Переговоры со стороны федеральных сил вел генерал-лейтенант Владимир Попов, заместитель командующего ОГВ (с). Он дал старейшинам время до утра 5 января самим решить вопрос с боевиками, в противном случае завтра будет штурм населенного пункта. Здесь же парламентерам были указаны места нахождения КПП для выхода людей из поселка.
Ночью, как и сутки назад, на окраинах велась перестрелка. Утром село накрыл плотный, как вата, туман. Алхан-Кала просто утонула в нем. С наблюдательных пунктов докладывали, что видимость нулевая: следить за перемещениями боевиков практически не удавалось.
5 января все светлое время через КПП шла вереница людей: многие семьи покидали населенный пункт, но большая часть жителей все же осталась в селе, по-видимому, им некуда было идти. Старейшины, выйдя на блокпост, удрученно сообщили, что боевики не собираются покидать село, а кроме этого приступили к организации оборонительных узлов в домах и административных и промышленных зданиях. Медлить с проведением спецоперации было уже нельзя.
С наступлением видимости поисковые группы 1-го батальона 674-го полка и 3-го батальона софринской бригады под прикрытием БМП и БТР вместе с СОБР и ОМОН приступили к поиску и уничтожению боевиков. Особенно ожесточенное сопротивление поисковые группы встретили при приближении к улице Ленина. Боевики вели огонь не только из автоматического оружия, но и из гранатометов. Тем не менее, подразделения внутренних войск уверенно двигались вперед. К концу дня в проверенных кварталах Алхан-Калы были выставлены блокпосты, а образовавшиеся по фронту наступления бреши заполнили подошедшие взводы софринской бригады и 330-го кировского батальона оперативного назначения.
К сожалению, не удалось избежать потерь. В боях 5 января 11 военнослужащих софринской бригады получили ранения, в моздокском полку погибли трое и получили ранения 6 человек. В результате обстрела боевиками из АТС-17 позиций минометного дивизиона погиб один и ранеными оказались 13 человек.
6 января Алхан-Кала снова была во власти плотнейшего тумана, который не рассеялся в течение всего светового дня. Руководители спецоперации приняли решение в этот день не вести активных действий. Главным было не допустить прорыва боевиков через занятые позиции.
Рано утром 7 января на южную окраину Алхан-Калы вышел мотострелковый полк Министерства обороны. Здесь река Сунжа делает резкую петлю и местность крутым берегом обрывается прямо к воде. Как оказалось, до 7 января брешь между подразделениями на южной окраине села оставалась незаполненной: дополнительных подразделений для этого попросту не было.
В 9:00 поисковые группы прщолжмдн движение. Стрельбы не было. Подразделения острожно, дом да домом продвигались вперед, осматривая подворья.
От местных жителей поступила информация, что ночью боевики ушли, бросив трупы погибших, некоторых занесли в мечеть. Ситуация разрешилась, видимо, сыграло свою роль и то обстоятельство, что еще 4 января общиной села были направлены представители к Исе Мунаеву — бывшему военному коменданту так называемой Чеченской Республики Ичкерия, чтобы он повлиял на Бараева и убедил его оставить село, тем самым сохранив его от разрушения.
Боевики ушли из Алхан-Калы в ночь на 7 января через брешь в кольце федеральных войск — у изгиба реки Сунжа на юге села. Сразу было организовано их преследование. Однако бандиты, сумев собрать транспорт в населенных пунктах Лермонтов-Юрт, Шаамн-Юрт, Закан-Юрт, ушли в направлении Старых Промыслов назад в Грозный. Остальные сумели прорваться на юг, в горы…