Руководство театром, огромное количество репетиций, ежевечерние спектакли — всё это было слишком большой нагрузкой для одного человека. И хотя Малер привык к постоянному цейтноту и внутренне был намного сильнее, чем физически, выдерживать такой ритм жизни он уже не мог. К тому же вскоре стало ясно, что прошлогодняя операция не принесла ожидаемого результата. Появившиеся характерные боли мучили его всё сильнее, причем появлялись они в основном во время концентрации на работе. Чтобы хоть временно их заглушить, Густав начал принимать порошок морфина.
Юная Юстина, наблюдавшая печальный уход матери, к весне стала чувствовать себя лучше, и в начале летних каникул 1890 года Малер с сестрой отправились путешествовать по городам Италии, дышать целебным средиземноморским воздухом. Густав хотел отдохнуть от всего, даже от сочинительства. Гэбриел Энджел, описывая подробности их поездки, отмечает, что Малер сознательно избегал посещения итальянских музеев и соборов. Заботясь о директоре Королевского театра, венгерское правительство оплатило все его транспортные расходы.
После почти месячного беззаботного кочевого отдыха Густав и Юстина решили провести оставшуюся часть лета в Австрийских Альпах. Отвлекали директора лишь частые визиты театральных чиновников из Будапешта, приезжавших для согласования рабочих вопросов.
Новый музыкальный сезон начался с распространения слухов о скором уходе со своего поста авторитетного покровителя Малера Ференца фон Беницки. Назначение нового интенданта таило в себе опасность уменьшения директорского влияния. Казавшийся незначительным пункт договора о возможности изменения «абсолютных полномочий» вследствие перемены культурной политики начал приобретать для Густава реальную угрозу. Научившийся не доверять венгерским националистам и помня о своей финансовой ответственности перед семьей, Малер втайне стал вести переговоры с директором Гамбургской оперы Бернхардом Поллини, который давно жаждал заполучить в свой театр молодого талантливого дирижера. Возможный переезд в Гамбург с формальной стороны означал шаг назад для Густава. Но в реальности город великого Бюлова, будучи одним из центров немецкой музыки, открывал для Малера как оперного дирижера куда большие возможности, чем Будапешт. Однако слухи оставались слухами, и Густав не предпринимал серьезных попыток оставить свою весьма завидную должность.
Одной из лучших малеровских постановок венгерского периода стал «Дон Жуан». Используя пражский опыт работы с шедевром Моцарта, Малеру удалось сделать один из интереснейших спектаклей. Его интерпретация шла далеко впереди существовавших тогда традиций исполнения сценических произведений. С каждой оперной постановкой Густав открывал для себя новые глубины и потаенные смыслы творений, с которыми работал. «Дон Жуан» для него являлся одним из любимых моцартовских сочинений. Певица Мария Гутхейль-Шодер, позднее исполнявшая партию Эльвиры в венском театре, вспоминала: «Очень большое значение Малер придавал неподвижности на сцене, паузам в игре, и это — наука для всех, кто старается неестественной подвижностью оживить происходящее на подмостках. “Только за время паузы, — говорил он, — человеку становится ясно, что он видел и что должно произойти дальше”. Поэтому совершенно “неподвижными” мизансценами Малер добивался невиданного впечатления: пример тому — картина на кладбище в “Дон Жуане”».