Це давало змогу підтримувати більш тісні контакти між Правобережжям та Лівобережжям. І.Мазепа та С.Палій провели кілька особистих зустрічей для вироблення спільного плану заходів щодо визначення політичного становища правобережних земель. Протягом останнього десятиліття XVII ст. між Мазепою та Палієм велося постійне листування, майже щомісяця до Батурина і Фастова прибували посли з обох боків Дніпра. Це мало бути запорукою майбутнього об'єднання розділеної за міжнародними угодами України.
У травні 1704 р. І.Мазепа отримує наказ Петра І ввести лівобережні козацькі полки на Правобережжя для допомоги королю Августу ІІ в його боротьбі з військами шведів та їхнього ставленика на польський трон С.Лещинського. Вже 29 травня гетьман доповідав із табору над р.Стугна, що полковники Палій, Самусь та Іскра "рушили з домівок і йдуть при своєму боці в обозі з своїми людьми".
Згідно зі свідченнями Г.Грабянки, в червні у таборі поблизу м.Паволоч правобережний гетьман Самусь передав Мазепі булаву, бунчук та королівську грамоту на звання гетьмана. Так І.Мазепа, який доти формально титулувався "гетьманом обох сторін Дніпра", став справжнім правителем об'єднаної Гетьманської України.
Невдовзі гетьман, зважаючи на великий авторитет полковника С.Палія серед усього правобережного, а також частини лівобережного козацтва, визнав за краще для себе усунути від влади героя "другої Хмельниччини". Універсалом від 1 серпня 1704 р. на посаду білоцерківського полковника був призначений М.Омельченко.
У червні наступного року 40-тисячне військо під керівництвом Мазепи зайняло Київщину, Волинь, Східну Галичину й досягло Белзького воєводства. Для своєї резиденції гетьман вибрав м.Дубно на Волині. Наприкінці 1707 р. І.Мазепа повідомляв, що "у воєводствах Брацлавському, Київському і Подільському, між ріками Дністром і Бугом мешкають козаки, мають своїх полковників і сотників". З цього випливає, що до моменту антиросійського виступу Мазепи у 1708 р. майже вся територія Правобережної України перебувала під його владою.