Было 10.35 утра. К сожалению, «Триест» при погружении не смог уловить сигналы, подававшиеся поставленным на поверхности буем, и оказался несколько восточнее намеченного для обследования района. Батискаф, удерживаясь на высоте примерно 12 метров над дном океана, обследовал около 2 квадратных миль. В 14.30 «Триест» дал сигнал о всплытии и через 1 час 25 минут был на поверхности. В официальном сообщении о результатах первого погружения батискафа указывалось, что «ничего заслуживающего внимания не обнаружено». Однако Эндрюс подчеркнул, что «с эксплуатационной точки зрения первое глубоководное погружение батискафа было весьма удовлетворительным». Запланированное на 25 июня погружение «Триеста» пришлось отложить. Требовалось проверить работу электронной аппаратуры, установленной на буе, и произвести перезарядку аккумуляторов, питающих электромоторы батискафа.
Утром 26 июня «Триест» вновь погрузился, имея на борту лейтенанта Мартина и Маккензи. Достигнув дна, батискаф по инерции вошел в ил примерно на 0,7 метра. Используя моторы, Мартин поднял батискаф, но не смог установить его на расстоянии 20 метров от дна и проскочил вверх на высоту 160 метров от дна. В этот момент гидролокаторы батискафа зафиксировали контакт с металлическим предметом длиной примерно 18 метров. Контакт продолжался около двух минут. Опустившись на дно, батискаф потерял контакт и, несмотря на все попытки, восстановить его не смог. Металлические предметы в этом месте обнаруживались ранее магнитной аппаратурой «Конрада». 27 июня батискаф произвел очередное погружение на дно, имея на борту Мартина и Маккензи. Металлического предмета, с которым был установлен контакт во время предыдущего погружения, с батискафа не обнаружили. На этот раз с «Триеста» увидели на дне океана резиновый чехол для ботинок, на котором были видны буквы «SSN», указывающие на принадлежность чехла к предметам снабжения атомных подводных лодок. Рядом с буквами стояла цифра «5» — первая цифра трехзначного номера «593» — номера «Трешера». Последующих двух цифр видно не было, так как чехол был сложен. Такие чехлы помещаются в специальных мешках перед входом в реакторный отсек и надеваются только на время работ в отсеке. Если бы лодка не разломилась, чехол вряд ли мог бы оказаться на дне океана. Кроме чехла, на дне океана обнаружили «большое скопление» бумаги и легковесных обломков.
29 июня батискаф, имея на борту Мартина, Маккензи и капитан-лейтенанта Кэша из штаба поиска, погрузился в четвертый раз. На этот раз в том месте, где видели резиновый чехол и где еще раньше был сфотографирован воздушный баллон, подобный баллонам, используемым на атомных подводных лодках, обнаружили два кратера. Один кратер был глубиной около 4,5 метра и диаметром 12 метров, а второй, находившийся на расстоянии менее метра от первого, соответственно — 12 и 60 метров. Кратеры были сфотографированы.
30 июня «Триест» произвел очередное погружение на дно. На нем находились Эндрюс, Кич и Маккензи. Неисправности гирокомпаса и одного из трех моторов затруднили действия батискафа. Пробыв на дне океана 2 часа 9 минут, «Триест» всплыл на поверхность. В общей сложности в свое пятое погружение батискаф находился под водой 4 часа 45 минут. Результаты этого погружения оказались неутешительными. Зато, по крайней мере, были установлены границы расположения обломков «Трешера».
1 июля «Призервер» отбуксировал «Триест» в Бостон, где ему предстояло пройти ремонт и проверку.
Происхождение кратеров, обнаруженных на дне океана, некоторые ученые и военно-морские специалисты связывали с гибелью «Трешера». По их мнению, лодка, погружаясь на большой скорости кормой вниз, разломилась у самого дна на две неравные части. От удара основной части «Трешера» о грунт, скорость падения которой могла достигать 100–120 миль в час, образовался большой кратер, от удара малой части — малый кратер. Другие специалисты отвергали эту версию. Они указывали на то, что найденные на дне океана предметы, которые, по всей вероятности, принадлежали «Трешеру», свидетельствуют о том, что лодка разломилась значительно раньше, вследствие чего скорость погружения обломков не могла быть высокой, а значит, и удары обломков о грунт не могли образовать таких кратеров.