В 1899 году филармонический оркестр исполнил Вторую симфонию Малера. Реакция зала оказалась настолько эмоциональной, что четвертую часть пришлось повторить на бис. При этом венские критики оказались не более дружелюбными, чем берлинские. 14 и 15 января 1900 года состоялись премьеры вокальных произведений Густава. Малер часто задумывался, почему поверхностные сочинения других композиторов пользовались популярностью, когда его собственные оказывались почти полностью отверженными. Вена всегда принимала новую музыку странно. Моцарт, Шуберт, Брукнер и многие другие выдающиеся личности имели здесь дело с особым, столичным снобизмом. Быть может, Густав воспринимал это как неизбежный факт и сам не очень-то старался добиться признания как композитор. Известны случаи, когда у Малера просили разрешения на исполнение его сочинений, но он, хотя его музыка звучала нечасто, отказывал в просьбе.
Вена продолжала оставаться консервативной и не проявляла интереса не только к сочинениям Густава, но и к его непривычным интерпретациям музыки прошлого. Для ежегодного зимнего концерта, традиционно устраиваемого в помощь благотворительному фонду филармонии, Малер выбрал свою интерпретацию Девятой симфонии Бетховена, которую он исполнял еще в Гамбурге. Спрос на билеты оказался настолько высоким, что пришлось организовывать два выступления — 18 и 22 февраля, Густав готовил сюрприз столичным любителям музыки. Венские знатные особы, по обыкновению посетившие столь знаменательный вечер, испытали большое недовольство. Критики долго не могли успокоиться, дав пищу для разного рода сплетен в обществе. Разочарованы оказались даже те, кто относился к Малеру с уважением и почтением. Князь Рудольф после концерта поздравил Густава словами: «Очень хорошее исполнение… однако мне доводилось слышать это в других темпах». На это дирижер ответил: «Неужели Ваше Высочество слышали это произведение раньше?»
Наделав немало шума и желая ответить беспощадным противникам, Малер предварил второе выступление программкой, распространявшейся перед входом в зал. Однако это лишь усилило полемику. Тем не менее слова, написанные Густавом, заставили многих музыкантов и меломанов задуматься: «На основании некоторых опубликованных материалов у определенной части публики могло сложиться мнение, что произведения Бетховена, и в особенности его Девятая симфония, подверглись произвольным изменениям в том, что касается деталей. Поэтому, видимо, будет уместным сделать пояснительное замечание… строение медных духовых инструментов того времени не позволяло исполнять определенные последовательности звуков, необходимые для ведения мелодической линии. Именно этот недостаток в конечном итоге и привел к тому, что инструменты были усовершенствованы; и не воспользоваться этим ради достижения совершенства в исполнении произведений Бетховена было бы неправильным и заслуживало порицания. Рихард Вагнер, который всю свою жизнь словом и делом стремился поправить бедственное положение в исполнении бетховенского наследия, пришедшего почти в безнадежно запущенное состояние, в своей статье “Об исполнении Девятой симфонии Бетховена” показал, как исполнять эту симфонию, сохраняя верность концепции ее создателя и по возможности точнее выявляя его замысел. Последнее время все дирижеры следуют примеру Вагнера; возглавляющий оркестр дирижер, который выступает в сегодняшнем концерте, руководствуется теми же принципами, полагаясь на собственный опыт в исполнении сочинения, но в основном не переступая границ, намеченных Вагнером. О новой оркестровке, изменении или “внесении поправок” в произведение Бетховена, разумеется, не может идти и речи».
Как и раньше, кипучая деятельность Малера никого не могла оставить в покое. На фоне невероятного одобрения его деятельности большей частью общества круг малеровских недругов, сопровождающий жизнь любой выдающейся личности, всё же постепенно расширялся. Недоброжелатели Густава толком не могли представить ни одного вразумительного довода и, как в таких случаях бывает, «извергались» подлыми «приемами ниже пояса». Впервые открыто они заявили о себе 18 марта 1900 года, когда антисемитская венская газета опубликовала статью с нападками на его дирижерство.
В том же году в Париже состоялась знаменитая Всемирная выставка, символизировавшая начало XX века. Одной из ее изюминок являлась летняя серия из пяти выступлений Венского филармонического оркестра, ранее не выезжавшего с концертами из столицы ни в один из городов мира. Несмотря на всеобщее внимание, расширившее мировую известность коллектива и его руководителя Малера, мероприятие оказалось обескураживающе дорогим для австро-венгерской стороны, из-за чего подобные поездки в ближайшие годы более не предпринимались.