После Аксена показания давал штурман «Скайларка» лейтенант Уотсон. Он доложил комиссии, что слышал по гидроакустическому телефону последнее сообщение с «Трешера»: «Имею дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны». Уотсон дальше показал, что он ясно слышал шум стравливаемого сжатого воздуха, а также треск разламывающегося корабля. Он подчеркнул, что подобный звук не раз слышал во время второй мировой войны и не мог ошибиться в его происхождении.
Показания Уотсона в отношении содержания последнего сообщения с «Трешера» несколько расходились с теми записями, которые были сделаны в вахтенном журнале «Скайларка». Дававшие показания в комиссии младший боцман Моуэн и радист Мартин сообщили свои версии содержания последнего сообщения с «Трешера». Первый, в частности, заявил, что с подводной лодки передали: «Испытываю незначительные трудности». Оба они показали также, что слышали шум стравливаемого сжатого воздуха.
Записи в вахтенном журнале и показания указанных лиц свидетельствовали о том, что до момента потери связи на «Трешере» произошло что-то неладное. Однако о последних сообщениях с подводной лодки на «Скайларк» и о том, что на спасательном судне слышали шум стравливаемого воздуха и звук разламывающегося корабля командование ВМС узнало только 13 апреля при ведении следствия, то есть через три дня после гибели «Трешера». На пресс-конференции, состоявшейся через 25 часов после гибели «Трешера», адмирал Андерсон заявил, что последнее сообщение с подводной лодки говорило о том, что на ней все шло нормально. В свою очередь начальник информационного отдела ВМС сообщил, что до показаний Уотсона в комиссии по расследованию командование ВМС абсолютно ничего не знало о звуках и шуме, которые слышали на «Скайларке».
13 апреля комиссия заслушала показания Шэфера — старшего брата двух старшин, погибших на «Трешере». Он заявил, что его братья «не были уверены» в том, что те, кто ремонтировали корабль, делали свою работу добросовестно. Шэфер указал, что его братьев беспокоила мысль, что с «Трешером» может что-то случиться. Это же подтвердил и сварщик судоверфи «Электрик боут» Мэйн. Затем перед комиссией выступил начальник отдела подводных лодок главного управления кораблестроения капитан 1 ранга Керн. Он указал, что на глубине 2560 метров корпус «Трешера» несомненно должен был целиком заполниться водой, отсеки разрушиться и корабль — разломиться, в результате чего некоторые предметы должны были всплыть на поверхность.
Затем комиссия и эксперты осмотрели предметы, подобранные в районе гибели «Трешера». Было установлено, что они не радиоактивны.
15 апреля комиссия заслушала командира «Скайларка» Хеккера. Он несколько иначе истолковал содержание последнего сообщения «Трешера». Хеккер утверждал, что с «Трешера» передали: «Испытываю незначительные трудности… Имею дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны». Хеккер добавил, что сообщение передавал совершенно спокойный голос. Вскоре после этого он ясно услышал шум, который свидетельствовал, что подводная лодка продувала балластные цистерны. Одновременно Хеккер услышал голос, пытавшийся, казалось, сквозь шум стравливаемого воздуха передать что-то, но разобрать слова он не смог. Далее командир «Скайларка» доложил, что он не мог обозначить место последнего погружения «Трешера» по той причине, что длина имевшегося на корабле нейлонового троса не превышала 2200 метров.
На вопрос комиссии о замеченном со «Скайларка» неизвестном судне в районе поиска Хеккер доложил, что он видел судно и подходил к нему на дистанцию три мили, но, убедившись, что это не «Трешер», отошел и потому не знает, что это было за судно и куда оно ушло. В ходе расследования комиссия предъявила Хеккеру обвинение в том, что он своевременно не донес командованию ВМС содержание последнего сообщения «Трешера».
В ходе следствия многие задавали такие вопросы: «Почему Хеккер в течение полутора часов не сообщал о потере связи с подводной лодкой и не указал в своем донесении, что она передавала об испытываемых ею затруднениях?», «Что означают утверждения, что ремонтные работы на «Трешере» выполнялись недоброкачественно?», «Имело ли какое-либо отношение к гибели «Трешера» виденное «Скайларком» неизвестное судно?»
15 апреля комиссия заслушала командира дизель-аккумуляторной лодки «Догфиш» Ларкомба. Он сообщил, что за день до выхода «Трешера» в море Харвей заверил его, что его лодка и экипаж готовы к выполнению программы испытаний. То же самое заявил и офицер штаба 2-й группы опытовых лодок капитан 3 ранга Беллах. Один из ведущих инженеров ВМС — главный инженер портсмутской судоверфи капитан 1 ранга Хиронимас, знавший все, что делалось на «Трешере» во время ремонта, заявил, что подводная лодка была отлично подготовлена к проведению испытаний в море. Он подчеркнул, что и экипаж «Трешера» был хорошо подготовлен к выполнению поставленных перед ним задач.