Неблагоприятное для Красной Армии развитие событий на фронтах привело к резкой активизации деятельности бандитских формирований различного толка. Польские и украинские националисты организовали ряд повстанческих выступлений, в том числе во Львове и Тернополе, проводили антисоветские и антироссийские митинги в населенных пунктах; латвийские «айзсарги» оказывали активную помощь немецкой армии в захвате Риги и других городов в Прибалтике. Только за первые шесть дней войны украинскими националистами были спровоцированы двенадцать случаев нападений местных жителей на отступающие подразделения Красной Армии, захват и удержание до подхода немцев пяти населенных пунктов. Это не считая фактов разгрома военных городков.
Усугублялась оперативная обстановка в тылу фронтов и вследствие резкого возрастания активности преступного элемента. Его количество значительно возросло за счет появления дезертиров, уклонистов от несения воинской службы, мародеров, расхитителей государственной и колхозной собственности. Появились вооруженные преступные группы, сколоченные из этих людей.
По мере отхода фронтов на восток устремилось организованно и самостийно эвакуированное гражданское население. В колонны беженцев, не желавших оставаться под властью оккупантов, нередко вливались мутные потоки различных категорий преступников, освобожденные и бежавшие из колоний заключенные, под толпу маскировались шпионы, диверсанты, бандиты. Большинство из них по пути движения занималось воровством и грабежами, производили незаконное изъятие у населения и в колхозах продуктов питания, лошадей, мелкого и крупного рогатого скота, пьянствовали, распространяли ложные и провокационные слухи. Все это удручающе воздействовало на местных жителей, порождало страх перед неумолимым, прожорливым и неподконтрольным людом, неверие в способность органов НКВД и милиции навести в тылу фронтов должный порядок.
Движущиеся по дорогам массы людей к тому же мешали продвижению войсковых колонн к фронту, препятствовали своевременной доставке всех видов боевого и тылового обеспечения для действующей армии, наводняли населенные пункты по пути следования, дезорганизовывали в них нормальную жизнь.
Чрезвычайно сложная обстановка в прифронтовой полосе являлась благоприятной почвой для восприятия населением вражеской пропаганды. Часть населения поддавалась дешевым увещеваниям агентуры и их пособников о непобедимости немецко-фашистских войск; имели место случаи открытого расхищения местными жителями военного и государственного имущества со складов и на железных дорогах; срывались мероприятия оборонного характера, проводимые местными органами власти и военным командованием. В прифронтовых городах враждебным элементом открыто проводились митинги с призывами противодействовать Красной Армии, запасаться продовольствием из воинских складов, выводить из строя военную технику, поджигать производственные помещения, нарушать работу коммуникаций.
Обстановка требовала от военного командования и местных органов власти всех уровней пресечь деятельность преступного элемента, вражеской агентуры и ее пособников на подведомственных территориях, фронтовых коммуникациях, в прифронтовой полосе.
Правовой основой этой работы в первую очередь стал Указ Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 года, которым в ряде районов страны было объявлено военное положение с возложением обязанностей за поддержание общественного порядка и общественной безопасности на военные советы фронтов. Непосредственный контроль за соблюдением порядка и правил, установленных армейским командованием в городах и других населенных пунктах, осуществляли военные коменданты. 24 июня СНК СССР принял Постановления «Об охране предприятий и учреждений и создании истребительных батальонов», «О мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника».
На основании постановления СНК СССР от 25 июня 1941 года управления пограничных войск западных округов в оперативном отношении были подчинены военным советам фронтов, в полосе которых они выполняли свои задачи, и переименованы в управления войск НКВД по охране тыла действующей армии. Организационно эти войска по-прежнему оставались в составе пограничных войск. Непосредственное руководство частями по охране тыла действующей армии осуществлял один из трех оперативных отделов (Западный) Г лавного управления пограничных войск. 26 июня постановлением СНК СССР к охране тыла действующей армии привлекались отдельные части других войск НКВД, находящихся в пределах границ фронтов. Все они в оперативном отношении подчинялись начальнику войск НКВД по охране тыла фронта.