По здравому размышлению, скорее, он не взялся бы за такое дело. Ныне общеизвестно: Федору Ивановичу наследовал Борис Годунов; но тогда, в первые месяцы 1598-го, подобный ход событий выглядел далеко не очевидным. Борис Федорович взял трон не сразу, в очень сложной обстановке; между тем при жизни Федора Ивановича он властвовал над Россией спокойно и незыблемо. Стоило ли влезать в столь рискованную авантюру? Стоило ли брать на душу столь тяжелый грех? Да и стал бы с таким жаром поддерживать Годунова при восшествии на престол патриарх Иов, любивший Федора Ивановича, если бы мог хоть на миг заподозрить в нем цареубийцу? Напрашивается вывод: злодейство Бориса Федоровича в данном случае сомнительно.
Погребли его рядом с отцом и старшим братом в Архангельском соборе Московского Кремля.
Через несколько лет после кончины царя-инока (до начала Смуты) патриарх Иов напишет житийную повесть о святом блаженном государе Московском и всея Руси. Именно так отнесутся к нему некоторые публицисты и летописцы XVII столетия. Почитание Феодора Иоанновича быстро установится в столице России, он попадет в святцы, позднее, уже в XX веке, войдет в Собор Московских святых как чудотворец. Но уже относящаяся к XVII столетию «Книга, глаголемая описание о российских святых» содержит имя царя среди московских чудотворцев.
Имена царя-ктитора и его благоверной супруги стали особенно дороги для насельниц Зачатьевского монастыря. В современной истории обители, начиная с ее возрождения в начале девяностых годов XX века, память царя Феодора Иоанновича почитается с благоговением и благодарностью. Имена государя, царицы Ирины (в иночестве Александры) и их умершей в младенчестве дочери царевны Феодосии вписаны в монастырский синодик. В дни памяти святого великомученика Феодора Стратилата и великомученицы Ирины на Божественной Литургии совершается сугубое молитвенное поминовение царственных супругов. В обители имеется старинная, сохранившаяся в числе святынь дореволюционного Зачатьевского монастыря икона святого покровителя царя Феодора Стратилата с частицей мощей.
21 ноября 2017 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла настоятельница Зачатьевского женского монастыря игумения Иулиания с сестрами молились на праздничной Литургиии в Архангельском соборе Московского Кремля у останков благоверного царя Феодора Иоанновича. Богослужение возглавил Высокопреосвященный митрополит Истринский Арсений. У гробницы благочестивого царя было совершено его молитвенное поминовение, и сестры обители в своих сердцах возносили благодарную молитву Богу и боголюбивому царю-ктитору монастыря, испрашивая Божией милости и благодатного покрова над обителью.
Святой Феодор Стратилат, поражающий мечом змея. Русская икона XIX в.
Память святого Феодора совершается в день его преставления 7 (20) января и в Неделю перед 26 августа (8 сентября) в Соборе Московских святых (празднование учреждено в 1997 году). Кроме того, этот монарх входит в Собор всех святых русских государей, память которого отмечается 15 (28) июля. Празднование Собора всех святых русских государей установлено в 2013 году по благословению игумена Свято-Пантелеймонова монастыря на Афоне схиархимандрита Иеремии (Алехина) — в связи с освящением храма в честь всех прославленных Церковью князей и царей Руси.
Тезоименитство блаженного государя приходится на 8 (21) июня.
Иконы его, как местночтимого святого, создавались в XVII веке, пишут их и сейчас, после возрождения Русской церкви. Существует и его акафист.
4 ноября 2009 года на Воскресенской набережной в Йошкар-Оле был воздвигнут полноростовой монумент — памятник царю Феодору Иоанновичу работы скульптора Андрея Ковальчука. А 5 августа 2016 года еще один монумент, посвященный Федору Иоанновичу, — царь, величественно сидящий на троне, — был открыт в Белгороде, основанном в его правление. Скульптор — Александр Лохтачев.