Комиссия по расследованию работала почти два месяца. В течение этого периода были заслушаны показания 120 свидетелей, как военных, так и гражданских, и рассмотрено большое число морских карт, чертежей, писем, фотографий, инструкций, а также предметов, подобранных на поверхности и поднятых со дна океана во время поиска лодки. 6 июня было объявлено об окончании расследования. Доклад, составленный на 1700 страницах, комиссия представила командованию. В настоящее время доклад изучается инженерами, конструкторами и опытными подводниками. 12 июня министерство обороны опубликовало выводы и рекомендации комиссии, содержание которых приводится ниже.
«Комиссия считает, что «наиболее вероятной» причиной гибели атомной подводной лодки «Трешер» со 129 человеками на борту, затонувшей 10 апреля 1963 года в 220 милях восточнее мыса Код, является авария в машинном отсеке, приведшая к его затоплению. По мнению комиссии, вероятнее всего, в машинном отсеке имела место авария трубопровода одной из водяных систем забортной воды.
Прорвавшись под огромным давлением в отсек, забортная вода быстро затопила его. Вероятно также, что заполнившая отсек вода вызвала короткое замыкание, приведшее к выходу из строя главных двигателей. В результате «Трешер» потерял ход и начал погружаться. Очень скоро подводная лодка оказалась ниже расчетной глубины погружения, заполнилась водой и затонула на глубине 2560 метров».
По мнению комиссии, в своей основе проект подводных лодок типа «Трешер» — хороший и построенный по нему «Трешер» обладал высокими тактико-техническими данными.
Комиссия настоятельно рекомендовала тщательно изучить проектные характеристики конструкции и способы проверки жизненно важных систем подводных лодок, таких, как водяная и воздушная системы, а также пересмотреть существующие технические возможности и организацию борьбы за живучесть с целью повышения их действенности в аварийных условиях, ведущих к частичному затоплению лодки.
В этой связи уже принят ряд мер. В частности, главное управление кораблестроения ВМС вводит новый способ проверки целостности трубопроводов систем высокого давления на всех кораблях ВМС. Этот способ, предусматривающий использование ультразвука, сначала будет испытан на атомных подводных лодках. Применение этого способа потребует технической и эксплуатационной подготовки личного состава подводных лодок, а значит, и пересмотра сроков постройки лодок и постановки их на ремонт.
Комиссия считает, что «нет никаких оснований полагать, что гибель 129 человек на «Трешере» могла произойти по злому умыслу, ошибке, небрежности или неопытности кого-либо из состава ВМС или лиц, связанных с ВМС». Комиссия считает также, что нет никаких указаний на то, что гибель «Трешера» является следствием саботажа или же прямых враждебных действий на море. Комиссия установила, что никакого повышения радиоактивности в районе поиска нет. Свободны от радиоактивности и принадлежащие «Трешеру» предметы, найденные на воде и поднятые со дна океана.
Комиссия заявила, что имевшиеся в ее распоряжении данные не позволили ей сделать более точных выводов о том, что в действительности произошло на «Трешере». По мнению комиссии, события развертывались следующим образом.
Утром 9 апреля 1963 года «Трешер» под командованием капитан-лейтенанта Харвея покинул Портсмут, где он находился на ремонте с 16 июня 1962 года, и направился в море для проведения программы испытаний. «Трешер» входил в состав 2-й группы опытовых подводных лодок, подчинявшейся командующему подводными силами Атлантического флота США. По долгу службы на борту лодки было 129 человек, в том числе 3 офицера и 13 гражданских специалистов с портсмутской судостроительной верфи, офицер штаба заместителя командующего подводными силами Атлантического флота, 4 представителя частных фирм и экипаж лодки — 12 офицеров и 96 старшин и рядовых.
Обеспечивать «Трешер» во время испытаний было поручено спасательному судну «Скайларк» под командованием капитан-лейтенанта Хеккера. «Скайларк» имел все необходимое для спасения экипажа затонувшей лодки: шесть якорей для постановки судна прямо над затонувшим кораблем, буи, водолазное снаряжение, оборудование для подачи воздуха для личного состава и продувания балластных цистерн, а также «спасательный колокол», с помощью которого можно проводить спасательные работы на глубине до 280 метров. Таким образом, если бы «Трешер» по каким-либо причинам затонул во время своих пробных погружений, где глубина океана была менее 200 метров, «Скайларк» смог бы спасти находившихся на лодке людей.