Во время летнего отпуска в новом пристанище на берегу Вёртер-Зе Густав окончил свою Четвертую симфонию, хотя Третья пока еще не прозвучала полностью. Его безумно увлекла идея одной из песен «Волшебного рога мальчика», «Das himmlische Leben», повествующая о Царствии Небесном, увиденном глазами невинного дитя. В противовес Третьей симфонии, раскрывающей иерархию бытия, Четвертая описывает некий конечный пункт, сверхмир божественной любви и райской жизни. С этой короткой относительно характерных для него широт партитурой композитор подошел к концу своего метацикла, состоящего из первых четырех симфоний. Концептуально «тетралогия космоса человеческого духа» в Первой симфонии экспонирует героя, ищущего веру, а затем умирающего и воскресающего во Второй. Третья — восхваляет всеобщую любовь и чудо природы, а Четвертая — поет о радости небесного существования. Как и в двух предыдущих симфониях, здесь не обошлось без введения в нотный текст вокальной строки.
Высоты духа мира абсолютных идей в жизни Малера продолжали соседствовать с прозой директорских будней. Дирижеры «старого порядка» медленно уходили: Ганс Рихтер перебрался в Лондон, Иоганн Непомук Фукс скончался в октябре 1899 года, а через полгода не стало Вильгельма Яна. На смену им приходили молодые, активные и амбициозные, которые могли стать последователями малеровского метода руководства постановками. Одним из них являлся ученик Брукнера Франц Шальк, приглашенный Густавом на пост первого дирижера после ухода Рихтера. Ассистентом Малера на ближайший сезон стал протеже Бузони Густав Брехер. Чуть позже к герру директору присоединились итальянец Франческо Спетрино и ученик Цемлинского Артур Боданцки.
Творческое содружество Малера с Рихардом Штраусом активно продолжалось. Когда в 1901 году Штраус возглавил Всегерманское музыкальное общество, он первым делом включил малеровскую Третью симфонию в программу ближайшего фестиваля. Впоследствии сочинения Густава стали появлялись в программах концертов так часто, что некоторые критики нарекли это общество «Всемалеровским».
Густав продолжал отдавать всего себя работе, не щадя сил, которых с каждым годом становилось всё меньше. В директорские обязанности входило решение огромного количества текущих вопросов. Неимоверной самоотдачи требовали ежедневные репетиции, на которых Малер метался между пультом и сценой, по нескольку раз запрыгивая через контрабасы на помост. За это злобные оркестранты прозвали его «еврейской обезьяной». Немалых сил стоили руководство филармонией и управление ежевечерними спектаклями. Бывало, Густав лично обегал трактиры в поисках выпивавшего Эрика Шмедеса, чтобы оторвать его от стойки и притащить на репетицию.
Двадцать четвертого февраля 1901 года во время вечернего спектакля «Волшебная флейта» у Малера началось сильное кровотечение. Тем не менее он героически простоял всё представление, после чего его госпитализировали. Знаменитому венскому врачу Юлиусу фон Хохенэггу, учителю всемирно известного хирурга Ганса Финстерера, удалось купировать болезнь. Он прямо заявил пациенту: «Через полчаса было бы слишком поздно». Смерть, окружавшая композитора на протяжении всей жизни, унося родных и близких, впервые так близко подошла к нему самому. 4 марта в Вене состоялась третья, на этот раз успешная операция по излечению «подземного недуга», потребовавшая длительной реабилитации в городке Опатия, что на побережье Адриатики.
Последние события изменили Малера. Он осознал, что уже не молод, и если хочет успеть реализовать планы, то должен учитывать физические возможности своего организма. 1 апреля он отказался от управления филармоническим оркестром, а также стал просить администрацию оперы назначить ему помощника, которому смог бы передать часть своей нагрузки.
Таким образом, начало апреля ознаменовалось завершением недолгого, но необычайно яркого периода истории Венской филармонии. Три сезона под руководством Малера были насыщены его бунтарским духом, сопровождаемым восторгом изумленной общественности и приправленным «ядом» возмущенной прессы. Аудитория малеровских концертов не раз становилась свидетельницей восхищающих и пугающих, завораживающих и, как писали некоторые критики, «кощунственных» интерпретаций священной классики. Теперь благодаря Густаву филармония полностью переродилась, она не стала лучше или хуже, она стала совершенно иным учреждением, которого еще не знала музыкальная практика. Но именно Малер привнес в Венскую филармонию высокие стандарты симфонического исполнительства для только что начавшегося XX века. На смену Густаву в филармонию пришел Йозеф Хельмесбергер, и он уже работал с совершенно иным оркестром.