О настроениях патриарха и духовенства Александре Федоровне могло быть известно от самого Гермогена, который осенью 1917 года ездил в Москву на выборы патриарха, но ни глава Церкви, ни духовенство не смогли ничего изменить ни в ее судьбе, ни в судьбе одного из самых твердых и верных русских епископов. В 1918 году по благословению патриарха Тихона владыка Гермоген совершил крестный ход вокруг тобольского кремля и специально остановился возле губернаторского дома, где жила семья Императора. Этого ему не простили. На Страстной неделе 1918 года Гермоген был арестован и отправлен в Екатеринбург, а в июне епископа живьем сбросили с парохода в реку Туру. Его тело нашли на берегу и похоронили в Покровском около той церкви, которую некогда строили на деньги, собранные Григорием Распутиным.
«…нашли в воде его обмотанного веревками, с руками связанными назад, мучили, говорят, его бедного страшно, ах какие мерзавцы большевики, не лучше бы им и не хуже, Господи, накажи их, – записала в эти дни в дневнике Матрена Распутина. – Как жутко проходить мимо церкви, в особенности вечером, идешь – темно-темно и ни одного человека нет на улице, вся деревня спит. Видишь, в церковной ограде горит свеча, дьякон читает всю ночь Евангелие у Епископа Гермогена на могиле. Стараюсь реже ходить в верхний край, чтобы не видеть жуткой картины. Сегодня приехал епископ Еринарх за телом убиенного, служили панихиду».
Тело Гермогена перевезли в Тобольск и похоронили рядом с мощами святого Иоанна Тобольского. Дочь Распутина писала: «Я сильно плакала, вспомнила сейчас же папу, как его отпевали; стоять было немыслимо, хотелось зарыдать».
Были расстреляны и два других врага Распутина – журналист М. О. Меньшиков и епископ Пермский Андроник. Последнего большевики заставили выкопать самому себе могилу и, присыпав его землей, застрелили. 5 сентября (23 августа) 1918 года расстреляли протоиерея Иоанна Восторгова и нескольких крупных чиновников.
Сохранился рассказ безвестного очевидца этой казни, который цитирует в своей книге о новомучениках М. Польский:
«…С полгода тому назад привелось мне встретиться с одним лицом, просидевшим весь 1918 г. в Московской Бутырской тюрьме. Одною из самых тяжелых обязанностей заключенных было закапывание расстрелянных и выкапывание глубоких канав для погребения жертв следующего расстрела. Работа эта производилась изо дня в день. Заключенных вывозили на грузовик под надзором вооруженной стражи к Ходынскому полю, иногда на Ваганьковское кладбище, надзиратель отмерял широкую в рост человека канаву, длина которой определяла число намеченных жертв. Выкапывали могилы на 20—30 человек, готовили канавы и на много десятков больше. Подневольным работникам не приходилось видеть расстрелянных, ибо таковые бывали ко времени их прибытия уже "заприсыпаны землею" руками палачей. Арестантам оставалось только заполнять рвы землей и делать насыпь вдоль рва, поглотившего очередные жертвы ЧЕКА.
Мой собеседник отбывал эту кладбищенскую страду в течение нескольких месяцев. Со своей стражей заключенные успели сжиться настолько, что она делилась с ними своими впечатлениями о производившихся операциях. Однажды, по окончании копания очередной сплошной могилы-канавы, конвойцы объявили, что на завтрашнее утро (23-го августа 1918 г.) предстоит "важный расстрел" попов и министров. На следующий день дело объяснилось. Расстрелянными оказались: епископ Ефрем, протоиерей Восторгов, ксендз Лютостанский с братом, быв. министр Внутренних Дел Н. А. Маклаков, председатель Государственного Совета И. Г. Щегловитов, быв. Министр Внутренних Дел А. Н. Хвостов и Сенатор С. П. Белецкий. Прибывших разместили вдоль могилы и лицом к ней…
По просьбе о. Иоанна Восторгова палачи разрешили всем осужденным помолиться и попрощаться друг с другом. Все встали на колени и полилась горячая молитва несчастных "смертников", после чего все подходили под благословение Преосвященного Ефрема и о. Иоанна, а затем все простились друг с другом. Первым бодро подошел к могиле о. протоиерей Восторгов, сказавший перед тем несколько слов остальным, приглашая всех с верою в милосердие Божие и скорое возрождение Родины принести последнюю искупительную жертву.
"Я готов", – заключил он, обращаясь к конвою. Все стали на указанные им места. Палач подошел к нему со спины вплотную, взял его левую руку, вывернул за поясницу и, приставив к затылку револьвер, выстрелил, одновременно толкнув о. Иоанна в могилу. Другие палачи приступили к остальным своим жертвам. Белецкий рванулся и быстро отбежал в сторону кустов, шагов 20—30, но, настигнутый двумя пулями, упал и "его приволокли" к могиле, пристрелили и сбросили.