Софья Станиславовна ждала, когда окончится срок отца, но позже узнала, что он был расстрелян еще в ноябре 1937 года.
Жизнь между тем продолжалась, но ее омрачали то и дело появляющиеся некрологи – ушли из жизни Константин Сергеевич Станиславский, Михаил Афанасьевич Булгаков, Владимир Иванович Немирович-Данченко, Иван Михайлович Москвин. Софья Станиславовна глубоко переживала эти потери. Спасало теплое общение с великой актрисой Художественного театра Ольгой Леонардовной Книппер-Чеховой. В Музее МХАТ хранятся письма Софьи Станиславовны к Ольге Леонардовне. Они полны добра, почитания, безмерной любви и уважения. Во многих из них Пилявская обращается к Ольге Леонардовне «моя любимая Барыня». Софья Станиславовна навещала Книппер-Чехову и в Гурзуфе, где познакомилась с Марией Павловной Чеховой, сестрой Антона Павловича.
В 1941 году Пилявская с мужем и матерью эвакуируется в Саратов. Мхатовцы расположились в здании Саратовского театра юного зрителя, где жили и играли. Вскоре Софья Станиславовна получила известие о гибели брата. Это была огромная утрата, она не знала, как сказать об этом матери. Это сделал со всей осторожностью и деликатностью Николай Иванович. Однако, несмотря на тяжесть потери, Софья Станиславовна старалась держаться и не позволяла себе горевать на людях.
В ноябре 1942 года семья вернулась в Москву, Николай Иванович возглавил концертную бригаду, которая выезжала на фронт до самого Дня Победы.
Но в канун Нового 1954 года случилось то, что разделило жизнь Софьи Станиславовны на до и после. В начале театрального сезона 1953/1954 года Николаю Ивановичу предложили занять должность заведующего труппой Художественного театра. Эта работа требовала внимательности и концентрации, именно поэтому Софья Станиславовна всячески отговаривала мужа, боясь за его больное сердце. Дорохин был одаренным человеком, одержимым театром и, несмотря на предостережения жены, согласился. Тридцатого декабря вечером Николай Иванович играл спектакль, играл бодро, энергично. Наутро, как всегда это бывало, завел часы, перелистнул календарь, отправился в театр, в обед вернулся домой. Вечером, по традиции последних нескольких лет, Николай Иванович и Софья Станиславовна отправились встречать Новый год к Книппер-Чеховой. У подъезда он задержался на улице, а Пилявская поднялась в квартиру. Через какое-то время Николай Иванович появился в дверях весь бледный, держась за сердце – ему было плохо. Пройдя несколько шагов, он упал в столовой. Его сердце остановилось в тридцать две минуты двенадцатого. Ему было 48 лет.
Начались долгие, пустые дни после смерти мужа. Вплоть до своей кончины в 2000 году Софья Станиславовна встречала Новый год одна.
В 1954 году ее пригласили в Школу-студию им. Вл. И. Немировича-Данченко при МХАТе СССР имени М. Горького в качестве педагога актерского мастерства, помощника Виктора Яковлевича Станицына. Конечно, в первую очередь ее приглашали как актрису, знакомую с особенностями школы старого МХАТа, но была и другая причина – коллеги хотели как-то отвлечь ее от переживаний после потери мужа. Софья Станиславовна дала согласие – Школа-студия МХАТ была детищем Вл. И. Немировича-Данченко, к которому она относилась с безмерным уважением и который собрал в Школе-студии людей, хорошо знавших театр, и многих актеров, главным образом второго поколения, для преподавания мастерства актера. В Школу-студию пригласили даже княжну Волконскую, обучавшую студентов светскому этикету.